叶剑英加入中国共产党后，根据党组织的指示，率部南下广州，于一九二七年十二月，与张太雷、聂荣臻等人一起发动了举世震惊的广州起义。一九二八年秋，中共党组织决定，叶剑英等人去苏联学习，周恩来指定叶剑英为学习组组长。十二月，叶剑英带领大家到达苏联莫斯科，入中国劳动者共产主义大学学习。
一九三○年，叶剑英结束在苏联的学习生活，回到上海，向中共中央政治局常委、军委书记周恩来汇报了在苏联学习的情况。周恩来十分热情地接待了他，并留他暂时在上海军委工作，与刘伯承一起翻译苏军步兵战斗条令。经过一段努力，条令译好成书，送往各个根据地，对我军建军作战起到了参考作用。
一九三一年初，周恩来找叶剑英谈话，征求他对今后工作的意见。叶剑英说：
“我过去一直在军队工作，现在回国来，还是想搞军事工作，希望组织派我到苏区去。”
周恩来根据叶剑英参加东征、北伐、广州起义的经历，认为他是一位很有军事才干的指挥员，决定派他到中央苏区去工作，并特意发报给苏区中央局，让叶剑英担任中央军委参谋部负责人。一九三一年十一月二十五日，中央军事委员会成立，正式任命叶剑英为中央军委委员兼总参谋部部长，后改为工农红军总参谋长。
不久，周恩来从上海到达中央苏区担任苏区中央局书记、红军总政治委员。在反“围剿”作战中，叶剑英第一次作为周恩来、毛泽东、朱德的助手，在军事指挥中表现出了突出的才干。
一九三二年五月，蒋介石自任鄂豫皖三省“剿匪”总司令，调集大批军队向鄂豫皖苏区发动第四次“围剿”。与此同时，他下令组成以何应钦为首的赣粤闽边区“剿匪”总司令部，指挥江西、广东、福建、湖南的国民党军牵制中央根据地红军的主力，并为大举进攻中央根据地做准备。
叶剑英积极协助周恩来、毛泽东、朱德组织指挥苏区军民，昼夜反击敌人第四次“围剿”。六月三日，毛泽东签署电报至朱德、王稼祥，要求东路军各军在“三天内整理完毕，准备九号出动”：“八号下午二时在官庄总司令部开军事会议，军长、军政委、军团总指挥、军团总政委、军团参谋长均到会。”叶剑英于六日上午赴上杭县官庄。七月初，红军发起南雄、水口战役，打击了向江西“进剿”的国民党军粤军部队的气焰，基本稳定了中央根据地的南翼。叶剑英亲自到前线视察，了解敌情，并作战役部署。
八月上旬，苏区中央局在兴国举行会议，确定红军向北行动。叶剑英根据会议的决定，领导参谋人员制定了详细的作战计划。为周恩来等人指挥作战提供了依据。按照这个计划，第一步先攻打乐安，得手后，再攻取宜黄。中革军委据此向部队下达了发起乐安、宜黄战役的军事训令。在周恩来、毛泽东、朱德的直接指挥下，红一方面军于八月十七日攻克乐安，二十日攻取宜黄。此役共歼敌约三个旅，俘敌五千余人，取得了重大胜利。
叶剑英制订的切合实际而周详的作战方案，深得周恩来的嘉许，他在八月二十八日给中央局的信中说：
“本来过去军事行动向无方案的，所谓专于机动而不果决，这次我们力矫此弊，本着这个方案去做，实现和完成了第一步作战计划，获得伟大成功。”
在这里，周恩来高度赞扬了叶剑英领导的参谋部的工作。
攻下乐安、宜黄后，红一方面军按原定计划向东袭取南城，但在南城近郊受阻，与敌形成对峙局面。
在这种情况下，叶剑英认真分析了战场的敌我情况，向中革军委领导人提出分一部兵力牵制南城之敌。而以主力直取距南城较远的崇仁县县城的建议。他具体分析说：
“崇仁守敌仅一个骑兵师的兵力，我军可以长途奔袭，出其不意地先攻下崇仁。届时，敌军必定来援。我军则可以逸待劳，聚歼敌增援部队。”
然而，叶剑英的这个积极建议未被采用，以致坐失战机。这使颇具军事才华和眼光的周恩来十分痛心，他在给中央局的信中说：
“这一计划，原是根据敌情变动而提出的，我们因为坚守原定计划，企图先消灭朱绍良一路。故未采用，这确实是不善于机动的错误。”
在异常残酷紧张的反“围剿”作战期间，叶剑英始终精力充沛，工作极富成效，受到周恩来、毛泽东、朱德的高度赞扬。红军的高级将领都尊敬地称他为“叶参座”。
周恩来不仅在军事工作方面十分重视叶剑英的意见，在其他工作方面也注意发挥他的才能。这年十月，周恩来代表苏维埃政府和工农红军，与福建政府和十九路军派来瑞金的代表吴明等人进行谈判时，就常偕同叶剑英一起参加，听取他的意见。
一九三三年五月，蒋介石又调集五十万兵力，策划对中央革命根据地进行第五次大规模“围剿”。
为了反击这次“围剿”，根据中共中央局提议，中华苏维埃临时中央时府下令将中央革命军事委员会中前方移至瑞金。增加博古、项英为委员，由项英代理主席。同时，在前方另组中国工农红军总司令部兼红一方面军司令部。五月八日，任命朱德为中国工农红军总司令兼第一方面军司令员，周恩来为中国工农红军总政治委员兼第一方面军政治委员，叶剑英为中国工农红军总参谋长兼第一方面军参谋长。
叶剑英受命以后，先是在沙洲坝的乌石垄村组建起一个精干的司令部机关。不久，又奉命调往前方协助朱德、周恩来指挥红一方面军作战。
其后，即使叶剑英遭到“左”倾领导者的排斥，由福建军区前线调回军委任第四局局长时，周恩来仍然一如既往，照样器重他，信任他，并赞扬他是能上能下的好干部。
长征开始前，”左”倾机会主义在党内的统治达到高潮，他们极力打击排挤与他们观点不同的入，并力图将这些人留在即将被敌人占领的苏区，不带他们长征。这时，中央决定将军委总司令部、总政治部及其直属队组成野战第一纵队，任命叶剑英为纵队司令员。叶剑英利用职务之便，向周恩来提出保护被“左”倾领导者排斥打击的党的骨干，有些可以安排到一纵队的建议。这一建议，正是周恩来想要向中央提的建议，叶剑英提出使得他有了更加充足的理由，他以自己中共中央常委委员的身份，尽最大努力，保护和安排一批干部，参加了长征，其中，毛泽东就是在“左”倾领导者妄图将其甩在苏区的情况下，由周恩来以他是红一方面军创始人的名义，提出让其参加长征的。
长征开始后，叶剑英协助周恩来、朱德处理繁忙的军务，及时传达并贯彻执行军委的各种命令、指示，随时处理部队行军作战遇到的各种问题。他经常找负责人碰头，研究如何应付遭遇战和防止敌人空袭问题，组织部队克服各种艰难险阻，通过一道道封锁线。许多小事，他也非常细心。路过湘西少数民族地区时，住在老百姓的木板房里。这种木板房容易起火，他特意制定防火措施，防止发生火灾。
一路上，为了使周恩来、朱德能更好地指挥作战，叶剑英非常关心掌握敌军的部署和动态。。那时中共中央和地方党组织已经失去了联系，有关敌人的情报来源主要靠两条：一是地面侦察，二是通过无线电台侦听，破译敌台情报。叶剑英精心组织电台的同志分几个梯队交替行军，昼夜坚持工作，保证通信联络畅通无阻，及时地为周，朱提供准确的敌我情况动态。电台的人员少，工作很辛苦，叶剑英在艰苦的行军中，常去看他们，称他们是无名英雄，时时处处为他们着想，帮助解决各种困难。
红军渡过湘江，一战人员减半，继续艰难前进。下了山，涉过一条小河，前面是一片开阔地。叶剑英带领队伍迅速通过开阔地，向对面的小山上走去。这时，周恩来走过来，告诉叶剑英：
“命令部队切勿休息，立即前进，防止敌人空袭。”
叶剑英马上具体布置各单位注意防空。就在这时，敌机飞来了。叶剑英命令部队在路边隐蔽。敌机越飞越低。突然向着叶剑英及部队隐蔽的山腰处俯冲投弹。叶剑英见势不好，赶快跑开。刚跑了几步，一颗炸弹正好落在附近，“轰”地一声爆炸了，叶剑英摔倒在地。
“参谋长，你受伤没有？”警卫员范希贤见状，马上奔过来扶他。叶剑英自己爬了起来，踉踉跄跄地继续往前走去。这时，他才感到右大腿靠臀部的地方，一阵阵疼痛。用手一摸，鲜血已经渗透了裤子，不断地往下流。范希贤将他扶到一处平坦的地方，让他躺下，然后叫马夫立即去报告卫生部。
周恩来听说叶剑英受伤，立即派总卫生部部长贺诚赶来，贺诚当即把叶剑英扶上担架。当抬到总卫生部临时所在地时，伤口还在流血。同志们都关切地围上来询问他的伤势，他虽然感到疼得厉害，但却坚强地忍住，平静地回答说：
“没关系，不要紧。”
医生检查，发现了一块弹片打进了靠近臀部的地方，有好几厘米深。由于环境和技术条件的限制。弹片无法取出，只好留在体内了。医生对伤口做了简单的包扎，叶剑英便坐着担架，继续上路了。警卫员把棉大衣给他盖在身上。才发现大衣被炸穿了许多窟窿。原来炸弹爆炸时，叶剑英正用右手拎着大衣。如果不是这件棉大衣护着，说不定还会有生命危险呢！叶剑英每当谈起这次负伤留在身上的弹片，就风趣地说：
“留着它做纪念，可以使自己不忘过去。”
长征途中，尤其是在遵义会议期间，叶剑英在军委总部协助周恩来，朱德指挥作战，得到了极大信任。特别是在一、四方面军会合后，叶剑英将张国焘的密电及时送给毛泽东和党中央，受到毛泽东、周恩来等中央领导同志的高度重视。党中央连夜召开紧急会议，率领红一方面军主力北上，避免了红军内部可能发生的武装冲突，维护了团结，事后，周恩来多次表扬叶剑英在关键时刻，为党立了大功。
三、周恩来电示：由叶剑英任军委参谋部负责人
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