对于医学中的一些不正确的甚至荒唐野蛮的说法，李时珍亦予以批驳。李时珍痛斥方士们将人的骨肉、胆、血作为药的作法，说这是无人性的强盗行径。
李时珍在痛斥方术迷信的同时，也吸取了一些方术中的有用方法来为治病服务。
1567年，嘉靖皇帝服用“金丹”之后自食恶果，命丧黄泉。明穆宗继位当皇帝后，一反嘉靖的做法，废除坛醮，撤毁炼金场所，严惩方士，将个人的愤怒发泄在方士身上。这也是骗人害人的必然结果。
方士们受到应有的惩罚，但是炼丹术却有它可以被药物学所利用的一面，它是近代化学的萌芽。然而，有些人却因为方士迷信活动的破产而不敢研讨利用炼丹术来制造药物的方法了，有的人甚至连雄黄治什么病都不敢提。
李时珍坚持真理，反对这种不好的风气。他继续研究能治病的丹药制取方法。
他研究了用水银合猪油来治疗某些皮肤病的方法，他说：“水银的确不能吞服，但治病的功用也是不可抹煞的。”李时珍主张炼丹术为医药学服务，他批判地研究了《抱朴子》之类的炼丹书，摘录了大量材料亲自进行了试验。既批判了方士们的谬说，又学会了许多炼制化学药物的方法。他研究和肯定了铅、汞、密陀僧等一二十种化学药物的医疗价值。
李时珍就是用科学的态度来反对迷信，同时又利用了迷信中有用的成分来为科学服务的。这充分体现了李时珍在医学科学领域中的朴素唯物主义思想和精神。
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