但是，杀毛文龙时，毕竟因为时机紧迫，没有来得及请求思宗批准，也就没有经过合法的手续。这样，袁崇焕难免被人攻击，说他有擅杀之罪，也难免受到崇祯的怀疑。所以，他在杀了毛文龙之后，特地上疏说明原委，请求思宗追认。他在疏中说：“请旨而出海行诛，则陈汝明等（毛文龙的党羽）潜伺京师，机一泄而贻患无穷，非便也。欲执之还朝，叫文龙以无旨抗拒，深入其军，擒之可出乎？遇此无可如何之人，当此无可如何之际，惟有出其不意，擒而戮之，以请死于皇上。”这个说明；虽然暂时得到明政府的谅解，由思宗追认为其做法合法，说了“文龙通敌有迹，事关封疆安危，阃外原不中制，不必引咎”。等等的话，后又传谕天下，宣布毛文龙的罪状，以安袁崇焕的心。但是，在明朝那种专制主义极端严重的情况下，根本不可能建立正确的上下级关系，必然会发生君权与将权的矛盾。在一定条件下，这对矛盾还会激化起来。袁崇焕既然“冒天下之大不韪”，未经皇帝批准，擅自杀戮大将，在思宗看来，这就侵犯了他的神圣不可侵犯的君权。何况思宗又是一个刚愎自用、疑心颇重的人，当然心中不免有所怀疑，同时也定然在心中存在着不快。后来，阉党残余看透了思宗的这种心理，又乘机以此为攻击东林、企图翻案的借口，使朝廷内部的党争重新尖锐起来，于是埋下了袁崇焕后来冤死的祸根。
袁崇焕后来被杀与五年平辽的方略亦有一定的关系。关于平辽之说，据《国榷》记载，是思宗问袁崇焕：“建州何日可平？”袁回答说：“以五年为期。”这句话当时就引起许多议论：有人认为袁崇焕大言欺罔，料定他不能成功；有人认为他向来把事情看得简单，只是随口答应，并没有深思熟虑过此事。
而后来阉党残余则抓住这句话，诬蔑他为了结束五年平辽之局，而引敌胁和，欲置之于死地（其实这话才说过一年，距离五年尚远）。袁崇焕久历边疆防务，当然有经过深思熟虑的方略。过去历次上书已言其梗概，此次被重新起用，更会认真考虑，甚至在陛下面前，他已经准备好回答思宗的问题。因此，他这么说，绝不是大言欺罔，也不是随口应答。如果按照他的方略行事，五年收复金辽，并不是没有可能（如果战略、战术对头，朝廷信用，将士用命，军民团结，形势的发展比预料的还快）。
当然，由可能变为现实，还需要条件，要看敌我双方力量消长的情况。对于战争各个阶段的时间，在袁崇焕心中本有一个粗略的估算，而在魏忠贤伏诛之初，朝政一新，思宗又极像一个大有作为的君主，因而增强了袁崇焕的信念。他又是一个富于感情的人，很感激思宗对他的信任和拔擢。当他看到思宗殷切期望平定辽东时，就把心中的话倾吐出来，意在加以宽慰。及至给事中许誉卿问他五年平辽有无充分把握时，他才想起需要补充说明努尔哈赤经过四十多年的经营，已有相当的基础，要收拾这一局面，本来并不容易，但皇上殷切期望，自己怎么忍心诉说困难？五年之中，必须中外事事相应，乃能成功。并且指出“法在渐不在骤”，也就是说不可能速胜。但是在这一方面强调得还不够，在不懂军事而又性情急躁的皇帝心中没有留下必须持久作战的印象，这对以后事态的发展有很不利的影响。
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