“文化大革命”开始后，叶剑英一开始就与林彪、江青两个反革命集团进行了坚决的斗争。在这些斗争中，他都得到了周恩来的支持与保护。在一九六六年十一月十三日、二十九日先后召开的两个十万人大会上，陈毅、叶剑英都作长篇讲话，批判了极“左”思潮和打、砸、抢的一套。林彪、江青一伙对几位元帅既害怕又痛恨，就指使“造反派”纠缠陈、叶，批判他们在两次“十万人大会”上的讲话，硬逼他们检查。此事上报到毛泽东那里。毛泽东想为陈、叶开脱，说：“检讨一下，了此一案。”
十二月三十一日，年末岁尾，叶剑英遵照毛泽东的指示，被迫到军队院校革命师生大会，即所谓“师生代表”会议上违心地进行“检讨”，算是“送旧迎新”。但是此事并未了结。军内造反派在“中央文革”一些野心家的策动下，成立“批判资产阶级反动路线筹备处”，确定一九六七年一月五日联合召开“批判资产阶级反动路线大会”，指名要陈毅、叶剑英到会检讨。开会的“通知”有两种颜色、两种写法，发给陈毅、叶剑英的是“到会接受再教育”，给其他人写的是“到会指导”。
叶剑英接到通知后，心中不免一阵悲怆，他想到了总理，立即向周恩来做了汇报。
周恩来听后，气愤不已，当即质问：是谁同意他们开这个大会的？为什么不报告？果断地说，不能叫他们开这个批判大会，即使开，老帅也不能参加。
然后，周恩来拖着疲惫之躯立即驱车来到人民大会堂，连续两个晚上接见群众组织代表，说：
“陈毅、叶剑英几位元帅都是拥护毛主席的，你们把他们作为全军资产阶级反动路线的代表，是不符合实际的，明天的会，我不赞成！”
经过周恩来的耐心说服教育，终于制止了这次批判大会的召开，又一次保护了陈、叶等元帅。
这一期间，叶剑英在参加和主持军委的一系列会议的同时，还经常出席周恩来主持召开的中央政治局会议。就像在重庆时他与周恩来密切配合同国民党作斗争一样，在会议上，只要有机会，就同江青等进行面对面的斗争。在一次政治局会议上，叶剑英针对搞乱军队问题，再次强调指出：
“地方越乱，军队越要稳。不然，敌人乘虚而入怎么办？”
接着，叶剑英列举大量事实：
“全国十三个军区，有七个军区在搞运动。全军一百五十七所院校都在搞运动。到处抓反动路线的代表人物。目标就是抓各个军区、军种兵种的领导人。三个总部，总后瘫痪了，总政几乎瘫痪，总参部分瘫痪，海军瘫痪了，空军瘫痪了。凡瘫痪了的单位，所有的办事机构、会议室、招待所全部被占领，领导人来一个抓一个。”
说到这些，叶剑英再也抑制不住自己的气愤，激动地说：
“现在空军指挥部只好转移到战备工事中去。如果全国空中有什么事，指挥中断了，事情谁去办？”
叶剑英据理力争，手里拿着全国军分区以上单位受冲击的统计表指给江青看，严肃地说：
“内忧必然引起外患，稳定军队是党和国家的根本利益！”
江青一伙想到的只是乱中夺权，哪里管这么多！
听着叶剑英有理有据的分析，周恩来不时投来支持和赞赏的目光。
经过叶剑英等人力争，在周恩来支持下，一月十四日，中共中央发出了《关于不得把斗争锋芒指向军队的通知》。通知强调军队担负备战和保卫国防的任务，不许任何人、任何组织冲击人民解放军的机关。这个通知对稳定军队发挥了重大作用。
会上，两种意见针锋相对，争论十分激烈。
叶群突然向总政治部主任萧华发起攻击。她捏造种种罪名，强加在萧华头上，要他当晚向军队院校师生做检查。
接着，陈伯达摆出“中央文革”组长的架势，指责萧华：
“你是绅士，不是战士，是要把人民解放军变成资产阶级军队。”
江青则旁敲侧击，竭力帮腔，对萧华进行辱骂攻击。她指着萧华的鼻子问：
“今晚在工人体育馆召开十万人大会，你敢不敢去？”
逼迫萧华到会上说清问题，萧华以沉默表示对抗。
这时，江青一伙转而向会议提出，由徐向前主管总政工作。会上没有人表态。很明显，“项庄舞剑，意在沛公”，江青、陈伯达一伙围攻萧华的险恶用心是妄图从总政打开缺口，搞乱军队，以便他们进而打倒叶剑英等元帅，夺取军权。
叶剑英、聂荣臻对此看得非常明白，极为愤慨，未等会议结束，就退出会场，以示抗议。叶剑英回去后，立即将会议情况报告了毛泽东和周恩来，要求制止批斗萧华。
很快，周恩来就打回电话，明确指示：
“没有我的命令，萧华不能去大会检查。”
一九六七年二月十四日和十六日，叶剑英等中央军委和国务院的领导人，在中南海怀仁堂的政治局会议上，与江青一伙进行了面对面的针锋相对的斗争，后来被江青一伙恶人先告状，诬为“二月逆流”。对于所谓的“二月逆流”，周恩来一开始就不赞成这样提。为“二月逆流”的平反问题做了很多工作。中共八届十二中全会以后，毛泽东亲自找几位元帅谈话，并于一九六九年一月三日在一份简报上批示：“所有与‘二月逆流’有关的老同志及其家属，都不要批判，要把关系搞好。”林彪反革命集团被粉碎以后，一九七一年十一月十四日，毛泽东接见参加成都地区座谈会的李大章、张国华等人，当叶剑英走进会场时，毛泽东对到会的人员说：
“你们再不要讲他‘二月逆流’了。‘二月逆流’是什么性质？是他们对付林彪、陈伯达、王（力），关（锋）、戚（本禹）。那个王、关，戚和‘五一六’，要打倒一切，包括总理、老帅。老帅们就有气嘛，发点牢骚。他们是在党的会议上，公开的，大闹怀仁堂嘛！”
一九七二年一月初，毛泽东又对周恩来、叶剑英说：
“‘二月逆流’经过时间的考验，根本没有这个事，不要再讲‘二月逆流’了。现在我有事，请你们去向陈毅同志传达一下。”
为了慎重起见，周、叶当场核对了记录。一月六日十六时二十分，叶剑英匆匆赶到医院向重病的陈毅做传达。
一九六八年底，毛泽东亲自抓北京的“六厂二校”作为指导“斗、批。改”的试点单位。一九六九年春节，毛泽东找几位元帅谈话，要他们到工厂去蹲点，做点调查。叶剑英被指定去新华印刷厂。
叶剑英冒着凛冽的寒风来到二里沟车公庄的新华印刷厂，同陈云、谭启龙一起学习、劳动。他在装订车间，一面参加学习、劳动，一面接触工人搞调查研究。在车间里，他以一个普通劳动者的姿态，出现在工人群众中间，和工人同吃同劳动，尽自己最大努力干些体力活，同时参加学习班的批判会、讨论会，虚心向工人学习。为了学到更多的东西，他还在厂里的安排下，到别的车间去参观访问，详细了解生产的每道工序，并同工人们座谈劳动的经验体会，支持革新创造，关心群众疾苦。厂里的干部和工人知道他是军队元帅和中央领导人，七十多岁了，身体又不好，就主动照顾他，劝他多休息，单独开伙吃饭。但他一再表示，自己是来学习的，都婉言谢绝了，始终遵守工厂的规章制度和劳动纪律，坚持同工人们一起作息，一起到大饭堂就餐。工人们很是感动，都亲切地叫他“老叶”，愿意同他说心里话。工人普遍反映，“老叶”平易近人，艰苦朴素，和咱们心连心。这期间，叶剑英常给在自己身边的子女和侄儿选钩等谈自己在新华印刷厂劳动的情况和收获，说自己“每天向工人学习，受到教育根深”。
对于叶剑英在新华印刷厂劳动，周恩来十分关心，特意派杨德中几次去看望他，并带话嘱咐千万注意身体。
叶剑英专门给周恩来写报告，谈自己在工厂锻炼学习的体会。报告中赞扬工人的革命品质，谦虚地表示自己“落后了，要赶上去”。
一九六九年三月，苏联军队悍然入侵中国黑龙江省虎林县珍宝岛。
这时叶剑英虽然被迫离开军委领导工作岗位，但对“文化大革命”中发生的这一重大事件极为关注。三月初，毛泽东、周恩来指示叶剑英，同其他几位在北京“六厂二校”蹲点的元帅一起讨论国际形势，三月十八日，他们即向中共中央、毛泽东写出报告，提出了七条具体建议。三月下旬，叶剑英又同其他几位元帅一起多次研究了珍室岛反击作战问题，并根据研讨的意见，由叶剑英负责整理了一份《从世界森林看一棵珍宝岛树》的报告，呈报毛泽东主席。报告站在世界全局高度分析了苏联军队突然入侵珍宝岛的原因、目的及其发展趋势，进而揭示了美、苏称霸全球的战略企图、与各国之间的矛盾斗争。报告最后对民兵建设、军事训练、军工生产等一系列问题提出了具体建议。
一九六九年四月，中共第九次全国代表大会在国际国内形势极其紧张的情况下召开。在这次大会上，由林彪作的政治报告中再次批判“二月逆流”。叶剑英在会上根据当时的国际形势，特别是珍宝岛事件，在发言中强调要保持军队的稳定，争取时间加强训练，提高部队战斗力，准备打败敢于来犯的任何敌人。而林彪、江青一伙则鼓吹国际“中心转移论”，强调军队要“突出政治”，对叶剑英继续进行围攻。
但是，毛泽东、周恩来仍然没有忘记叶剑英，亲自提议他进中央政治局。由于有毛泽东、周恩来的亲自提议，加之德高望重的叶剑英受到大会绝大多数代表的拥护和爱戴，在中共九届一中全会上，他当选为中央政治局委员。
“九大”以后，叶剑英和陈毅、徐向前、聂荣臻等几位元帅，接受周恩来总理交代的任务，从六月七日开始，多次在中南海武成殿聚会，在陈毅主持下，全面深入讨论国际形势和战略问题。
叶剑英不负周恩来重托，经过认真思考，对国际形势和战略问题逐渐理出了明确的思路，提出了自己的真知灼见。在会上，他做了几次很有见地的发言。在发言中根据国际形势的发展，他强调要利用美国、苏联和欧洲各国之间的矛盾，尽快打开中、美之间的僵持局面，恢复中、美会谈。他说：
“现在美国不得不从南越逐步撤军，苏联在大力推动建立‘亚洲安全体系’，尼克松访问亚洲五国，是怕苏联接管‘真空’。美国国务院宣布‘两个放宽’，步子虽然不大，但表明尼克松想拉中国的新动向。”
后来，由参加会议做记录的熊向晖等人根据元帅们讨论的情况，整理成一份书面报告《对战争形势的初步估计》，于七月十一日由陈毅、叶剑英、徐向前、聂荣臻签署，上送周恩来总理转呈毛泽东主席。在这份报告中，四位元帅对中、美、苏“三大角”的战略关系进行了深入的研讨，全面地分析了“中、美、苏三大力量之间的斗争”，着重地对苏美矛盾进行了深层次的分析，并判定：
中、苏矛盾大于中、美矛盾，美、苏矛盾大于中、苏矛盾，反华大战不致轻易发生。报告全面地勾画了国际战略新格局，为打开中、美关系，为中共中央和毛泽东主席制定了重大战略决策提供了依据。
周恩来看到这份报告，深为里面的精辟分析所高兴，立即转呈给毛泽东主席。
但是，林彪一伙并没有放弃对叶剑英等人的迫害。一九六九年十月，他们借口所谓“紧急战备”需要，迫使叶剑英等许多老同志离开北京奔赴外地，年过六旬的叶剑英被“下放”到长沙，以后又辗转流徙千岳阳、湘潭、广州等地，含冤受屈，受尽林彪及其追随者们的冷遏、刁难和折磨。同时也受到许多领导人和基层工作人员及群众的关怀和爱戴。
周恩来身在北京，心中却仍在时时关怀着叶剑英，多次打电话给他，表示慰问。
一九七○年七月六日，叶剑英突然被告知，由长沙乘机返回北京，为中共九届二中全会做准备。叶剑英刚到住地二号楼，电话铃声就响起来了，原来是周恩来专门打来电话，表示欢迎和慰问。
一九七一年九月十三日，身为中共中央副主席、军委副主席的林彪，在妄图谋害毛泽东、另立中央的阴谋败露后，从山海关机场仓皇爬上二五六号三叉戟飞机，叛逃国外，折戟沉沙。周恩来得知这一意外事件，很快向叶剑英做了通报，并让他转移到北京西郊玉泉山九号楼待命应变。叶剑英密切注视国内外局势，随时准备应付可能出现的突然事变。
七、精心护帅
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