这样，不仅诸王的势力不断加强，而且军事经验也在不断增长，同时，无形中形成这样一种格局，即皇帝——诸王——都司卫所的格局。诸王成为代替皇帝直接控制地方军事力量的一个重要层次。这种格局是朱元璋削除权臣、加强皇室地位这一指导思想的必然结果。
洪武二十八年三月二十日，秦王朱樉死，这时他年已四十。他是曾被朱元璋寄重的一位亲王，在辈分上仅次于太子朱标，因而朱元璋给其的谥文中说：“尔以年长者，首封于秦。”期于永保禄位，藩屏帝室。看来他有负所托。如前所说，在备御北边时，秦王并无突出表现，而且还屡有过失，因此一度被召还京师。所以谥文中又说：“夫何不良于德，竟殒厥身。”他的谥号竟是一个多有贬意的“愍”字。对他的死，朱元璋是很悲痛的，老年丧子，人同此心。但他的死却使朱棣的地位无形中又上升了，至少，朱棣又失掉一位竞争的对手。
洪武二十九年，二月二十三日，在边境上巡逻的骑兵发现在道路上有脱落遗失的车轮，宁王朱权马上将这一情况报告给了朱元璋，朱元璋认为这是蒙古骑兵仍在边境活动的证明，蒙古兵很有可能再次入寇边境。朱元璋说：“胡人多奸，示弱于人，此必设伏以诱我军，若出军追逐，恐堕其计。”于是命令燕王朱棣选精卒壮马奔赴大宁、全宁，沿河南北觇视胡兵，针对敌情，随时随地给予打击。同时，他要求周王朱橚命其世子朱有燉，率领河南都司精锐，赴北平塞口巡逻。三月，燕王朱棣再次率师出塞北征。军行至彻彻儿山与蒙古军队发生战斗。蒙军首领孛林帖木儿等数十人被俘。明军乘胜追至兀良哈秃城，又与蒙军哈刺兀等发生战斗，明军再次取胜。这次北征历时很短，而且史籍记载十分简略，大概是战绩无足称道吧？
不管怎么说，这次北征，再次给朱棣提供了展示其才能的机会。
洪武三十年。四月初三，朱元璋给晋王、燕王下了一道敕书，谕以“备边十事”：
其一曰，向者发往开平防边擒胡大小将校，宜遣人阅实明白，具籍以闻。是时塞草方青，胡人必顺水草而南，宜谨斥堠，广布置，务殚智虑，设法提防。每一堠用马二匹，而以三十堠为一路，计用六十匹。其相去或二十里，或三十里，则设一路，总十路则用马六百匹。其布置之法，则由内而外，其近里则二十里为一堠，计十堠。外则十五里为一堠，又计十堠。又外则十里为一堠，又计十堠。以此撙节一路，可望五百里，少有烽警，则无不先知矣。
其二曰，须选人领精骑或五六千或七八千，在百五十里至百里外一路潜伏，以侦望之，则可知彼虚实矣。
三曰，所设十路斥堠，每处为三十层，每层马二匹，东西相去二百里，广受所发防边将校。东五层内，西五层内，皆须在十层两向以候远望消息。仍令每堠垒炮积薪，务严备豫，昼则望烟，夜则望火，至加防慎，则彼之多寡亦可知矣。
四曰，王所统大军，除发去都督等员率领提备，其余护卫或一万，或二万，亲王率于附近屯所往来牧放，仍须被坚执锐，夙夜加谨。望远者，去王约三十里，不许顷刻有怠。王之队伍，常在斥堠以里，不宜久驻一处。东西南北往来莫测，又须趁逐水草，随营牧放以就孳焉。
其五曰，今年八月二十日晋王、燕王起程，九月一日，辽、宁、谷、代起程，务在约量程途，同至京师，朕别有议非面谕不可也。
其六曰，今年屯种自东胜至开平，开平至大宁、广宁，须五月，报禾苗长养何如，七月再报结实何如，十月又报所收子粒若于。一岁三报，不惟使朕知边储虚实，而屯军亦不至懈力矣。
其七曰，晋王、燕王宜督诸王并都司、行都司报知孳畜预战马数，必从行太仆亲点视稽验。自洪武二十三年至于今，通计所产驹若干，悉数以闻。
其八曰，京师发去江淮太仆寺孳生马及战马，八年之间数该七万。王督诸王及都司，行都司，以逐年领马之数，稽其原领月日，暨受马月日，条列具陈，仍令太仆寺督并，更加号令催督都司，行都司，毋容少怠。
其九曰，向者所发有罪大小将校，须悉心点视，立成队伍，其中有名到而人不至，及有病亡者，皆须明白具数以闻。
其十曰，不分大小官员并军校等，凡领骒马，验其关领月日，每年纳驹一匹。仍须审其孳产有无，不可一概征索。
特谕尔知，如敕奉行。
初九，朱元璋在给朱棣的信中说：
玉林、天城皆西北要地，非坚城池不可以守。今山西军已筑玉林城，其天城城宜令北平军士筑之。期今岁完。否则来年完之。毋促役以困其力也。
这时朱元璋仍念念不忘对蒙古的防御。不断地向诸王授以御敌方略。就在同一天，朱元璋又下令给晋王燕王说：
近钦天监奏，占天象当有胡兵入寇，朕以为不特天象可以征，以人事度之，胡人近有是谋。何也？前岁秋，山西塞外降胡逃归岭北，此数人居山西八年，安得不以中国虚实为胡人谋乎？此胡人入寇之端也。自今其令都司、行都司简阅步卒、骑兵、或三万或二万，常兼数万步卒，而骑兵每五百以一将领之。五百分为五队，每队领以一战将，而五将咸听一将之令，往来折冲，以据贼阵。步兵亦如骑兵之法，选将领之。严饬队伍与骑兵并进而夹攻。我马虽少，步兵则多，胡马虽多，彼无步卒。苟有侵犯，可与战矣。其深体联意毋忽。
这月，朱元璋又命燕王筑大同城。五月十八，朱元璋再次以天象示变敕谕晋燕代辽宁谷六王说：
验之历代天象若此者，边戍不宁，往往必验。今天象于往者正同，不可不慎也。其应虽非今岁，然二三岁间灼有寇边者。宜令军马东西布列，各守其地。今尔等所守地方，不下六千里，急遽难为聚会，每处军马多者不过一二万，而胡人之马计有十万。其不出则已，设若南行，马势必盛。自非机智深密昼夜熟算，孰能制之？兵法云“致人不致于人”，“多算胜，少算不胜，况无算乎”。吾今老矣，精力衰微，机思谋虑艰于运筹，尔等受封朔土，藩屏朝廷，若不深思远虑，倘或失机误事，非惟贻忧朕躬，尔等安危亦系于是，可不慎哉！
吾今略与尔谋，或今岁或二三岁，大军未会，止是本护卫及都司行都司军马各守分地，多不过一二万，倘遇胡马十数万寇边，不宜与战，或收入壁垒，或据山谷险隘之处，夹以步兵，深伏以待之。彼见我不与之战，必四出钞掠，俟其骄怠分散，队伍不严，我以马步邀截要道，破之必矣。若一见胡马辄以三五千或一二万轻与之战，岂特不能胜之，必至失利。务在深藏设计，待彼肆意驰骋，则一鼓可擒其首将矣。
五月辛未，朱元璋再以天象受警告燕王、晋王及诸王：
今塞草丰茂，山后地高，夏无酷暑，宜用心为备。上天垂象，不可顷刻自安。尔其训练士马，控弦以备之，庶几无患。
这时，不仅驻于边境的所谓塞王发挥着越来越重要的作用，而且驻于内地的亲王也无不担当重任，如楚王朱桢湘王朱柏，都被命前往镇压西南古州地区少数民族的叛乱。晋王、燕王则不断率兵巡边。六月初十，朱元璋听说晋王、燕王又统军巡视边境，出开平数百里，便派人前往授以方略。他说：
近者人自塞上来，知尔兄弟统军深入。古人统兵，贵乎知己知彼。若能知彼又能知己，虽不能胜亦无凶危。不知己又不知彼，猝与敌遇，凶莫甚焉。且以知己言之。我朝自辽东至于甘肃，东西六千余里。可战之马仅得十万，京师、河南、山东三处马虽有之，若欲赴战，猝难收集。苟事势警急，北平外马悉数不过二万，若逢十万之骑，虽古名将亦难于野战。所以必欲知己，算我马数，如是纵有步军，但可夹马以助声势，若欲追北擒寇，则不能矣。
今尔等率数千马离开平三四百里，驻旷塞中，况无轻骑远侦，以知敌情。设使胡兵数万昼潜夜行，隐柳藏狄，猝然相遇，彼以数万，我以数千，何以当之若欲纵辔驰行，其将何以全军士哉？今吾马数少，止可去城三二十里，往来屯驻，远斥堠，谨烽燧，设信炮，猝有警急，一时可知。胡人上马，动计十万，兵势全备，若欲折冲鏖战，其孰可当？尔等不能深思熟虑，提兵远行，不与敌遇，则侥幸尔。设若遇之，岂不危哉！
方今马少，全仰步军，必常附城垒。倘有不测，则可固守保全，以待授至，此上策也。
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