8月4日，林则徐和怡良研究了定海失陷局势，当天起草密陈恢复定海机宜的折片，并建议道光帝允许并鼓励村民诛杀英军，收复定海。
随着英军攻占定海的消息传来，留在广东的英军也渐形猖獗。广东军民愤切同仇，6日清晨，澳门群众指引弁兵活捉了英国人士担顿，押往广州。9日，士密获悉，立即赶到澳门，叫嚷“将要采取强硬的步骤”，林则徐断然拒绝，并添调2000人进澳门防堵增援，配备炮火，操练水勇。
早已蓄谋进犯的士密，果然采取“最强硬步骤”，18日，3艘英舰窜至澳门港外，当晚，中国水师师船和运兵小船奉命纷纷驶进澳门内港，准备严加防堵。
19日中午，英军出其不意地偷袭关闸炮台，由于我兵武器低劣，“回炮多不能及”，关闸被占， 并攻新庙，敌强我弱，损失较大。同一天，水师官兵和水勇在狮子洋上开始大规模的联合演习，整整两天，林则徐逐一亲加校阅，对兵勇们的高昂士气大为满意。校阅期间，林则徐重新规定赏格，又颁布了《剿夷兵勇约法七章》，详细制订战术战法， 是当时条件下朴素的海上抗英游击战术的理论概括。
关闸之战的失利，大出林则徐意料。他对守军未能力战、失陷炮台又气又恼，一面札令易中孚等人对溃逃官兵“必得斩一二人以徇于军”，一面鼓励援兵“激发天良”，为国立功。关闸战后，英军放出谣言，某刻攻前山，某刻攻香山，甚至“欲犯虎门”，不少县、营官弁惊魂未定，纷纷求援，林则徐冷静分析局势，反对株守徒攻，主张主动出击。水师出洋，接连4日，未见敌人踪迹，“日来澳门、 前山等处绝无动静”，取得“稍压夷氛”的效果，与敌海战的决心更为坚定。
31日 ， 出洋水师连连击败英军1只火轮船和“架历”号舰，将“架历”号头鼻打坏，英军纷纷滚跌落海。9月1日，把总黄者华从矾石洋赶来报捷，但“众船会攻一船，既得胜仗而未能将船夺获，殊为可惜！”中国官兵和武装群众——水勇， 虽然没有取得赫赫战功，但它雄辩地说明：中国尽管在定海战场败北，但在广东战场，有抵抗派指挥，和广大群众密切支持配合，能够和已经抗击了凶暴的英军，为捍卫祖国的尊严作出了贡献。如沿海官吏都能像林则徐已经做到的那样，英军就难得逞。
英军攻陷定海后，立即大肆屠杀掠夺，城垣炮台及近城10数里之内，人民庐舍，无不残毁，几于鸡犬不留。7月6日，懿律和义律抵定海，接着，又宣布封锁宁波港口，并在定海城内设立伪政权。封锁宁波的英舰肆无忌惮地在甬江口劫夺沙船，且把抢劫范围扩大到其他沿海地区。11日、16日，英舰两次直窥镇海，均被击退。由于舟山群岛各岛居民的抵制，英军定于14日在定海开市的计划遭破产，食物和用水都遇到困难。28日，懿律、义律乘船先后驶离定海北犯，留下的舰船继续对甬江口和长江口实行封锁。
7月24日，定海失陷的奏报到京，道光帝当即下令革除乌尔恭额和浙江提督祝廷彪的职务，又令邓廷桢派福建舟师赴浙会剿英军。英军攻城略地，所向披靡，大出道光帝意外，他慌忙调兵遣将。这时反禁烟派造谣说 ：“夷兵之来，系由禁烟而起”，也有说是因“绝其贸易”引起的，于是，道光帝对林则徐的信任发生了动摇，在派伊里布赴浙查办时，特别指示他要密行查访“致寇根由”。沿海督抚害怕失事受斥，群起攻击林则徐的“肇衅”，高唱“议和”论调，道光帝害怕战火蔓延天津 ， 于8月9日下令驰往天津“筹防”的直隶总督琦善：如该夷船驶至海口不必遽行开枪开炮。
8月11日，懿律等率英舰进迫大沽口，驶近口岸投书并要求购买食物，琦善害怕英军“藉词滋衅”，即满口答应代买食物。9月1日，懿律、义律复照琦善，坚持英国提出的各项勒索条件，琦善根据道光帝“随机应变，设法劝说英军退兵”的旨意，于13日向懿律等表示：如同意南返粤东，则中国钦派大臣到粤会谈。懿律于15日复文琦善同意返回广州谈判。17日，道光帝接到琦善关于英军南返的奏报，“朕心嘉悦之至”，当即降旨，派琦善为钦差大臣，赴广东查办事件，并飞谕沿海各省督抚，英船经过不必开放枪炮。18日，林则徐关于择日出洋剿办英军的奏报到京，被道光帝严切指责。19日，又令调查邓廷桢奏报厦门抗英一役军实。
随着道光帝态度的转变，主和派完全得势。为了替赴粤的议和活动打开坦道，琦善于20日上奏道光帝，吹嘘英军船坚炮利，中国断难决胜，并千方百计诬陷林、邓二人。
这时的道光帝对琦善所陈当然完全相信，对其所请无不依从。 28日， 下旨谴责林则徐禁烟抗英，“内而奸民犯法，不能净尽，外而兴贩来源，并未断绝”，“办理终无实济，转致别生事端，误国病民，莫此为甚”，将林则徐、邓廷桢交部严加议处，林则徐即行来京听候部议，两广总督由琦善署理。琦善自天津赶回北京听训后，于10月3日离京赴粤。同一天，道光帝以“误国病民，办理不善”的“罪名”，下旨将林则徐革职，并命林则徐折回，邓廷桢从福建前赴广东，以备查问原委。
形势急转直下，在军事上没有被英军的炮舰所打败的林则徐，却在政治上被主和派的谗言打倒了。
9月14日夜，林则徐知道英舰“至天津递呈，琦善奏入，奉旨准其呈诉，并将公文等件进呈”，心情十分沉重，“彻夕为之不寐”， 担忧时局“若以一着之差，致成满盘之错， 如何维挽耶 ？”允准英军“呈诉”，不准筹计制船造炮，朝廷的用心十分显然，林则徐怎不心寒呢？但他没有斤斤计较个人的荣辱祸福，为了“无伤国体，可敬后来”， 打定主意， 在不得不上表辞官的同时，也要“不识事宜”地力陈制船造炮的抗敌主张。22日起，林则徐化了两个晚上的时间写折稿，他一面自请处分，一面写了密陈夷务不能歇手的附片，大胆地陈述自己的抗英主张，理直气壮地驳斥了主和派攻击他的谬论，并建议“以通夷之银量为防夷之用”，从海关收入的税银中抽出一部分来制船造炮，改变军事技术和装备远远落后于英国的状况。
奏折和附片于24日拜发后，林则徐仍专心一意地加强广东的防务。 29日，“午后赴箭道校射”，30日，“清晨出往小北门永康炮台演放炮位”，同日，还决定拨调海珠炮台大炮加强虎门炮台的火力。
这时，林则徐感冒生病，天天延医治疗。病中接到道光帝“欲盖弥彰，可称偾兵”的指责，并要他迅速驰奏水师出洋后接仗情形。9日，林则徐病愈，强忍心头郁愤，当晚提笔作复折，详细说明了广东抗英战略从“以守为战”向“出洋剿办”转变的理由，以摆事实的方式，婉转地反驳了道光帝“前后自相矛盾”的谴责。然而，道光帝以重治林、邓来换取英军退兵的议和方针早已决定，申辩是枉然的。20日，林则徐接到吏部公文，“知奉谕旨交部严加议处， 来京听候部议，以直督琦署广督，其未到之前，以巡抚怡暂行护理”。当天，林则徐交卸总督、盐政两篆，移送怡良。
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