他引用许多古代前人的例子，来说明服食丹药的危害。他说：“宋朝学者沈括的一个表兄，误将一块丹砂当成丸药吞下，过后就糊里糊涂不省人事，一夜就死去了。还有，唐朝的一个官僚，相信了方士的邪说，服食了他的丹砂，结果便血，4年后死去。
他说：“古代不知有多少求长生不死的人服用丹砂，以致废笃，糊里糊涂送了性命。”
李时珍对于这种服食丹砂的行为，反复地加以批驳。他引述宋代医家寇宗奭的话说：人的躯体是血肉生成的，靠吃水谷得到营养。不吃五谷杂粮、蔬菜水果，而吃非但肠胃不能消化，反而毒害人体的丹砂水银，怎么不自找死路呢？这叫想长生，反而死得更快，真是可鄙可悲。
方士们还制造了形形色色的奇谈怪论。说什么用猪油喂赤斑蜘蛛，再用蜘蛛涂脚板，可以在水上行走；用蜘蛛合药吃，可以住在水中，等等。这种荒诞的说法，只要用实验去证明，就不攻自破。
有些顽固的医生，拼命反对李时珍的批判。他们不但举出了像《抱朴子》、《雷公炮炙论》等丹书来狡辩，甚至从《证类本草》等医书中找出一些不科学的说法为方士辩护。
李时珍理直气壮地指出，丹书讲的某些炼丹法，去掉迷信部分，可以炼制治病的药物，但不等于说那些不合情理的谬说都成了真理。《抱朴子》宣传“食黄金就能成神仙”，谁见过这样的神仙？至于医书中夹杂一些迷信说法，也是不足为怪的。前人不会懂得所有东西，他们有的转抄别人，不加分析，造成了错误。此外，有的医生受了方士影响，相信炼丹服丹那一套，甚至本人就是方士，他们的迷信思想，必然会反映到著作中来。作为一个医生，不应该拿他们的错误作根据，相反应该加以批驳，以免贻误后人。方士们骗人骗己，固然不足为训，作为治病救人的医书药典和医生，怎么能信口开河呢！
在古代封建社会中，许多良方不免蒙上一层荒诞无稽的迷信色彩。或者借口鬼使神差，或者说是梦授仙传，致使一些治疗疾病的良方半真半假，玉石难分。
李时珍对此实事求是地予以科学分析，剥去其封建迷信的外衣，保留其科学的内容，表明了它的实用价值，并从医学上予以合理解释，阐明了治病的道理，使所谓的仙方神药变为切合病情的良方妙药，在书中记录下来，广泛流传。
如古书中记载一则药方。说：张甲和司徒蔡谟是亲戚，蔡谟有一天在白天梦见张甲对他说：“我忽然得了暴病，心腹疼痛，腹部胀满也吐不出来，这种病叫做霍乱，只有用蜘蛛，将蜘蛛的脚去掉后吞服才能治好。但人们不知道，我因为死去才知道的。”蔡谟醒后，让人去打探张甲的情况，发现张甲果然已经死了。后来，蔡谟用这种方法治疗霍乱，果然非常灵验。
对于这样一则离奇古怪的小故事，李时珍作了中肯的分析，他说：“这则故事虽然离奇，但是合符唐注治疗霍乱的说法，其药方是正确的。因为吞食蜘蛛后，能使人肠胃畅通。而鬼魂托梦的事，纯属无稽之谈，不堪一驳。”
李时珍虽然不相信鬼魂之事，但在这神鬼梦授的药方中，沙里淘金，凿石取金，求得治病的良方。
对于传闻中所说的石芝，李时珍经过考察之后，得出结论说：“这种所谓神仙的药，虽然这种事情很悬乎，但是对于石芝，是存在的，石芝就是石桂芝。”
李时珍就是这样，详细考察各种药方，去伪存真，变仙方为验方，化子虚为实用，既批判了宗教神学的谬论，又丰富和发展了医药学知识。
李时珍力辟各种讹传怪论，对于历代本草中流传的荒诞不经的奇谈怪论，一针见血地直斥其非，使后人知所取舍，不致盲从。
药王孙思邈说：“黄帝书上写道，在丙午日不要吃鸡、雉肉，如不然，丈夫会被烧死或者双目失明，女人则会有灾祸。如果将野鸡肉和家鸡一起吃，会变成僵尸，鬼魂缠身。”而陶弘景说：“雉不属于表，是离禽。在丙午日不能吃。”
李时珍针锋相对地驳斥了上述谬谈，他说：“有一个鄙人，假借黄帝书，说丙午日不可食鸡、雉，否则会成僵尸，这是一种毫无根据的谬论，而陶弘景也附和这种说法，孙思邈也采用这种奇谈，这都是错误的。”
陈藏器讲了一个故事，说：“人到巢中取鹳子，在60里范围内就有大旱，因为鹳子能将雨水驱走。
在鹳子的巢中是用泥来作池，中间有很多水，在水中养了鱼和蛇，来哺育幼鹳。鹳在孵卵时怕冷，取石头围起来，挡住寒气。”李时珍对此提出了尖锐的批评，据理反驳说：“天地之大，区区的一只小鸟怎么会影响到天降大雨而使土地干旱呢？关于作池、取石的说法，都出自陆玑的诗、张华的博物志中，这种说法愚不可及。”
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