§六、旷世杰作
李时珍不像某些民间医生那样只用一些草药偏方为患者治病，对“医”“药”之理知之不深；也不像某些名医，只偏重于医学理论上的探讨，一般地等别人研究出“药”来以后予以采用。李时珍则是集“医”
“药”于一身，他首先精通医理医术，并有非常丰富的诊断与用药方面的实际经验，在这个基础上，他就能把药理与医理紧密结合起来，相形得益，从而辨别真伪，发掘新意，为后世留下了千古不朽的药书——《本草纲目》以及其他的药著和医著。
李时珍撰写“本草纲目”是以实践为基础的，他大致从两个方面入手，一是深入民间采访，广摘厚收，二是参考历代本草著作，加以整理修订。但不论哪个方面，他都与实践结合起来，到实践中去辨别，到实践中去验证，因此，他不仅对某一单味药的形状、性质及其特征等作出了准确的描述、阐释，更是在继承传统中创立了一个药物学的新体系，是本草学发展的光辉里程碑。就药物的分类来说，“本草纲目”结构的基本特点是“以纲带目，纲举目张”，它贯之于全书的有三个纲目系统，即（一）以部为纲，以类为目；（二）以类为纲，以药为目；（三）以药为纲，以项为目李时珍就是这样地以其渊博的知识，严谨的作风，哲人的思想对1892种药物进行了分类排列，归纳整理；对每味药物的产地、性状、主治、修治方法等作了深刻的阐述，从而形成了自己艰辛架构的科学体系。
首先李时珍把1892种药划分为16部，其名称和顺序是：①水，②火，③土，④金石，⑤草，⑥谷，⑦菜，⑧果，⑨木，⑩服器，⑾虫，⑿鳞，⒀介，⒁禽，⒂兽，⒃人。这种分类方法的优点首先在于暗中贯彻了三大部类的分类原则。先分有机物和无机物，有机物中又分植物与动物。无机界有水、火、土、金石4部；植物界有草、谷、菜、果、木、服器（植物制品）6部；动物界有虫、鳞、介、禽、兽，最后列人部，共6部。这种分类原则有深刻的哲学思想作指导。从《本草纲目凡例》中所阐述的指导思想看得出，书中说：“首以水、火，次之以土，水火为万物之先，土为万物之母也。次之以金、石，从土也。次之以草、谷、菜、果、木，从微至巨也。次之以服器，从草、本也。次之以虫、鳞、介、禽、兽、终之以人，从贱至贵也。”
金元以来医学界五行等水火的基本观点，在无机物中以水、火排列在先，而不先以玉石。水火对维持生命最为重要，其次是土，人和万物生长都靠土。金石出于土中，所以应列在最后。
在植物中，草、谷、菜属本草，果、木属木本，说明先有低级植物，后有高级植物，即“从微至巨”。
服器属于草木制品，所以应归于后。
在动物中，由虫到兽，从无脊椎到有脊椎，由低级动物到高级动物。人居最后，从生物学上看是最高等的动物，此即“从贱至贵的原则”。实质上这种排列次序包含着生物进化论思想因素。
16部分类，只是一个大纲。每一类仍过于庞杂，例如草部共有439种。李时珍进而创立60类分类法，每部之下，再细分若干类，使纲目更加清晰，易于掌握。
60类的名称和它所属的部如下：
①水部——天水、地水 2类
②火部——火类 1类
③土部——土类 1类
④金石部——金、玉、石、卤石 4类
⑤草部——山草、芳草、隰草、水草、毒草、石草、蔓草、苔草、杂草、有名未用 10类
⑥谷部——麻麦稻、稷粟、菽豆、造酿（指谷物制品） 4类
⑦菜部——荤辛、柔滑、蓏菜、水菜、芝栭 5类
⑧果部——五果、山果、夷果、味果、菰果、水果 6类
⑨木部——香木、乔木、灌木、寓木、苞木、杂木 6类
⑩服器部——服帛、器物 2类
⑾虫部——卵生、化生、湿生 3类
⑿鳞部——龙类、蛇类、鱼类、无鳞鱼类 4类
⒀介部——龟氅类、蚌蛤类 2类
⒁禽部——水禽、原禽、林禽、山禽 4类
⒂兽部——畜类、兽类、鼠类、寓类、怪类 5类
⒃人部——人类 1类
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