袁崇焕在山上问毛文龙随行官员姓名，都说是姓毛。毛文龙说：“这都是我的孙子。”袁崇焕说：“你们勤劳海外，每月只有一斛月米，言之痛心！希望你们为国家尽力，以后不愁无饷。”各官员都表示感谢。接着，袁崇焕就责问毛文龙为什么不肯改定军制，接受兵马钱粮的稽核。毛文龙还想狡辩，袁崇焕厉声说道：“我披肝沥胆，同你谈了几天，总希望你回头是岸。岂知你狼子野心，只想欺诳抗拒。目前皇上励精图治，国法岂能容你！”说罢，就叫人除去毛文龙的冠带，把他捆绑起来。毛文龙还很倔强。袁崇焕当时宣布毛文龙的十二条罪状：
（一）专制一方，兵马钱粮不受稽核。
（二）杀降人难民，冒取功劳。
（三）曾说：“牧马登州，取南京如反掌”的话，大逆不道。
（四）克扣军饷，侵盗军粮。
（五）擅开马市于海岛，私通外蕃。
（六）擅自委派高级军官，副将以下达1000余人。
（七）剽掠商船，自为盗贼。
（八）强娶民间女子，部下纷纷效尤，人民不得安居。
（九）强迫难民到辽东窃取人参，不愿去的，就让他们饿死岛上，白骨如山。
（十）运送金宝到北京，拜魏忠贤为义父，塑其冕旒像于岛中。
（十一）铁山之败，丧军无数，掩败为功。
（十二）开镇八年，不能恢复寸土，观望养敌。
毛文龙听了以后，吓得丧魂落魄，而又无可争辩，只得叩头乞免。于是，袁崇焕对毛文龙的官员说：“毛文龙有这样大的罪恶，你们说该杀不该杀？我今天如果错杀了他，你们就上来杀我！”随从官员大都相顾惶然、恐惧失色，不敢作声。
只有个别人说毛文龙数年辛苦，请求开恩免死。袁崇焕怒斥道：“毛文龙本来是一个布衣，现在官居一品，满门封荫，已足以抵偿，怎能容他这样悖逆！”说罢，袁崇焕就转向西方，朝着遥远的北京朝廷，一面叩头，一面说：“我现在杀毛文龙以整肃军纪。今后诸将中有像毛文龙这样的人，一律处死。我如果不能恢复失地，将来皇上也像我杀毛文龙这样杀我。”于是请下尚方宝剑，令水营都司赵一枝、何麟图为监斩官；令旗牌张国柄用尚方宝剑把毛文龙杀了。接着又向毛文龙的随从官员宣谕说：“今天只斩毛文龙一人，以安海外军民，其余无罪。我杀人的目的，原在安人。你们各人照旧工作，恢复本姓，为国效力，不必惊惧。”随即吩咐把毛文龙的尸体交给他的亲属备棺收殓。这时，毛文龙部下的健校悍卒，一方面因为袁崇焕的军队严整，无懈可击，不敢反抗；一方面又因为毛文龙平日虐待部下，不得人心，因此，谁也不愿意为他拼命。所以，在杀毛文龙的过程中，自始至终，没有发生什么变故。六月初六日，他前往毛文龙灵前“具牲醴拜奠”。说道：昨天斩你是因为朝廷的法律，今天来祭奠你，是因为同为阁僚好友，出于私下的交情。并为此而泪下。
杀了毛文龙以后，袁崇焕把毛文龙的部下218万人分为四部。交四将统率。又把部分水师改为马步军，一起加紧操练，准备同宁锦部队协同作战，以收“捣剿夹击”之效。同时他又晓谕安抚各岛，除去毛文龙一切虚政，释放无辜的狱中囚犯以及被掳掠来的商人几十名。
至此，经过一番整顿，宁锦等数镇合起来，共兵1513万有余，马811万有余，岁费经费480余万，节省开支128万。达到了建立统一指挥系统，减少军费开支的目的。
毛文龙原来是一个贪虐跋扈的阉党分子，曾经有多方面的人揭发他的罪状，但因他拥兵海外，朝廷也拿他无计可施。袁崇焕用计把他除去，是为国家除去了一大隐患，为整顿边防扫清了障碍，为辽东沿海人民解除了桎梏，既表现了他机智勇敢的非凡才能，也表现了他敢作敢为、勇于负责的精神。但袁崇焕杀了毛文龙，就难免擅杀之罪，要受到思宗的怀疑和反对派的攻击；反过来，如果被毛文龙杀了，又会被说成咎由自取，死不足惜。况且他和毛文龙并没有私仇，如果不是忠诚谋国，岂肯甘冒这样的风险，干这样的傻事？但是袁崇焕并不考虑这些，并不因此谨慎保身，消极避嫌，还是毅然决然地为国家除害。当他杀毛文龙的时候，他的中军何可刚曾对他说：“生文龙，国不幸；用文龙，朝廷不幸；杀文龙，公不幸。”这一点他的心中是完全明白的。然而他宁可杀了毛文龙，然后向思宗请罪，等待处罚，却决不肯姑息养奸，为国家留下后患。可是后来他竟真的因此被怀疑，被攻击，乃至被杀害，这实在是莫大的冤屈。
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