元祐七年（1092年）二月，苏轼奉调扬州。
他的长子在外地任职，他带小儿子参观途中各地。他遣开侍从，到乡下和百姓聊天。他看到王安石变法的遗祸，大地充满青翠的麦田，许多农舍却空空如也——农民最怕丰年，因为当地官吏和士兵会来逼他们还贷款的本金与利息，抓他们下狱。苏轼到达扬州，曾上表说“丰凶皆病”，老百姓在凶年的饥馑和丰年的牢狱之灾中进退不得。
经过苏轼的多次努力，他的建议部分被朝廷采纳。
元祐八年（1093年）秋天，有两个女人先后去世，一个是苏轼的续妻王闰之，一个是太后。她们去世后不久，苏轼的命运开始全面转变。八月一日苏夫人去世，九月三日太后驾崩。苏轼夫人死时，他的福禄达到最高峰，她死得恰是时候，不必陪他度过一生最悲惨的岁月。苏轼由扬州回京，先后当了两个月的兵部尚书，十个月的礼部尚书；他弟弟官拜门下侍郎。
苏夫人曾陪皇后祭拜皇陵，享受贵妇一切的荣宠。苏轼的孩子们都已娶亲，留在母亲身边。苏迈三十四岁，苏迨二十三岁，苏过二十一岁。次子娶了欧阳修的孙女。苏夫人的葬礼非常隆重，她的棺木放在京城西郊的一座佛寺中，十年后，他们夫妻合葬在一起。苏轼为夫人写的祭文措辞恰当，古雅质朴，文中说她是贤妻良母，待妻的儿子如同己出。他说她分享他一生的起伏荣辱，心满意足，希望自己将来要和她葬在同一墓穴。百日之后，苏轼请名家李公麟画了一张十菩萨像，祭献给她，还叫和尚做法事，保佑她平安升入极乐世界。
太后——神宗的母亲，哲宗的祖母倒真是苏轼的守护神，她一死苏轼马上倒霉，她摄政时的其他大官也一一遭殃。贤明的老太后早就感到政风将变，因为孙子在她身边成长，她太了解他了。哲宗是个爱好文艺的少年，其他方面处事轻率，脾气暴躁，容易被老奸巨滑的小人所支配。他对祖母怀有恶感，可能是王安石的党徒故意挑拨的。
太后死前十天，范纯仁和苏辙等六位大臣前去探病。范纯仁是名臣范仲淹之子。
“我大概无法复原了”，太后说，“不能长期看着你们。你们要尽力侍候小皇帝。”
大臣即将告退，太后指名要范纯仁留下来，于是哲宗叫别人退开，只剩下范纯仁和吕大防。
朝中传闻太后谋反，要立自己的儿子为帝，太后问道：“皇上年幼，神宗委托老身治国。九年里你们可曾看到我特别照顾娘家？”
“没有，”吕大防说，“太后未曾厚待娘家，一切都是以国家社稷为重的。”
“正是如此，”太后含泪说，“所以老身临死才见不到自己的儿子和女儿。”太后并没派儿子在京做官。
“太后必能康复，”吕大防说，“请听从医生的劝告。您现在不该说这些事情。”
“不，”太后说，“今天当着你们的面，我要对皇帝说几句话。我知道我死后会有一些大臣愚弄他——孙子，你该当心！”她转向吕大防和范纯仁说，“在我死后，你们还是辞官归隐吧。我认为皇帝会任用一批新人的。”
她问侍从宫中有没有请大臣吃饭，她对吕大防和范纯仁说：“现在去用餐吧。明年此日，请记住老身。”
太后一死，苏轼就奉调离京。他自己请调，被派到最麻烦的区域，统领河北西部的军区，担任步兵和骑兵领帅，衙门在北平附近的定州（今定县）。根据宋朝体制，军事将领都是文官，由将军担任副职。苏轼任期不长，却证明诗画家也可以指挥军队。军政腐败，士兵薪饷低，衣服破，伙食差，军营一踏糊涂，贪风很盛，军纪松弛，官兵酗酒赌博，样样都来。这种军队是无法临战的。苏轼着手修营房、整纪律，将贪污的官吏革职议罪，改善军人服装和伙食。
太后去世后的第二年，哲宗改年号为“绍圣”。绍圣元年（1094年）四月，章惇为相。
章惇曾是苏轼的好友，王安石当政期间，正派学者大都因抗议而去职，章惇却一步一步往上升。他拜相后，马上把老党徒扶回高位，这些都是不简单的人物，都以残忍、奸诈而知名。
太后摄政期间，章惇曾被监禁，如今，他开始疯狂报复。王安石当年罢黜反对派，与这回第二次迫害相比，简直是小巫见大巫。司马光和吕公著已死，他们在坟墓里也不得安宁，死者两次被削去封号和官衔。
这样还不够，章惇又劝皇帝挖司马光的坟墓，打烂棺材，鞭尸示众，以警告所有不忠的臣民，幸亏他没有如意，否则司马光的墓就将不复存在了。
章惇拜相后，他的巨斧首先落在苏轼的身上。苏轼最先被贬到广东高山南部，通称为“大庾岭外”的地区，他被削去官职，调任英州（今广东英德）太守。
苏轼察觉到眼前的变化，但他并没有去考虑这一次问题会严重到什么程度。太后去世时，他即将到定州任职，当时皇帝不许他上殿辞行，他已预感到事态严重。
八年来他断断续续教过小皇帝，十分了解皇帝为人，但是他并不明白以后的命运，贬到英州当太守并不特别辛苦。
他的罪名一再重复的老调子，不外乎“诽谤先帝”，证据是元祐年间他所拟的王安石亲党的解职令。
现在苏轼由华北动身，要走一千多里地到岭南。
他一生东飘西荡，这一次，不过是又一次起程。他年届五十九岁，看过了太多荣辱起伏，已不会轻易被新局面吓倒。
苏辙此时在汝州任职。他是绍圣元年（1094年）三月被贬的，几个月后，又奉调转往高安。汝州离京师很近，苏轼先去向弟弟争取财政的支援。苏轼不善理财，太后摄政九年间他官运不错，但他一直调来调去，几乎没有积蓄；另一方面苏辙不断升迁，最后当上“宰相”。苏轼去汝州，苏辙给了他七千缗供其家在宜兴定居。苏轼从苏辙居处回来，发现他的官阶又降了一次，英州的派令倒没有更改。苏轼上书请愿，希望皇帝同意他坐船走，算是对老师的一项恩赐，他担心走千余里的陆路，自己会病死在路边。皇帝批准了他的请求，苏轼把全家——包括三个儿媳妇送去宜兴湖泊区的苏宅，只带侍妾朝云和两个小儿子同行。
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