但是朱元璋等人的这种见解，是一种陈旧的观念，抛开自然地理的形势不谈，他们未把宋辽金以来，特别是元朝建立后近百年以来全国政治地理形势发生的重大变化估计进去。这变化简言之就是政治中心向东北方转移。如将关内外东北西北连为一体来看，唯北平最为重要。这点我们在下文中还将会谈到。这种事实是不以朱元璋等人的观念为转移的，在明初二十余年明与北元的斗争中，北平的地位再次显露出来。这不仅因为前述政治中心的转移，而且还因为元势力退出塞外，先后以上都、应昌为中心，这些地方都迫近北平，而他们南下夺取的最终目标仍是他们昔日的统治中心北平，这些都使得北平处于首当其冲的地位。
另外，大都——北平作为统治中心，元朝在这里留下的影响要甚于其他地方，因而加强对北平的统治又成为割断元朝遗民的故国之思，从而巩固明政权的有效手段。同时，牢固地控制北平这个前首都，也比控制其他地方对塞外的蒙元势力有更大的威慑力量，对于那些企图归降明朝的人也有更大的吸引力。如此种种，使得北平的地位，从而使以北平为封国的燕王的地位大大突出出来。而当历史和现实在发出呼唤的时候，燕王朱棣以他的智勇能不负众望地承担这一重任，则保证了他自身地位的稳步上升。我们所指的主要是实力地位，在名分上，他是无法超越秦晋二王的。秦王为什么没参加这次北征，是否因为他担任了宗人令而不能出征呢？不得而知。
随着诸王的登上军事舞台并显示出实力，朱元璋感到皇室的地位更加巩固，加速了他削除权臣、集中皇权的步伐。就在晋王、燕王北征告捷的两个月之后，朱元璋就发动了一个大狱。朱元璋借口胡惟庸这一陈年旧案，将太师韩国公李善长置于死地。李善长是朱元璋的同乡（安徽定远人），朱元璋起事不久便得到他的辅佐，预机画、主馈饷、定立制度，在文臣中功劳最大，因而被授予开国辅运推诚守正文臣、特进光禄大夫、左柱国、太师中书左丞相，封韩国公，岁禄四千石，子孙世袭，颁给铁券，免二死，子免一死。当时封公者还有徐达、常遇春子常茂、李文忠、冯胜、邓愈，共六人，而李善长居诸公之首，位崇秩尊，朱元璋将其比于汉之萧何，并将临安公主嫁给他的儿子。
洪武十三年，胡惟庸因谋反罪被杀后，李善长的地位很久都没受到影响，然而到了洪武二十一年蓝玉北征至捕鱼儿海，据说是获得了胡惟庸谋反的证据：私通北元。至此，由于御史的劾奏，李善长竟被打入胡党，罪名是“知逆谋不发举、狐疑观望怀两端，大逆不道”，正好这时又有人说星象异常，“其占当移大臣”。于是便将李善长及其妻女弟侄家口七十余人一并处死。同时以胡党被处死的还有吉安侯陆仲宁、延安侯唐胜宗、平凉侯费聚、南雄侯赵庸、荥阳侯郑遇春、宜春侯黄彬、河南侯陆聚等，已故的营阳侯杨璟、济宁侯顾时等也受到追论。李善长死的第二年，虞部郎中王国用上疏对李善长之狱提出怀疑，他说：
善长与陛下同心，出万死以取天下，勋臣第一，生封公，死封王，男尚公主，亲戚拜官，人臣之分极矣。籍令欲自图不轨，尚未可知，而自谓其欲佐胡惟庸者，则大谬不然……使善长佐惟庸成，不边勋臣第一而已矣，大师国公封王而已矣，尚主纳妃而己矣，宁复有加于今日？……若谓天象告变，大臣当灾，杀之以应天象，则尤不可。臣恐天下闻之，谓功如善长且如此，四方因之解体也。今善长已死，言之无益，所愿陛下所戒将来耳。
朱元璋见到奏疏，竟然不加之罪，其实他心里很清楚这是一个冤案。
亲王的成长促成朱元璋铲除权臣，权臣的铲除又促使亲王进一步掌握权力。
洪武二十六年二月，凉国公蓝玉被指为谋反，族诛，列侯以下坐党夷灭者不可胜数。吏部尚书詹微、户部侍郎傅友文、开国公常升、景川侯曹震、鹤庆侯张翼、舳舻侯朱寿、东莞伯何荣、普定侯陈桓、宜宁侯曹泰、会宁侯张温、怀远侯曹兴、西凉侯濮玛、支平侯韩勋、全宁侯孙恪、沈阳侯察罕、徽先伯桑敬等等均以蓝党坐死。洪武二十七年十一月，颖国公傅友德赐死，竟无罪名。
与此同步：
洪武二十四年二月，齐王率护卫骑兵在开平近地围猎，遇有战斗则自为队参战。五月，汉、卫、谷、庆、宁、岷诸王练兵临清。分别设置护卫军：汉王甘州中护卫、卫王广宁中护卫、谷王兴州中护卫、庆王宁夏中护卫、宁王营州中护卫，岷王西河中护卫。二十五年正月，晋、燕、楚、湘诸王入朝，朱元璋命令他们“岁训将练兵，周视封疆，作军器必精良，以固边圉”。二十六年二月，命晋王总宋国公冯胜等所统河南、山西军士出塞，胜及颍国公傅友德、开国公常升、定选侯王弼、全宁侯孙恪等驰驿还京，其余将校悉听晋王节制。三月，代王率护卫兵出塞，受晋王节制。三月丙辰，令宋国公冯胜、颖国公傅友德住北平等处备边，其山西属卫将校悉听晋王节制。北平属卫将校悉听燕王节制。“凡军中应有机务，一奏朝廷，一启王知，永着为令。”庚申，复遣使谕晋王、燕王：“各统所辖都司军马，凡军中赏罚大者以闻，小者宜从处分。”辛酉、庚午、甲戌，并西安右卫于西安中护卫；改华山卫为西安左护卫；改秦州卫为西安右护卫。
二十八年四月甲申，又诏置辽（卫）、宁、谷、庆、肃（汉）五王护卫指挥使司。二十八年，肃王（原封汉王）就藩甘州，理陕西行都司甘州五省军务。三十年令督军屯粮，遇征伐，以长兴侯耿炳文从。二十六年，辽王植就藩广宁，宁王权就藩大宁。洪武三十年，朱元璋要求他们“自东胜以西至宁夏、河西、察罕脑儿，东胜以东至大同、宣府开平，又东南至大宁，又东至辽东，抵鸭绿江，北至大漠，又自雁门关外，西抵黄河，渡河至察罕脑儿，又东至紫荆关，又东至居庸关及古北口，又东至山海卫，凡军民种地，毋纵畜牧。其荒旷地及山场，听诸王驸马牧马樵采，东西往来营驻。因以时练兵防寇。违者论之。史称宁王“带甲八万，举车六千，所属朵颜三卫骑皆骁勇善战，”“以善谋称”；庆王栴就藩宁夏，诏理庆阳、宁夏、延安、绶德诸卫军务，朱元璋对诸王的行动随时给以指示。如二十六年三月乙卯派人对燕王说：“尔护卫士卒，每遇出猎必选数千骑被坚执锐以训练之，使之常习劳苦，则临阵不怯。”三月甲戌，他听说晋王督兵在下水筑城，便派人加以责备，批评他“无深谋远虑”，并要求他“自今军中调遣，必计出万全，毋徒劳军士”。
除练兵防边外，朱元璋给各都司卫所下达筑城、屯田及从征的任务，也通过所在诸藩王去执行。如二十八年正月辛亥朱元璋遣使命令周王橚，发河南都指挥使司属卫马步官军三万四千人往塞北筑城、屯田；甲寅，遣人敕谕晋王发山西都指挥使司属卫马步官军二万六千六百人往塞北筑城、屯田；甲子，命令燕王发北平二都指挥使司并辽东都指挥使司属卫精骑兵七千、步兵一万，命都指挥使周兴为总兵官，同右军都督佥事宋晟、刘真、往三万卫等处捕野人，其属卫指挥庄德、景保安、张玉、卢震等悉令从征。
洪武三十年正月乙丑，朱元璋命令肃王楧曰：“古者兵出于农，人无寒馁，有寇则操戈以战，无事则荷耒以耕。此良法也。今春气方和，宜及时督军屯种，遇有征伐，尔其率精兵与长兴侯耿炳文等进讨。”这时，在汉中府沔县发生了一场有千余人参加的造反，“陕蜀番民”也因而起事，朱元璋慌忙派长兴侯耿炳文、武定侯郭英，发陕西四川兵讨之。并对刚嗣秦王位不久的朱尚炳说：“尔宜练士卒，缮甲兵，时巡逻以备无虞，况尔年幼，当夙夜警惕无急。”
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