抗日战争前期，周恩来、叶剑英遵照党中央的指示，在党的统一战线的工作岗位上，共同战斗了近五年的时间。这期间，叶剑英协助周恩来在魔窟里与敌人打交道，取得了辉煌的成绩，同时，他们之间的接触和交往，比以前各个时期都更直接，更密切。他们之间的友谊，发展到了一个更新、更深的层次。
武汉、广州相继失守之后，中国十壁河山沦入敌手，抗日战争进入了相持阶段，在全国人民奋起抗战的形势下，国民党当局接受了共产党人的建议，决定在湖南南岳衡山举办游击干部训练班（简称南岳游干班），这是抗战时期国共互相合作，发展统一战线的一个创举。
此举酝酿已久。早在日军占领广州，武汉即将失守前夕，朱德到武汉与周恩来面见蒋介石时就提出国共合作办游干班的建议。一九三八年十一月二十五日至二十八日，周恩来、叶剑英出席蒋介石在南岳召开的军事会议，再次向蒋提出这个问题，蒋介石这时对游击战的重要地位已有认识，在会上明确表示：“二期抗战，游击战重于正规战。”
同时，蒋介石决定办游干班，要中共派干部去教授游击战战法。会后，周、叶就有关办班的具体问题与国民党方面达成协议，并向中共中央作了汇报。毛泽东对周、叶的建议十分赞赏，在同中央几位负责人研究这一问题时说：
“去吧，讲我们的一篇道理。”
随即，中共中央决定，派叶剑英带一批得力干部去南岳，参加办游干班。
接到中央电令，叶剑英在衡阳八路军办事处即与周恩来反复商量此事，决定抽调李涛、边章伍、薛子正、吴奚如、李崇等去担任教官，刘澄清、徐天宝、陈宛文、李蕴玉等参加工作，配备一个武装警卫班，立即着手从组织上、教学上进行准备工作。
这期间，中共中央正酝酿对党在南方国统区的组织领导机构进行新的调整。一九三八年冬，在党的六届六中全会上决定撤销中共中央长江局，成立中共中央南方局，负责领导华南及西南各省的工作。南方局的成员有周恩来、秦邦宪（博古）、凯丰、张文彬、徐特立、吴玉章、叶剑英、廖承志、吴克坚、邓颖超，刘晓、高文华、董必武，以周恩来为书记。一九三九年一月十三日，中央书记处复电南方局：以周、博、凯、吴、叶、董等六人为常委。南方局遵照党中央指示，讨论了组织分工问题，叶剑英负责对外联络工作。
游击干部训练班成立后，国民政府军事委员会正式任命汤恩伯为主任，叶剑英为副主任。不久，改由蒋介石兼任训练班主任，白崇禧、陈诚兼副主任，汤恩伯任教育长，叶剑英任副教育长。周恩来被聘为训练班的国际问题讲师。
叶剑英接到通知后，立即率领中共方面参加办班的教官、工作人员、武装警卫班共三十余人前往南岳报到。
一九三九年二月十五日，训练班举行开学典礼。第一期学员共招收了一千零四十六人，编为八个大队。
当时国际新闻社的一位战地记者高咏，听了叶剑英的讲课后大为赞赏。他在一篇通讯中，用一大段文字描绘了叶剑英在讲授“游击战争概论”一课时受到学员热烈欢迎的情景：“在课堂上，游击战争战略家叶剑英先生的游击战争概论一课，最为学员们所爱好。这一门课，在课表上规定是二十小时，占全班军事学科七分之一，每次上课两小时，总要发生学生提延长时间的要求。每一次上课，都是肃穆的空气统治着课堂，游击战争的革命意义，游击队产生的客观条件，游击战的运甲……每一个单字，都在每一个听众的脑子里爬过，也都在每一个听众的笔记簿上爬过。下课的号声响了，听众还是不愿意走，‘再讲五分钟好不好？’这个问题常常发出来，这话语里充满了迫切的求知心与战士的要求。”
周恩来十分支持叶剑英在训练班的工作。四月中旬。他特地赶到南岳，以国民政府军委会政治部副部长的身份，检查游干班的工作，并应大家的请求，给学员们作了题为《中日战争之政略与战略问题》的长篇报告，引起了强烈的反响。
周恩来、叶剑英在南岳还广泛接触各界爱国人士，引导和支持他们采取各自的方式参加抗日救亡工作。叶剑英到半山亭寺庙进行宣传讲话，题写了抗日诗词，还陪同周恩来一道会见了祝圣寺法师幕前、演文、巨赞等人，和他们讨论抗日救亡工作。周恩来在幕前的纪念册上亲笔题词：“上马杀贼，下马学佛”。强烈地触动了南岳宗教界。
周恩来离开南岳训练班后，叶剑英继续他和周恩来一起开创的宣传、组织宗教界抗日救亡的活动。
一九三九年六月九日，叶剑英来到中国西南山城重庆。
这时的重庆，是中国抗战的陪都，国民党政府所在地，也是中国共产党中央派出的代表机关中共中央南方局的所在地。叶剑英到来后，担任南方局常委兼军事部长、统一战线工作委员会副书记，协助中共南方局书记周恩来，进行了紧张有序的工作。
此时的全国抗日战争局势，正朝着日益恶化的方向发展。日本侵略者占领武汉、广州以后，开始对南京国民党政府采取政治诱降为主、军事打击为辅的策略，在继续对华南、华中地区进行军事进攻的同时，加紧进行政治诱降活动，积极筹划“蒋汪合流”，企图诱使蒋介石集团就范。早已沦为汉奸的汪精卫正在与日寇进行卖国谈判。国民党政府对日妥协和反共的倾向日益增大，连续制造了一系列反共摩擦事件，并准备掀起反共高潮。
面对困难复杂的局势，在国民党统治的中心重庆，周恩来、叶剑英遵照中共中央《关于反对投降危险的指示》，继续贯彻抗日民族统一战线的政策，与大大小小的投降分子、反共分子制造的切投降阴谋和反共行为进行了坚持不懈的斗争。
叶剑英来到重庆的当天，就与周恩来一起认真分析了在国共两党发生摩擦的情况下，日军下一步的新动向，做出如下预测：从军事观点看，日军如攻西北，主力仍会在晋西南三角地区渡河，目前还未准备好，从政治观点看，日军有单独攻入陕北以降低我们的影响，并增强国民党进攻我方借口的可能。
随着电键嘀嘀嗒嗒的响声，上述预测通过红色电波发向陕北，发给了毛泽东，为毛泽东和中共中央进行军事决策提供了重要的参考。
六月十日，也就是叶剑英来到重庆的第二天，就陪同周恩来面见蒋介石，商谈近期抗战与国共合作中的问题。由于蒋介石此时正热衷于策划反共阴谋，双方话不投机，致使商谈没有取得任何结果。周恩来于十八日离开重庆返回延安。
就在日寇大举进犯之时，国民党冒天下之大不韪，制造蓄谋已久的“平江惨案”。真是外侵正凶，内患风波又起。六月十二日，国民党军第二十七集团军根据蒋介石的密令，突然包围袭击设在湖南平江嘉义的新四军留守通讯处，残杀新四军参议涂正坤和通讯处军需员吴贺泉，并将八路军少校副官罗粹铭等人活埋，制造了骇人听闻的“平江惨案”。
由于国民党当局严密封锁消息，叶剑英直到七月一日才获悉此事。当他得知这一消息后，不禁勃然大怒，拍案而起，当即致电国民政府军事委员会副总参谋长白崇禧、军政部长何应钦，向国民党当局提出严正抗议。
二十二日，周恩来、叶剑英联名致电军令部长徐永昌并军委会及各部长官，严正驳斥国民党军政当局歪曲惨案经过及对新四军平江留守通讯处的诬蔑，要求派员驰赴肇事地点，查明真相，为死难者雪冤，将凶手治罪。
在周恩来、叶剑英义正辞严的抗议下，蒋介石不得不责成第九战区代司令长官薛岳进行所谓调查。而薛的报告，依旧将“犯法者文饰为有功”，“无辜者武断为有罪”。
二十八日，周恩来、叶剑英再电国民政府军政部长何应钦并军委会及各部长官，据理驳斥国民党的诬蔑攻击，要求另外遴派公正大员前在乎江嘉义调查，将其肇事者交法庭审判，并保障被害人家属及同事有陈诉与质证之自由。
国民党顽固派发动的第一次反共高潮被打退后，尽管中共方面一再表示出改善国共两党关系，继续团结抗战的诚意，然而蒋介石并没有停止制造反共摩擦，制造了一系列袭击八路军、新四军部队，杀害共产党员及其家属的严重事件。
为了克服国民党顽固派的反共逆派，挽救时局危机，一九四○年六月上旬，刚刚从苏联疗伤回国经延安返渝的周恩来，与叶剑英一起，又与国民政府军委会正、副参谋总长何应钦、白崇禧，就共产党的合法地位、陕甘宁边区的承认、十八集团军和新四军的扩编以及作战地区的划分等问题，进行了多次唇枪舌剑的谈判，并向他们递交了中共关于解决目前危局，加强团结抗战的提案。
周恩来、叶剑英在提案中要求：国民党政府保障各抗日党派之合法存在；释放一切在狱之共产党员：停止查禁各地之书报杂志，给《新华日报》的出版发行以法律保障，允许其登载中共之文件及领导人之言论文章；承认陕甘宁边区（二十三县）隶属行政院，以林祖涵为边区政府主席；准许十八集团军（八路军）扩编为三个军九个师，新四军增编为七个支队；军诫粮饷及医药卫生、交通器材供给应与中央军同等待遇，并划分国共军队的作战区域。七月二日，国民党方面将一复案交与周恩来、叶剑英。
接着，双方代表围绕两案中所涉及的各项问题，展开了一场反反复复的、拉锯式的谈判。
六月以后，国民党驻苏北的韩德勤部、江南冷欣部及皖南的五十二师，多次包围袭击新囚军部队，并切断交通，事态日益严重。周恩来、叶剑英于七月七日两次致函何应钦，要求国民党最高军事当局立即制止韩德勤等部袭击新四军，制止石友三集团军对第十八集团军的进攻。
同一天，国民党战时新闻检查局无理扣压了叶剑英撰写的《第十八集团军抗战三年的几种统计数字》及新四军政治部主任袁国平所写的《三年来坚持大江南北敌后抗战之新四军》两文。
周恩来对此极为气愤，立即指示《新华日报》发表启事，声明两文“奉命免登”，揭露了国民党当局进行新闻封锁的丑行。
国民党顽固派在皖南及其他地区制造的反共摩擦，越来越频繁，越来越严重，叶剑英在周恩来领导下，同国民党政府展开了一连串的谈判和斗争，并将所了解的顽军动态及时报告周恩来和中共中央。七月八日，周恩来、叶剑英等人联名致电毛泽东、朱德、王稼祥、项英并转刘少奇等：鉴于顾祝同正利用重庆国共谈判的机会，企图切断江北、江南新四军的交通，制造摩擦；李品仙也在压迫李先念部退过平汉路西，建议此时宜专打顾祝同和李品仙，以分散中央军和广西军联合逼我的阵势。
七月十一日，周恩来和叶剑英就国民党军陈长捷部三个团在日军掩护下，分两路由晋西东渡汾河，向我晋冀豫边区所辖的安泽县晋家山一带进犯一事，再次致电何应钦，要求予以制止。
九月六日，周恩来、叶剑英电告中共中央和中央军委：国民党军令部已向第三战区司令长官顾祝同发出“扫荡”长江南北新四军的命令。当天，中央军委即将周、叶所报情况转告中原局和新四军，正式发出《关于新四军应准备自卫行动的指示》，指示强调：“请叶（挺）、项（英）、胡服准备自卫行动。皖南尤须防备。”
此时，中国国内的政治局势由于受到国际形势影响而急剧恶比。九月二十七日，德、意、日在柏林签订协议，正式结成三国同盟。与此相应，英、美也签订了协定。这两大集团势力，此刻都在重新衡量中国这个砝码，极力拉拢蒋介石。同时，蒋介石还在继续得到苏联的援助，如此一来，蒋介石身处国际上的三大势力之间，自感处于“左右逢源”、“待价而沽”的地位。便有恃无恐起来，急欲在国内再度掀起反共高潮。
一时间，黑云压城，乌云滚滚，形势险恶，中共中央和南方局部做了充分的估计和准备。根据中央的部署。南方局决定把重庆整个党的组织由公开、半公开状态转入地下，彻底改变领导方式。十月四日，南方局讨论了内部组织分工，根据周恩来的提议，南方局设立统一战线工作委员会，由董必武任书记，叶剑英任副书记，下分军政、党派、社会、青年、妇女五个小组。分别由叶剑英、秦邦宪、董必武、蒋南翔，邓颖超负责，并专设“叶剑英工作处”。十月十六日，南方局致电中央，就此做了专题报告。
果然不出周、叶所料，形势急转直下。十月十九日，蒋介石指使何应钦、白崇禧向朱德总司令、彭德怀副总司令、叶挺军长发出“皓电”，诬蔑八路军、新四军，自抗战以来“不守战区范围，自由行动”，“不遵编制数量，自由扩充”，“不服从中央命令，破坏行政系统”，“不打敌人，专事并吞友军”等，并迫令八路军、新四军所属各部队，“限于电到一个月内全部开到中央提示案第三问题所规定之作战地境内，并对本问题所示其他各项规定切实遵守，静候中央颁发对于执行提示案其他各问题之命令”（所谓“中央提示案”，即将活动在江南和整个华中的八路军、新四军全部赶到黄河以北）。
这个“皓电”，预示着国民党第二次反共高潮的到来。十一月中旬，毛泽东速电周恩来、叶剑英，对反对国民党掀起反共高潮的具体斗争做出部署。
根据中央的指示精神，面对极为险恶的局势，叶剑英和周恩来一起，度过一个又一个不眠之夜，认真分析形势，研究对策，对如何答复“皓电”的内容、时机和形式等重大问题，以及共产党在政治上、军事上应采取的策略措施等，都及时地向党中央、毛泽东提出了很多切实、有益的建议。
十一月三十日，周恩来和叶剑英根据毛泽东对国民党采取“表面和缓，实际抵抗，有软有硬，针锋相对”的斗争方针，就新四军北移问题，同国民党代表、军令部次长刘为章进行谈判。刘称蒋介石表示可以将北移限期推迟，但各地冲突必须停止。周恩来、叶剑英表示，江南新四军决定移动，其余有困难；停止冲突必须由国民政府军队“立即停止军事行动”。十二月五日，周恩来、叶剑英致电中共中央，建议以朱德、彭德怀、叶挺、项英名义电复刘为章，要刘顾全大局，停止桂军和霍守义师对江北新四军的进攻。十二月中旬，周、叶又联名电告毛泽东、朱德：李品仙歼灭新四军渡江军队的计划是经何应钦批准的。
为了贯彻执行中央的指示，在此期间，叶剑英陪同周恩来同刘为章和张冲在重庆进行了多次谈判。在谈判中，为了击破国民党掀起的反共高潮，叶剑英和周恩来紧密配合，向国民党当局提出了由中共中央确定的十二项谈判条件：（一）我同意将皖南部队北移，但需延缓开动时间。（二）我苏鲁皖部队不能开动，只是皖南的移动。（三）我华北八路军因无粮饷、弹药，准备南下。（四）国军应停止进攻陕甘宁边区。（五）国民党释放罗世文，我释放孙启人。（六）应停止在陇海路、咸榆路捕人扣车。（七）张国焘、叶青不应聘为参政员，否则中共参政员将退出参政会。（八）桂林八办不能撤销。（九）国民政府应给八路军、新四军发饱，欠饷亦应补发。（十）停止石友三隔离黄河的行动。（十一）保障我在各地办事处之安全。（十二）拒绝同何应钦、白崇禧谈判，要求与蒋介石直接谈判。
在十二月二十四日的谈判中，叶剑英郑重表示：
“中国共产党的让步是有限度的，‘佳电’提出新四军过江，已表示让步，如果国民党再不停止进攻，陕北封锁仍不解除，那么，兵戎相见，演成内战，责任完全在国民党。”
谈判在继续进行，周恩来、叶剑英每天都在紧张的谈判桌上度过。谈至十二月三十日下午，国民党代表在谈判中正式宣称：奉蒋介石指示，“中央提示案”内容不变，日期可以延缓。要求十二月底，江南新四军移到汪北，江北八路军移到老黄河北。明年一月底，江北新四军移到老黄河北，否则冲突避免不了，一切谈不上。
周恩来、叶剑英再次向对方郑重声明：第一，江南新四军已经决定移动，其他我军不动；第二，冲突如有，其原因决不如此，最近霍守义师南下，攻击十八集团军彭部，他们已再三让步，故目前国民党必须停止在陕北、皖南和苏北的军事行动。
在同国民党代表谈判的同时，叶剑英协助周恩来，通过各种渠道揭露了国民党制造摩擦，破坏国共合作的行径。他们布置工作人员把国民党制造摩擦的文电和反共文件汇集成册，秘密发出，还寄往八路军驻桂林和西安的办事处，广为散发，同时委托国际友好人士王安娜等通过外国朋友把材料带到香港向国外散发。
尽管局势发展已如此严重，但是作为中共中央东南局书记兼新四军副军长的项英，却没有坚决执行党中央的一系列重要指示，对国民党顽固派可能发动的突然袭击，估计不足，缺乏准备。这就使新四军处于十分危险的境地。
一九四一年一月六日，震惊中外的皖南事变爆发了。一月四日奉命北移的新四军军部和所属部队九千余人，于六日在皖南径县茂林地区突然遭到预先埋伏的国民党军第三战区司令长官顾祝同、二十二集团军总司令上官云相所指挥的七个师八万多人的包围袭击。新四军被迫抗击，血战七天七夜，弹尽粮绝，除二千余人突围外，其余六千余人大部壮烈牺牲，一部被俘。军长叶挺被扣，项英、袁国平、周子昆遇难。
事变后的第五天，也就是一月十一日，周恩来、叶剑英和办事处的同志正在《新华日报》报馆举行该报创刊三周年纪念活动，突然接到中共中央书记处关于新四军在皖南惨遭国民党包围袭击的告急电和中央关于向国民党提出严正交涉，并向各方呼吁的指示。
周、叶接电，无不义愤填膺，立即中断纪念活动，迅速驱车外出，找到国民党谈判联络代表张冲，向国民党方面提出强烈抗议，要求“急电制止”。同一天，周恩来、叶剑英复电党中央，报告了同国民党代表刘为章交涉的情况，电报说，已告诉刘为章：我华北、华中将士得到新四军在茂林被围攻恶讯，义愤填膺，怒不可遏，只有迅速解除围攻，才能免除危机；提出要蒋介石、何应钦立令顾祝同解除茂林包围，让出新四军经苏南渡江的道路。同时直函向蒋抗议，坚持非经过苏南过江不可。请中央询问叶（挺）、项（英），究竟他们采取哪条道路折进苏南，以便做具体交涉。
与此同时，根据周恩来的指示，叶剑英在曾家岩亲自给在上饶的国民党军将领上官云相打电话，痛斥其袭击新四军军部的暴行，上官云相狡辩说是“误会”，叶剑英驳斥说：
“什么‘误会’？你们所讲的‘误会’就是何应钦、白崇禧一手策划的阴谋！你们‘围剿’了新四军军部，但是新四军的部队还在，八路军也不会袖手旁观的，你们要对后果负一切责任！”
叶剑英又通过电话责问三战区参谋长邹文华，对新四军之北移，你们不但不予以帮助，反借口阻击，这是破坏国共关系，将使问题更难解决。
十三日，周恩来、叶剑英向何应钦、白崇禧、刘为章、张冲提出最严重抗议，并要他们立刻转达蒋介石，要求立即解除对新四军的围攻，否则国共关系破裂之责将全由你方担负。十四日，周恩来、叶剑英再次致函蒋介石，要求他下令立即停战撤围。十七日，周恩来和叶剑英获悉国民党反动当局发布通令，诬蔑新四军叛乱，悍然宣布取消新四军的番号，再次向张冲提出了严重抗议。
十七日夜晚，《新华日报》关于揭露皖南事变真相的报道和社论被新闻检查官扣压，周恩来立即为《新华日报》题写了“为江南死国难者志哀”和“千古奇冤，江南一叶，同室操戈，相煎何急？”二幅题词，要报馆将题词手迹制版登在被扣去的稿件位置上，加快编排和制版印刷，组织好发行力量，抢在次日各大报发出之前送到广大读者手中。第二天一早，载有周恩来题词的《新华日报》便到达读者手中，并出现在重庆大街小巷的阅报墙上，报纸销量从平时的一千份猛增到五千份。
蒋介石看到报纸，不禁大发雷霆，把陈布雷、戴笠痛骂了一通，并说：周恩来的题词比篇社论还重要。
在这些日子里，叶剑英常常是通宵达旦地协助周恩来工作，经常陪同周恩来与国民党当局抗议交涉，不仅力解救新四军之危急尽最大努力，还帮助解决贵阳、桂林等八路军办事处、交通站等遭到的破坏问题。与此同时，还与梁漱溟、沈钧儒、邹韬奋、张申府、章伯钧、黄炎培、张君劢等爱国民主人士多次交谈，揭露国民党制造摩擦的真相，巩固和发展抗日民族统一战线。一九四一年一月十四日，叶剑英又同苏联驻华使馆武官崔可夫商谈，听取他的建议。
为彻底揭露国民党反动派制造皖南事变的真相和欺骗宣传，周恩来和叶剑英商量，决定写一篇传单广为散发。叶剑英立即召集军事组和其他有关人员共同研究，连夜赶写了《新四军皖南部队惨被围歼真相》一文，概括了八个问题，列举大量事实揭露国民党制造皖南事变的真相和阴谋。传单写好以后，叶剑英做了反复修改，于十九日晨送给周恩来审阅定稿。
周恩来看完，高兴地称赞说：
“剑英文锋犀利，可谓写得恰到好处。”
接着，周恩来又亲自修改了几个地方，指示赶快印刷，秘密散发出去。传单印好以后，大家分头出动，冲破国民党特务的重重阻挠，通过各种关系和渠道散发到山城重庆，使皖南事变真相很快大白于天下。
为了表明中国共产党对皖南事变的严正立场，中共中央军委发布命令，宣布重建新四军军部，任命陈毅为新四军代理军长，刘少奇为政治委员，张云逸为副军长，赖传珠为参谋长，邓子恢为政治部主任。同一天，中共中央军委发言人对新华社发表谈话，提出了中共关于解决皖南事变的十二条办法。
一月二十四日，周恩来、董必武、叶剑英联名致电中共中央，报告皖南事变后各民主党派的动向，说他们对国民党大为失望，痛感有加强团结的必要。已与我们交换意见，我等深表赞同。有些民主人士近因当局之压迫，日渐“左”倾，提出以联苏、联共为中心，主张与我党更密切合作，我们已表示赞同。
第二天，中共中央书记处回电：必须采取尖锐对立的步骤回答蒋介石一月十七日的步骤，政治上取全面攻势，军事上取守势。周恩来将中共中央解决皖南事变、挽救时局危机的十二条办法面交张冲转国民党中央。
由于我党的严正立场，由于周恩来、叶剑英卓有成效的工作，使皖南事变真相大白于天下，使国民党日益孤立。不久，蒋介石通过张冲找到周恩来、叶剑英，希望恢复两党谈判，并以允许中共在江南部队集中延期北移，新四军归入八路军扩大其编制等为条件。
这样的条件，虽比原来有所变化，但仍是十分苛刻的、不合理的。周、叶很快答复：不实行十二条，决无谈判可能。叶剑英针对蒋介石曾以番号、枪支、子弹、医药四者为诱饵，诱降中共某部失败这一历史事件，写下“两手弹四弦，目送飞鸿去”的诗句讥讽之。
叶剑英在重庆期间，与周恩来、董必武等先后住在红岩和曾家岩五十号，一直受到国民党特务、宪兵、警察的严密监视。面对一片白色恐怖，叶剑英毫无畏惧，协助周恩来进行了大量公开与隐蔽相结合的斗争。对于叶剑英协助周恩来与敌斗争的情景，当时的工作人员钱之光曾这样回忆说：“从武汉到重庆，叶是周的得力助手，声望比较高，有的事情周出面，有的事情叶出面，皖南事变，叶花了很大的力气。有好几个晚上都没有睡觉。有时，快要开饭了，我说：‘叶参谋长，吃饭了。’他说：‘不吃了，还要打个电话。’我们那时紧张得很，新四军军部被包围了，我们办事处也准备被包围。重要的东西部清理了。准备跑不出去，进集中营。”
在这龙潭虎穴，叶剑英与周恩来一起，带领南方局的全体人员，以大无畏的革命精神，在艰难，险恶的环境中，顽强地坚持斗争。他们经常对大家进行革命传统教育。有一次，在南方局召开的全体人员大会上，他和周恩来讲完话后，领着大家高唱革命歌曲。第二天国民党特务部门就在南方局驻地周围增加了人员，进一步加强了监视。面对这种情况，叶剑英坚定地对大家说：“我们共产党人天不怕、地不怕，要沉着应付，处于虎口，稳如泰山。”
这一年，叶剑英在重庆读到了地下党辗转转来的方志敏烈士狱中手稿，诵读再三，深为感动，立即建议《新华日报》刊登《可爱的中国》，并向在场的同志讲述方志敏烈士的斗争业绩，然后挥笔写下《看方志敏同志手书有感》：
血染东南半壁红，
忍将奇迹作奇功。
文山去后南朝月，
叉照奏淮一叶枫。
后来，叶剑英又将这首诗题写在方志敏遗照上。
周恩来非常喜欢叶剑英的这首诗，在一次南方局和八路军办事处工作人员大会上，周恩来对大家进行革命英雄主义和革命气节教育，他在讲了方志敏、陈铁军、周文雍在刑场上的故事后，又特意背诵了叶剑英这首诗，号召大家向烈士学习。
在场的同志深受感动和教育，纷纷向叶剑英索诗，一时间竞相传抄，互相诵读。邻沫若读后，特以叶韵和诗一首：
千秋青史永留住，
百代难忘正学功。
纵使血痕终化碧，
弋阳依旧万株枫。
随着形势的发展，根据中共中央“驻渝干部要尽量减少”的指示，一九四一年二月一日，叶剑英奉命从重庆飞返延安。离渝时，周恩来将给毛泽东的信及南方局为中央筹措的经费交给叶剑英带回。邓颖超又特意取来自己的照片，托叶剑英送给毛泽东。此外，叶剑英还带有南方局直接领导下的党与非党干部及所联系的同情分子的撤退、疏散和隐蔽计划。
叶剑英于二月二日飞抵延安，到达延安后，顾不得休息，立即到杨家岭面见毛泽东，将周恩来给中共中央和毛泽东的信以及邓颖超送给毛泽东的照片亲手交给他，向他汇报了皖南事变前后同国民党谈判的情况。俩人进行了长时间的亲切谈话。当晚，毛泽东致电周恩来：
“剑英本日上午十时抵延，畅谈五小时。收到来示，欣慰之至。报纸题字亦看到，为之神往。小超同志照片收到，谢谢。”
从此，叶剑英结束了长达四年之久的在国统区的统战工作，回到了延安。从南京、武汉、长沙、南岳、桂林到重庆，叶剑英以他特有的胆识和才智，协助周恩来同国民党进行了多方面的接触和多种形式的合作与斗争，在统战工作中发挥了重大作用，建立了不巧的功绩。
六、龙潭虎穴共腾翔
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