他们走后，李言闻感叹地说：“流传了几百年的古书，抄误刻错的地方不少，加上印刻书商为了赚钱图利，也不很好地校正，所以错处越来越多，真不知害了多少人的性命！”说完，深深地叹了一口气。
李时珍也深深地感到，由于医书记载的混乱，即使医生的医术高明，处方再好也治不了病，反而会害人。他内心里有个打算，就是担任起一项艰巨的工作，编写出新的“本草”来。
李时珍进一步研究前人的《本草》著作，又发现了一些重大的问题。
古代的医书中，掺杂了一些受方士影响的迷信说法，那是不用提了。严重的是，它们把好些药物弄错了，“草木不分，虫鱼互混”，有时把同一种药物当作两种，有时又把两种类似的药物混为一谈。
就拿唐慎微的《证类本草》来说，就有好些药物互混的地方。有一种多年生草本植物，叫做葳蕤，它的叶子很像竹叶，绿白色的小花生长在叶柄间，像一个个吊着的小铃。入药用它的根，可治虚劳寒热等症，代替党参、黄耆作补药。另外有种藤本科植物，叫女萎，茎长10米左右，也称为万年藤，叶对生，开小白花。根、茎、藤都可以作为药，主要作用是解毒，可以治疗霍乱、痢疾，能排脓、消水肿等。然而唐慎微在书中却说葳蕤就是女萎，这是一个不应当有的错误。认真负责的李时珍，看到这些地方，不免要摇头了。
同样在《证类本草》中，提到了一种叫虎掌的植物。它的根有拳头或鸡蛋那么大，四边有圆牙，像虎的脚掌，便叫虎掌。唐朝人根据虎掌又圆又白，像明亮的老人星的特点，又将它叫做天南星。唐慎微没有弄清楚其中的关系，竟把同一种植物的两个名字当作两种植物记载下来。
再有，兰花与兰草，前者属于兰科，只供观赏，后者属于菊科，可当药用，而前人有人作“本草”时没有认真观察植物，光看到兰字相同，便想当然地把它们合为一体。
李时珍越研究，越感到问题的严重。他想，由于药物上的混乱，即使药方开得很好，药弄错了，仍然达不到治病的目的。弄得不好，还会闹出人命来。这些重大错误，非纠正不可。
李时珍很注意民间治病的经验。他佩服唐慎微的一点，就是唐慎微也十分注意搜集民间单方。唐慎微给人看病，诊费可以不收，但希望病人教给他一两个小药方。然而，古代不少医生轻视民间常用的和行之有效的方药。所以，在他们编的“本草”书中，许多好的民间验方和药物都给遗漏了。即使是唐慎微，他遗漏的也还很多。许多后来发展的民间药方，更没有收入“本草”书中。这些重要内容，也应该补充进去。
所有这一切，都加强了李时珍重修“本草”的愿望，博览群书，也增加了他重修“本草”的信心和决心。
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