洪秀全在三篇著作中所提出的“皇上帝”是不分贫富贵贱、不分男女，平等平均的皇上帝，用来对抗封建帝王、富者专有的“阎罗妖”这个假上帝。他所倡导的皇上帝儿女“奉天诛妖”的斗争，只不过是在宗教形式掩盖下，农民阶级反抗封建统治者的斗争的曲折反映而已。
当然，洪秀全在三篇著作中，还包含着浓厚的宗教迷信和不少封建思想的糟粕。尽管如此，洪秀全在这三篇文献中阐述的平等平均思想无疑集中反映了鸦片战争后觉醒的农民的利益和要求，对农民群众具有强烈的吸引力。
当洪秀全在故乡刻苦从事理论著述的时候，冯云山来到桂平县紫荆山区的古林社传教。
桂平县紫荆山区形势险要。山区西端的双髻山万峰入云，层峦叠嶂；南面的风门坳，峡谷长达十里，是进出的门户。这里聚居着汉、壮、瑶、苗各族种山、烧炭的贫苦农民。他们除了受地主阶级的残酷压迫剥削外，还深受封建统治者的种族压迫。这里的贫苦农民具有长期进行反抗斗争的传统。明朝晚期，在这里曾经爆发侯大苟领导的著名农民起义。鸦片战争后人民的反抗斗争日益高涨。因此，这里是准备武装起义的一块理想的基地。
冯云山是一个出身于不太富有的家庭的知识分子。
他参加拜上帝教后，就成为洪秀全志同道合的密友。
到古林社后，云山脱去长袍、马褂，以打短工、拾粪、教书为生，深入到广大种山、烧炭的贫苦农民中，宣传洪秀全创建的拜上帝教。开始时仅得教徒数十人。
冯云山丝毫没有灰心，经过三年的艰苦努力和细致的工作，到1847年8月，拜上帝教徒猛增到二三千人，其中涌现了卢六、曾亚顺、杨秀清、萧朝贵等为核心的骨干力量。拜上帝教的势力，也扩大到明州、桂平、郁州、平南、武宣、博白等县。这就为以后的武装起义，作好了组织上的准备。
拜上帝教的力量日益壮大了，紫荆山区的信徒们在等待他们的领袖到来。
1847年8月下旬，洪秀全揣着他撰写的三本理论著论，从故乡再度赴广西。他与密友冯云山又在紫荆山大冲私塾里聚会了。洪秀全看到新教徒如此之多，自然欢喜，大大增强了信心。
洪秀全到紫荆山，深得拜上帝教徒的欢迎和拥护，也极大地鼓舞了教徒斗争的信心。原来冯云山在这里传播上帝教义时，竭力推崇拜上帝教的缔造者洪秀全，所以信徒早就知道有一个“洪先生”。
为了积极准备起义，秀全与云山一起，除了继续积极进行宣传、扩大拜上帝教的力量外，还进行了两项工作：
第一，制定拜上帝教宗教仪式及《十款天条》，成立上帝教的总机关。教徒集体礼拜时，都唱赞美诗一首。内容为赞美上帝、耶稣、圣神风三位合一真神，“真道岂与世道相同，能救人灵，享福无穷，智者踊跃，愚者省悟，天堂路通”。祈求“上帝看顾，永不准妖魔侵害，祝福有衣有食，无灾无难，今世见平安，升天见永福”。
《十款天条》仿自《旧约·出埃及记》第十章的摩西十诫，主要内容是：一、崇拜皇上帝；二、不好拜邪神；三、不好妄题皇上帝之名；四、七日礼拜颂赞皇上帝恩德；五、孝顺父母；六、不好杀人害人；七、不好奸邪淫乱；八、不好偷窃劫抢；九、不好讲谎话；十、不好起贪心。这些宗教仪式和祷文，平时作为教徒统一思想和生活的规则，起义后就成为军事纪律。
10月上旬，秀全与云山在高坑冲卢六家，成立了拜上帝教的总机关，实际上是指挥起义的指挥部。
第二，领导教徒向封建神权发起进攻。在拜上帝教总机关成立同时，有人告诉秀全象州甘王庙甘王神显灵。如谁不信，就要得肚痛之病，家中也要被闹得鸡犬不宁。这时秀全和冯云山、黄为正即赴象州，经过两天跋涉，终于到达目的地——甘王庙。秀全又像三年前在六窠神庙干的那样，拿起大竹棍噼噼啪啪几声，把凶恶威严的偶像砸得粉碎，并宣布其“杀母，藐视上帝，恐吓上帝子女，贪图上帝子女的食物”等十大罪状。同时，令云山、卢六等四人将甘王爷偶像“眼挖去，发割去，帽踏烂，龙袍扯碎，身放倒，手折断”。秀全还在壁上题诗说：
题诗草檄斥甘妖，该灭该诛罪不饶。
打死母亲干国法，欺瞒上帝犯天条。
迷缠妇女雷当劈，害累人民火定烧。
作速潜藏归地狱，腥身岂得挂龙袍！
又书《十款天条》及檄文一道贴于壁上。
洪秀全捣毁甘王偶像消息传开后，拜上帝教声威大振，信徒大大增加了。在秀全、云山的带动下，各地拜上帝教教徒到处毁偶像，向各种偶像发起了大规模的进攻。这样，必然会遭到维护偶像的封建势力疯狂的反扑。
11月21日，紫荆山区劣绅王作新，乘秀全到贵县赐谷村之际，伙同地主团练逮捕了云山。卢六率拜上帝教徒夺回。次年1月，王作新再率团练，以“阳为拜会，阴图谋叛”的罪名，逮捕了冯云山和卢六，把两人投入桂平县监狱。
秀全得知这个消息，悲愤交集。立即从贵县回到紫荆山。他十分怀念战友，赋诗一首，表达了对云山等的真挚情感：
安得真兄真弟兮，共布朕道于海滨！
安得同心同德兮，时同笑傲夫天真！
安得义胆忠肝兮，同享宇宙于太平！
东西南北兮，同予者何人！
天兵天将兮，聚会者何辰！
天道不慆兮，皇天岂无亲！
始终一德兮，何日得荣身！
卢六在狱中被折磨致死，成为第一个为太平天国牺牲的烈士。洪秀全后来封他为嘏王，以示悼念。为了营救云山，秀全想起清朝两广总督耆英曾宣布基督教弛禁令，经与教徒商量后就于3月26日去广州设法进行营救。结果没有成功，他又匆匆回广西。冯云山经紫荆山拜上帝教徒千方营救被桂平知县王烈判以押回原籍广东结案。云山在途中说服二公差入教，脱身后又返回紫荆山，受到教徒热烈欢迎。
冯云山被捕、洪秀全赴广州设法营救的期间，紫荆山区封建势力乘机向拜上帝教徒进攻。拜上帝教内部处于“群龙无首”的状态，“因而在兄弟中生出纠纷后有分裂之迹像”。这时以烧炭为生的贫苦出身的拜上帝教徒杨秀清和萧朝贵，曾以当地“降僮”的迷信方式，先后假借天父、天兄（耶稣）下凡附身传言，粉碎敌人瓦解拜上帝教的阴谋，巩固了组织。杨秀清、萧朝贵的代天父、天兄传言，在当时，起了稳定团结拜上帝教徒的作用，但也孕育了日后领导集团分裂的某种因素。
1849年7月，洪秀全和冯云山都回到紫荆山区之后，看到时机已经成熟，可以大举起事了，于是把在拜上帝教徒与地主团练斗争中涌现出的主要领导人物，组成为拜上帝教领导核心，计有：洪秀全、冯云山、杨秀清、萧朝贵、韦昌辉、石达开、秦日纲等六人。
他们结成异姓兄弟，密谋起义大计。一场轰轰烈烈的农民革命风暴揭开了它的序幕。
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