知县刘锡彤听说儿子为了美色杀了人家丈夫，大惊失色，心中恐惧。他平日为官贪敛，官品、人品极差。他曾浮收漕粮，本县诸生杨乃武联合众胸怀袒荡、忠公正直的生员上书，控告他的罪行，他被上司严谴革职。后来，因为厚贿朝廷要人，由乡试同年的大学士宝鋆出面，才得以复职。
知县刘锡彤对杨乃武恨之入骨，听说杨氏新中了武举，更是恨得咬牙切齿。
杨乃武文武双全，相貌堂堂，平日很得女人们的青睐，有关他轻佻渔色的传闻不少，知县刘锡彤更加气恨。特别是，这位杨乃武，听说少爷刘子翰欺负了小白菜，竟然在光天化日之下，将刘子翰暴打了一顿。小白菜喜爱杨乃武，不断传出他俩关系暧昧，知县的师爷多次对刘知县说：邑人无不恶之，应该严惩小白脸！
刘知县一直苦于没有机会，现在，葛母登堂叫冤，知县高兴地叫喊起来：好！升堂！
刘知县亲自接收了葛母的呈状，并立即带领手下法医、衙役前往验尸。
只见死者，口鼻有黑汁流出，刘知县大声惊叫：这不是服毒是什么？依老夫之经验，这是砒霜毒杀亲夫！
法医不敢吭声，只是默默地勘验。
刘知县口授：七窍流血，砒霜中毒。
法医不敢直书，手极哆嗦。刘知县喝道：写！
砒霜毒夫，就这样定案了。葛毕氏立即被带回县衙，严加看管。
日夜不断地严审，葛毕氏一直声称，实不知情。她也确实不知道为什么把她带到县衙，为什么一次次地审她，严刑拷打，让她供出与杨乃武通奸，谋杀丈夫。
葛毕氏坚决否认。
刘知县下令：淫妇诡辩，酷刑侍候！
狱吏审问时，不问是否用毒？毒药来自何处？而是一再逼问：何时与杨氏通奸？是不是早在做邻居时就有私情？如何密谋毒杀丈夫？葛毕氏都矢口否认。
事发前的晚上，少爷刘子翰与另一名县衙衙役何春芳，胁迫过葛毕氏，强奸未遂。刘子翰和何春芳害怕追问奸情时，葛毕氏会供出他们，就串通牢头阮得，私自入狱，诱骗和恐吓葛毕氏：只要你一口咬定杨乃武叫你毒死丈夫，你就可以免受死罪；杨乃武是新科武举，也不会判死刑；如果供出他们强奸她，就会罪上加罪，要死不得，要活不能！
葛毕氏受不了酷刑，不得不承认：确实与杨乃武私通，是杨乃武让她用砒霜毒杀丈夫！
知县刘锡彤十分兴奋，立即吩咐锁拿杨乃武，严刑审讯。杨乃武当然坚决不承认，还破口大骂知县刘锡彤是人面兽心。
这场风流冤案，很快传遍各地。刘知县知道官场的道数，将审讯结果立即告知上司，奏请先将杨乃武革去武举人身份，并吩咐下属日夜不断突击审讯，严刑拷打。杨乃武受不了酷刑，只好招供，承认自己与葛毕氏私通，合谋毒杀其夫。
刘知县自鸣得意，立即将审讯结果和县中法医验尸报告一同上报知府，请求二审。
杭州知府陈鲁，早已听说此事，幸灾乐祸——他本来就痛恨读书人，夙喜与士人为难，他提来二人到府衙，根本不去查究案情真伪，不容杨、毕二人置辩，只是一味地严刑威逼。重刑之下，二人不堪皮肉之苦，再次含泪屈招。
陈知府格外兴奋，依据刘知县提供的药房老板钱宝生之买药证明、县级和府级所得口供，当场定案，拟定为：葛毕氏凌迟处死，杨乃武斩首示众。
陈知府踌蹰满志，将此风流命案报省审核。
浙江巡抚杨昌濬、按察使蒯贺孙接到这个命案后，曾派人复审，不了了之。他们觉得，杨、毕二人都已招供，还有不少相关证人和证据，也就没有深入审核，草草定案，并以案情确凿、无冤无滥之定案，上报刑部。
刑部接到命案，对案情进行复审。
这个时候，杨乃武的姐姐杨菊贞和杨乃武的妻子杨詹氏来到北京，到刑部和都察院分别递呈冤状，是杨乃武在狱中写的亲笔辩供词，称知县之子刘子翰因敲诈勒索不成，就串通其父亲刘知县，对其进行陷害。
刑部据此呈奏，立即指示浙江巡抚杨昌濬重审。杨巡抚亲自重审，结果，杨、毕二人翻供，哭诉严刑之下被逼招供，根本没有合谋杀人之事。葛毕氏还供出自己遭到刘子翰强奸以及刘子翰与衙役何春芳、牢头阮得入狱威逼情形。
复审至此，杨巡抚觉得自己严重失职，为了自己的官位，也为了包庇自己信任的属官，竟然迁怒于刑部，倒打一耙，指责刑部没事找事。此案就这样搁置下来，杨、毕二人还是关在狱中。
同治十三年八月，杨乃武的姐姐和妻子再次入京，第二次分别向刑部、都察院、步军统领衙门投递诉状，申诉冤屈，并向在北京的浙江籍贯的官员哭诉冤情。
这场风流命案，早就在北京传得沸沸扬扬。北京的浙江籍贯官员，最初听说此事，对新科武举杨乃武恨之入骨，认为他简直就是衣冠禽兽，切齿痛恨之下，惟恐其漏刑，盼其速速处死，以平民愤。
这时，看到这份冤情，知道了案情真相，他们无不表示同情，决定对此案进行干预，要求查明真相。
御史边宝泉特地上了一道折子，严厉指责浙江巡抚严重失职，面对如此人命关天的案子，竟然粗心马虎，居心不公。
慈禧太后接到奏章，十分愤怒，指示浙江学政胡瑞澜复审此案。
胡学政收到厚贿，一味轻信验尸报告和众多证人证词，对案中矛盾之处不加分辨，也不仔细倾听两位当事人的陈述，依旧日以继夜地严刑逼供，杨氏、毕氏受熬不住，又一次含泪屈招。
胡学政回奏：原审无误。随奏将有关审理记录，全部附上呈奏。
慈禧太后对侍女说：如果属实，武举杨乃武也当从重惩办，凌迟处死！
杨菊贞、杨詹氏感觉绝望，就日夜跪在刑部门前。浙江籍贯的官员听到传出慈禧太后的懿旨，要从重惩办杨乃武，真有末日来临之感，他们一起合计，觉得只有重贿李莲英，才有转机，才能让这个冤案大白于天下。于是，他们用重金进献李莲英，将真相告诉他，请他奏明皇太后。
慈禧太后问及李莲英时，李莲英就将杨乃武的亲笔狱中辩供进呈给她。慈禧太后沉吟片刻，吩咐：刑部复审。并召帝师翁同龢入宫，任命他代理刑部右侍郎之职，负责审理此案。
浙江在京官员汪树屏代表浙江籍贯的30余名官员．联名上书都察院、刑部，揭露浙江省地官员在审理杨乃武一案中，省、府、县三级，七审七绝，都是严刑逼供，屈打成招；这些朝廷命官，官官相护，上下包庇，草菅人命，欺骗朝廷，请求将一干人犯，全部解京审问，以查明真相，昭示天下。
御史王书瑞弹劾杨乃武案案情未确，疑惑众多，建议刑部复鞫。
慈禧太后开始认真关注此案，朱笔指示：反复研求，尽速核复！
当时，刑部六大堂官，主事的崇实、恩承二人卧病在家，没有到职；贺寿慈因赎职犯科，被御史弹劾，赋闲在家；具体办事的，就是绍祺和桑春荣，再加上新任命的帝师翁同龢。绍祺没有文化，办事没有主见，不敢负责；桑春荣新任刑部尚书，为人胆小怕事。这样，这场大案的审理重任，就完全落到翁同龢身上。
翁同龢接旨后，直接调取有关此案的卷宗，特别仔细地核查杨氏、毕氏二人招供、翻供的供词，从中发现疑团丛生。翁氏敏锐地发现：葛毕氏说刘知县之子刘子翰强奸她，浙江巡抚的原奏却只字不提刘子翰，胡学政复审回奏，干脆称其并无往来！翁同龢说：大有蹊跷！
翁先生先后访问了浙江在京官员多人，主要是官品、人品可信之人，包括帝师夏同善以及余君撰、张家襄、林拱枢等人。余君撰是刑部秋审处的总办，负责死刑犯的终审，为人公正严直，他也认为此案疑点太多，前后矛盾。林拱枢是正直大臣林则徐的三公子，当时是刑部浙江司的主稿，他也同意翁师傅的见解，认为此案可疑。
翁师傅又访问了在京余杭籍官员多人，特别是吴仲愚先生，吴先生旗帜鲜明地为杨乃武鸣冤，并仔细地分析案情，一一找出疑点。翁师傅感叹：不期而遇，与余见极合，亦奇矣哉！
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