继任经略是兵部尚书、阉党分子高第。高第是一个没有骨气，没有胆量的小人，一贯反对守关外的政策。他一到任就言道：“关外必不可守。”下令把刚刚建立起来的锦州、右屯诸城的防御设备全部撤离，守城将士全部撤到关内，只把关外作为巡哨侦察之用。
袁崇焕向他据理力争：“兵法有进无退，锦州、右屯、大凌河是前锋要冲，三城既已恢复，决不可随便放弃。
如果锦州、右屯稍有动摇，那么宁远、前屯必然震动，山海关也失去了保障。现如今只有选择良将，加强守备，派左辅守大凌河，樊应龙等守右屯，更令一将守锦州。三城屹立，一面防守，一面待机前进。这样，不但能够坚守宁锦，而且还能恢复全辽。”但是，高第不听，并且要把宁远、前屯卫的守备也一齐撤掉。
袁崇焕斩钉截铁地说：“我是宁前道，既然做这里的官，就应该死在这里。我坚决不走！”高第没有办法，只得把宁、前二地保留下来。但是锦州、右屯、大小凌河、松山、杏山诸城的守备全部撤掉了。撤退的时候，“委弃米粟十余万，死人载道，哭声震野”，弄得“民怨而军益不振”。袁崇焕先已看到边事无法支撑，想和孙承宗同去，现在又眼见自己花了数年心血建立起来的宁锦防线无端破坏了，非常愤慨。特别是魏忠贤为了安插私人，控制边防力量，曾经派了许多监司到辽东来，使他不能很好地行使职权，以至“将吏之更置不得知，兵马之虚实不得问”，更使他苦恼万分。
恰巧不久前，他的父亲去世了。他在接到家信以后，就呈准上级回家守制，并且办好了移交手续。可是从他做邵武知县起到现在担任宁前道，始终保持着廉洁的操守，没有半点积蓄，这时他离职回家，竟穷得连行李盘川都没有。幸而有许多同僚赠送盘资，他酌收了一部分，才勉强成行。不料行到丰润，接到圣旨，不准他归家守制，命他回去照供旧职。当时，他极不情愿，就连续三次上疏请求回家料理丧葬。由于阉党暂时还要利用他守卫边疆，三次都没有批准他的要求。他不得不遵旨回任。
袁崇焕在回任时上疏说明自己坚持离职的原因说：“臣不能与不应手之人而任”；“闭关而守，无名示弱，臣不能任也”；“日日恢复，日日延挨，臣不能任也”。又说：臣任之，非但谨守宁前而已也，必将整练兵马，广开屯种，“以天下复辽东，以辽东还天下”。这些话明白地表示了自己不能和不应手的阉党共事，也严正地指出高第撤关外、守关内的主张是“无名示弱”，是“日日恢复，日日延挨”，并且提出和高第完全相反的意见。他当时还是一个参政兼兵备副使衔的监军道，竟敢同顶头上司兵部尚书辽东经略相对抗，这充分说明了他对边防事业的勇于负责以及不计较个人得失、无所畏惧的精神。不但如此，对魏忠贤随意安插私人党羽，滥派监司，使他无法行使职权一事，他也愤怒地提出抗议和警告。他说：“此中锋镝之场，勿以为功名之地！
辽阳、广宁皆以官多不和而败前覆可鉴！”这分明是对炙手可热的魏忠贤及其同党加以指责，说他们不应以边疆为猎取功名、培植党羽之地。在当时，能讲出这样的话来，是需要有很大的勇气和决心的。可是清初修撰的《明史》却记述袁崇焕曾在宁前为魏忠贤建过生祠。以袁崇焕与东林党人的政见相符，又一再受到东林党的器重和提拔，与东林党的关系极为密切等情况看来，《明史》的记载显然有误。袁崇焕的奏疏送上去以后不久，阉党为了敷衍他，就在这一年十二月升他为按察使，让他照旧负责宁前的守卫工作。
后金努尔哈赤看到孙承宗被排挤，新任经略高第仓惶退去、懦弱无能，认为明军不能坚守关外。他们又看到袁崇焕在宁前孤立无援，兵力单薄，认为若此时发动进攻，一定可以攻下宁远城，而且可以乘胜直取山海关，打开进攻北京的通道。于是利用锦州、右屯守军撤退，局势混乱，人心不稳的时机，于天启六年（1626年）正月，努尔哈赤以倾国之师十三万人大举渡过辽河，向宁远进攻。那时候，袁崇焕部下只有一万多人，仅及金军的十分之一，关外人心惶惶。
明王朝政府接到警报以后，召集群臣，商议战守事宜，大家却都想不出一个好办法来，众人皆认为宁远城绝对是守不住了。经略高第和总兵杨骐都带着兵将守在山海关上，不敢发兵救应。正月二十三日，努尔哈赤带兵越过宁远城5里，在通往山海关的大路上扎营，截断明军的退路，将宁远围得水泄不通。努尔哈赤派人向袁崇焕劝降说：“我带了三十万大军，来攻宁远，把城拿下来是绝不成问题的。你们如果来降，就给你们做大官。”袁崇焕早已下定与城共存亡的决心，毫不动摇地回答说：“你们无故向我们进攻，是什么道理！宁远城是我们的地方，既经我们修复之后，当然应该死守，岂有不战而降之理！”接着又说：“你们所谓三十万大军，实际不过十二三万，我们也不会比你们少！”这表现出威武不屈的大丈夫气概。
为了激励士气，袁崇焕同总兵满桂，副将左辅、朱梅，参将祖大寿，守备何可刚，通判金启倧等召集将士，誓死守城。并派满桂守东面，左辅守西面，祖大寿守南面，朱梅守北面，分区划守，相互支援，满桂还负责提督全城。他又亲自刺血写书，对将士下拜，还拿起一把草，放在嘴里咀嚼，并且吞咽下去，对众人说：“如能同心死守，我愿意来生变作牛羊，报答大家。”众将士一向爱戴这位同士卒共甘苦的监军，读了满纸忠愤的血书，眼见袁崇焕吃草的行动，都感动得流下泪来，纷纷向袁崇焕表示：愿意与君以死报国。于是袁崇焕留下自己的母亲和妻子，以示自己准备牺牲和抵抗到底的决心。
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