调查清楚之后，翁同龢主持刑部堂会，就案中疑点一一列举，明白表示：案情一日不清，决不草率复奏！
刑部尚书桑春荣知道此案涉及大臣太多，不敢得罪人，害怕事情弄大，主张不宜节外生枝，维持原判。
刑部侍郎翁同龢坚持己见，驳斥尚书之意见。双方展开激烈争议，相持不下。
堂会最后决定，由帝师翁同龢代为起草奏折，请浙江巡抚答复案中所有疑窦、疏漏问题，驳令再审。
大臣李慈铭在日记中写道：闻主此驳者，全出翁侍郎同和力，与尚书桑春荣争而得之。定议驳奏若侍郎者，可谓不负所职矣！
翁同龢多次面奏慈禧太后，汇报案情，指出疑点，面承懿旨，彻查此案。
慈禧太后传谕刑部：批准其奏请，由刑部出面，传谕浙江巡抚对杨案再行详鞫。
案情正在加紧彻查之时，慈禧太后信任翁同龢，又交给他一项新的任务：与醇亲王承办同治皇帝陵寝工程；毓庆宫行走，担任新帝师傅。
浙江地方官员千方百计拖延此事，办事之时，拖泥带水，想敷衍了事，不了了之。
北京许多官员也牵涉其中，更不想将此案翻转过来，也一味地推诿，竭力维持原判。
翁同龢公务再忙，依旧关注着杨乃武案，时常到刑部视事。他的侄子翁曾桂时任刑部主稿，承办杨案的复查事宜。
许多时日过去了，没有结果。
慈禧太后也很关注此案，特地召见翁同龢，问：此案究竟如何？
翁同龢回奏：回皇太后，此案事关逆伦，人命至重，应请饬下巡抚，将案犯、人证一体解京听候复检，自然水落石出！
慈禧太后觉得奇怪，彻查此案，为何如此拖拉？她立下懿旨：将此案所有人犯、人证、承审官等等，全部带到北京刑部，亲自审问，并在北京海光寺，当众对葛品连尸体开棺验尸。
一庄人犯、人证、物证带到北京，由慈禧太后亲自主审。
开棺验尸的结果，葛品连是因病至死，不是中毒身亡！
这场冤案，就此大白于天下。京城、地方正直之士，无不切齿痛恨浙江巡抚杨昌濬、浙江学政胡瑞澜，想生吃其肉！
可是，刑部尚书桑春荣年迈而平庸，还是不想得罪这许多的封疆大员，想从轻处置。大小官员们也从自己的私利出发，不想治陈巡抚、刘知县之罪，特别是刘知县与大学士宝鋆是乡榜同年！
曾以杀安德海闻名的丁宝桢，时任四川总督，这时正在北京。他听说此事之后，认为杨乃武风流成性，不是什么好东西。他听说这是冤案，已经大白于天下，在朝堂不禁大怒，认为刑部不应该对此案平反，承办此案的地方官员没有失职，主张维持原判。他扬言说：葛品连死了三年，毒消骨白，据此不足以定虚实！
丁宝桢听说刑部要追究浙江巡抚的责任，将他革职，并惩处有关官员，不禁大怒，竟然跑到刑部大堂，咆哮如雷，当面指责桑春荣尚书糊涂，威胁说：如果要翻这个铁案，将来就没有人敢做地方官了！
湖南、湖北籍的在京官员，也持此议，附和维持原判。
经丁宝桢这一惊吓，加上许多大臣的附和，本来就胆小的刑部尚书桑春荣就不知道该怎么办了。这样，结案的参革之折，一改再改，一拖再拖。
浙江巡抚带重金入京，四处行贿。另一刑部尚书皂保得了厚贿，公开主张不予平反。许多受贿大臣，或者是因同乡、同谊、同年等特殊关系的大臣出面为此案开脱，一时之间，朝野上下，闹得乌烟瘴气。
帝师翁同龢、夏同善等人上书慈禧太后，明确指出：刑部提审勘验，系奉旨办理。现在，案情既然大白，就应该据实判决。
生性倔犟的帝师夏同善，还特地与翰林院编修钟骏声、国子监司业汪鸣銮等28人，联名合词，赴刑部为杨乃武案鸣冤。
慈禧太后召见翁同龢，询问杨案的结果。翁同龢介绍了京师和地方官员对此案的敷衍、拖拉，一再陈奏，认为必须平反。
慈禧太后表示赞同。翁同龢 遂授意御史王昕，上书弹劾浙江巡抚和浙江学政杨、胡等人枉法欺君的行为，称他们肆意妄为，无所顾忌：若此端一开，以后更无顾忌，大臣尚有朋比之势，朝廷不无孤立之忧！伏请严旨查办，以肃纲纪。
慈禧太后对交办的钦定大案，官员们如此拖拉，十分生气。览奏之后，对这些欺君罔上的官僚们越发震怒，下旨彻查严办。最后，翁同龢 提出了一个解决方案，慈禧太后赞同，正式颁发谕旨：自浙江巡抚杨昌濬以下，所有涉案官员，分别情节轻重，给予革职、充军等处分。
史官记载称：居中主持平反者，确为翁叔平。翁之背后，或必有恭邸隐为之助。
慈禧太后觉得，小白菜在这场命案中虽然是冤枉的，但她的行为也存在问题，她怎么能容忍像刘公子和衙役这样的货色一次次的非礼？
贺瑞麟编纂的《改良女儿经》完成了，进呈慈禧太后，她感觉不错，下诣颁行全国：
女儿经，仔细听。早早起，出闺门。
烧茶汤，敬双亲。勤梳洗，爱干净。
学针线，莫懒身。父母骂，莫做声。
哥嫂前，请教训。火烛事，要小心。
穿衣裳，旧如新。做茶饭，要洁净。
凡笑语，莫高声。人传话，不要听。
出嫁后，公姑敬。丈夫究，莫生嗔。
夫子贵，莫骄矜。出仁日，劝清政。
抚百姓，劝宽仁。我家富，莫欺贫。
借物件，就奉承。应他急，感我情。
积阴德，贻子孙。夫妇和，家道成。
妯娌们，分和顺。邻舍人，不可轻。
亲戚来，把茶烹。尊长至，要亲敬。
粗细茶，要鲜明。公婆言，莫记恨。
丈夫说，莫使性。……
◆有关史料：
《慈禧外记》：曾国藩之名，妇孺皆知而称之。然其所以能成此事业者，实慈禧知人善任，明于赏罚而有拔识之。当无事之时，盈庭济济，而独赏鉴于言行之表，尤非具卓识者不能。曾国藩之才能及其忠诚，太后信任极深，故卒能成其功也。除荣禄外，中外大官，无若曾国藩得圣眷之隆者。
《清鉴》：德海既用事，朝士日奔其门，声势煊赫。恭王为所中，撤去议政权。
《清帝外记》：孝钦御前太监小安，方有宠，多所宣索。王戒之。明日进膳，则悉用粗恶者。孝钦讶问，以六爷责言对。愠曰：乃约束及我日用耶！
《清史稿》记阿鲁特皇后：（光绪）二年五月，御史潘孰俨因岁旱上，请更定谥号，谓：后崩在穆宗升遐百日内，道路传闻，或称悲伤致疾，或云绝粒云生，奇节不彰，何以慰在天之灵？
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