这个医案从病情、病因、治疗、药物、功效记载十分完备，很明确，也便于后人参考。他还进一步从医理病理上加以分析，认为人大都到50岁后，身体各机能减弱，清气减少。若有像前例病症并且很虚弱的，就宜用上方治疗。他从个别病例，总结出一般原理，更便于将局部经验，加以推广。
还有一医案：说的是荆穆的王妃胡氏，因为吃了荞麦，感到胃胀并且心痛，简直不可忍受。官医们用上吐、行气、化滞的各种药，都是喝了就吐，没什么效果。王妃3天大便不通。李时珍面对这么一个病人的病症，反复思索。最后用玄胡索末3钱，用温酒调好，让王妃喝下，过了一会儿，王妃大便通了，痛疼也止住了。终于以此单方将王妃的病治愈。李时珍还以这一临床经验，治愈另一垂危患者。有一位50多岁的老者，患严重痢疾，腹痛厉害，已将垂死，家人已为他备好了棺木。李时珍也是用玄胡索末3钱，让其用米汤服下，患者痛疼立即减去一半，经调理很快就好了。李时珍分析玄胡索，能治气滞血滞，使人经脉血气相通，所以此药能治一身上下各种痛疼。他认为药中有许多奥妙，真是妙不可言。
又有记载李时珍用牵牛花治病的两件医案，也是很有意思的小故事。一个是说有一皇族宗室的夫人，已年近60岁。一生苦于肠有结病，20多天才大便一次，比生产还难。服用养血润燥药则像有泥阻肠，不畅快。若服用通便通利药则一点用也没有。如此30多年了，真是痛苦不堪。经李时珍诊断后认为这位夫人体胖油脂多并且忧郁寡欢，每日都要吐出一碗的酸痰才舒服一些，体内火气旺盛。这是因为三焦之气多且阴滞。服用的一些药都不能通气，都被痰所阻碍，所以没效。李时珍就用牵牛末皂荚膏丸给她服用，很快大便就通了，肠结也顺通了，食用无妨，身体也一天天复元清爽了。李时珍用一服“牵牛末皂荚丸”治愈了这位老夫人30年的痼疾，主要是他抓住了病根，对症下药。以往医家用药都不能通气，所以无效。所以李时珍得出科学结论：“盖牵牛能走气分，通三焦。”
另一个医案是说李时珍有一个外甥叫柳乔，因平素多贪酒色，后感到腹下胀痛，大小便不通，不能坐也不能躺，就这么站着痛哭呻吟了7天7夜。服用医生开的通利药无效，就派人去请李时珍来诊治。李时珍经诊断后，用楝实、茴香、穿山甲等药，加入牵牛，以水煎服。用了一剂药后，病情有所减轻，用了三剂药后就好了。这一医案说明，有的医生只根据大小便不畅，认为病在大肠或膀胱，就用通利药来治，所以无效。而李时珍诊断这是由于温热之邪在精道，病根在二阴之间，导致大小便不通，因牵牛子能达右肾命门，通精髓，这是人所不知的。所以用之有效。这两个医案，不仅清楚地阐述了牵牛的功效，特别告诉医生们治病时，要善于深入思考，抓住病痼的关键。
李时珍留下的这十多个医案，大都原本、生动具体地记录了疾病的起因、症状、医生曾用过的医疗措施、自己辨症论治的原理、采用的药方。有理论，又有实际效果，以理服人，给后人以深刻细致的启示。
李时珍将阅读各种医书的体会、心得，以及从临床中悟出的微妙道理都详细地记录下来，并将对前人医案的评论、发挥也仔细记于案前，反映了他的医学思想。李时珍留下的这些大量宝贵医话，对后人临床诊治有极大的参考价值。中国传统医学有很多特殊概念、特殊术语，李时珍结合历代医学文献研究，并根据自己的实践经验，对一些医学基本概念有所发展。
例如他关于“脑为元神之府”的学说，肯定了脑是人的思维器官。400年前李时珍就提出了这一重要观点，是十分难能可贵的。自先秦以来，中国学术界一直认为“心”是人的思维器官，李时珍根据强有力的论证，推翻了中国学术史上几千年来的“心之官则思”的传统观念，明确了脑是精神活动的总枢纽。
李时珍还创立肾间命门说，强调了命门和三焦具有体用关系。写了《命门考》、《三焦客难》，可惜均已失传，只在《本草纲目》中保存了这一学说的部分观点。
李时珍的著作还有许多，如：《濒湖集简方》、《白花蛇传》、《李时珍濒湖脉学诗四言举要便读》、《李濒湖氏时珍脉诗》，可惜都已失传。
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