§五、反对迷信
历代的本草知识，都是从防治疾病的社会实践中总结而来的，因此，其内容受社会历史影响，人们认识水平的局限，尤其与整理者的主观因素有关。受社会历史的影响，各家本草书都不免掺杂了一些封建迷信，存在着疑惑错误。
随着社会的发展和人类的进步，科学与迷信的不断斗争，人们总是倾向于真理的一边。李时珍从实践出发去编写本草书，必然要同封建的方士及其追随者进行斗争。
李时珍批邪斥妄，破除迷信主要是针对方士之流及社会上迷信邪说窜入本草的部分内容。所谓方士，指古代采奇药、炼仙丹以研求长生不死的方术之士。
秦汉时期，方士盛行，他们迎合上层统治者祈求长生不死的心理，危言耸听，说用金石炼丹，服用后可以长生，蛊惑人心，大倡其说。从秦始皇派使者到蓬莱仙岛求长生不死之药后，历代帝王中亲自祈道求仙者不乏其人，以致上行下效，一些名门贵族，穷奢极欲，为了求得长生不死，用尽了各种办法和手段，服用金石求仙。
在李时珍的时代，由于嘉靖皇帝竭力崇信道教，拜奉天师，方士之流日益得势，推波助澜，终日讲仙论道，烧丹之处彼彼皆是。一时间炼丹的烟火遍布全国。
从1543年以后，嘉靖皇帝甚至连朝政也不问了，成年累月地沉溺在炼金丹、当神仙的迷梦之中，为的是永远做皇帝。
嘉靖听信方士的话，把当过黄梅县吏的方士陶仲文封做什么“神霄保国、弘烈宣教、振法通真、忠孝秉一真人”。“真人”是道教迷信中所描绘的仙人。此外，嘉靖还赏给陶仲文一大串高级的爵位和官衔。许多方士都做上了大小官吏。嘉靖想借此来压制人民的反对和部分朝臣的不满。
方士的活动非常猖獗。他们怂恿嘉靖学汉武帝的做法，在宫廷里设立坛醮和炼金所。逼令各地进贡更多的钱财、珍奇药物和土特产，支持其耗费巨大的祈祷和炼丹活动。
例如，在湖广一带得进贡大量的木材，江西景德镇要供应无数的瓷器。沉重的负担转嫁到老百姓的头上，许多穷苦家庭被逼得妻离子散，家破人亡。真正是“劳民伤财”。
蕲州物产富庶，皇族荆王府在此，炼丹设坛非常火热。方士们首先修整扩建瓦硝坝附近的东岳庙和玄妙观，由荆王府朱厚烇、朱厚焜等主持，给皇帝祈祷。
李时珍父子设在玄妙观的诊疗所被迫从观里迁了出来。
方士们强迫当地人民采集灵芝和捕捉梅花鹿献给皇帝助炼“仙药”。由于要求苛刻，不易寻找，劳动人民疲于奔命。玄妙观的道士依仗州官的权势，乘着轿子，带着爪牙，四乡催逼，乘机勒索，人民苦不堪言。
在这种风气之下，许多医生投合时好，追随方士，整天谈论的尽是什么“灵芝白鹤”、“天仙地仙”。荒诞迷信的邪说，侵蚀了医学的领域。许多人相信方术的胡说八道，也服食起仙丹来。
这种方术，反映在本草中，许多学者错误地附和了长生不死的观点，过分地夸大甚至歪曲某些药物，尤其是金石类药物的功效，将方士之流的荒诞怪论引进了本草。
历史上的神奇鬼怪之说，不仅仅是方术，像巫术、占卜等，从古时起就有，装神弄鬼，加上一些神话的渲染，很多人的盲目追从，无奇不有。一些捕风捉影的事，经过以讹传讹，整理本草的人不认真考察，相互转载，就被人们所接受了。这些本草中的残渣余滓，严重地影响了本草的质量，影响极坏，误人匪浅。
李时珍作为一个严肃认真的自然科学家，面对违反科学的社会风气和习惯势力，目睹本草学中泛滥的荒唐怪论，鱼目混珠，正邪莫辨，他不能不起来反对这些违反常识和真理的荒诞妄说，以及劳民伤财的恶劣行径。他勇敢地进行了斗争。虽然那时他已是荆楚的名医，说的话也有一定的影响，但由于方士背后有皇帝撑腰，他的斗争得冒着极大的危险。
李时珍同方士的斗争主要是用事实来无情地揭露有关炼丹术的胡言乱语。他以广博的药物知识，精湛的医药理论，丰富的实际考察经验，说理证实，道古论今，将本草学中的方士之言和社会上流行的炼丹术，一一进行辩驳。
灵芝，历来被方术吹得神乎其神，皇帝点名要它，多少劳动人民因为它被逼得走投无路。李时珍实事求是地指出：灵芝不过是一种可以吃的菌类，它是由“腐朽余气”生出来的，没有什么神奇的。可笑从古到今都把它当作“瑞草”。说是吃了灵芝可以当神仙，实在荒唐无稽。
李时珍对方士炼丹服食长生的谎言深恶痛绝，认为揭露和抨击服食丹砂、水银的害处，是一项重要的工作。
有的人受方术的影响极深，对李时珍的话半信半疑，李时珍一针见血地指出：水银含在丹砂里面，是极其有毒的东西。人一旦吞食下去，就会“入骨钻筋，绝阳蚀脑”，自取灭亡。
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