曹操回到营里以后，恐怕因他受伤，使军心沮丧，忍着疼痛亲自率军，鼓励士气，并下令军士从速准备好进攻用的“攻具”。曹操跟吕布僵持了100多天，蝗灾大起，人民饥馑，吕布的粮草用尽，双方遂各自撤退。九月，曹操回鄄城，吕军也退屯山阳（山东省金乡县）。
十月，曹操前往东阳。冀州州长袁绍派人劝说曹操，建议他把眷属送到邺城（河北省临漳县）。曹操刚刚失掉兖州，粮草将要吃尽，有意接受。在此人生失意之时，曹操的谋士起了关键性的作用。程昱对曹操说：“我一向认为，将军面对重大变化时，无畏不惧，想不到竟不是如此，为什么考虑这么不周密？袁绍素有吞并群雄，统一全国的野心，可惜他的智慧不够。
将军自问，能不能长久当他的部下？将军的威力，如同龙虎，岂可步韩信、彭越的后尘？而今，兖州虽然残破，但我们仍有三个城作为基地，武装劲旅，不下10000人，以将军的武功和谋略，加上荀彧，加上我，大家合力，可以成就霸业，请您再三思量。”
曹操同意他的分析，就拒绝了袁绍的建议。
此后，曹操经过一年多的时间，才把兖州的郡县陆续收复。到了公元195年的夏天，在巨野（山东省巨野县南）和吕布会战，终于击垮了吕布，使吕布不得不向徐州逃走。此时徐州牧陶谦已死，刘备继任。张邈看到吕布战败，只好也向徐州撤退，后听说曹操要杀他家小，就想跑到扬州袁术那儿去请救兵，半路上却给部下杀了。这样，兖州的地方势力，基本上就被曹操肃清了，到这时，曹操才总算把兖州的统治权掌握在自己的手里。
汉献帝自从被董卓劫到长安以后，不久，司徒王允利用吕布杀董卓，董卓部将李催、郭汜等驻军又攻破长安，杀王允，赶走吕布，献帝又落到他们的手中。
后来，李催、郭汜又自相火并，献帝又落到李催手中，以后李催部将杨奉、董承叛离李催，拥献帝退往陕县（河南省陕县），在陕县渡黄河退到大阳（山西省平陆县东北）。到达大阳，跟得上汉献帝撤退的公卿大臣，只有几十人了，朝廷的秩序更是荡然无存。最后终因粮食困难，又不得不渡河回到洛阳。这时的洛阳，皇宫、民宅几乎焚烧一空。文武官员只好拔除荆棘乱草，靠着断墙破壁居住。各州郡首领，虽都手握重兵，却没有人肯来进贡送粮。官员们饥饿难忍，凡是官职在尚书令以下的，都要亲自到郊外采摘野菜。有的就在断垣破壁间饿死，有的被士兵格杀。
当汉献帝逃到河东的时候，袁绍的谋臣沮授就向袁绍建议：“将军之家，一连数世，都是国家重臣，忠义双全。而今皇上流离失所，皇宫祭庙也被摧毁。
试看所有州郡，虽然用大义号召，实际上互相吞并，各有打算，没有人真正地忧国忧民。冀州已获得初步安定，兵强马壮，如果向西迎接皇帝大驾，迁都邺城，挟天子以令诸侯，加强武装，讨伐不听命中央政府的叛逆，谁能抵抗？”可是袁绍的部分将领郭图、淳于琼等却认为把皇帝接来之后，动不动就得向皇帝请示，反而受到牵制，表示反对。沮授说：“现在奉迎皇帝，在大义上是一项收获，在时间上正合适。如果不早作决定，定有人会抢先下手。”袁绍竟不肯接受沮授的建议。
现在汉献帝回到了洛阳。同样的提议，同样有人反对的局面，却出现在曹操面前。
曹操初步巩固了兖州之后，接着又在公元196年二月，击破汝南颖川的黄巾农民军，攻下许县（河南许昌县），收编了许多农民，同时还有大量的农具和耕牛。听到汉献帝回到洛阳，曹操就想利用他。
其实早在4年前，曹操还在青州剿击黄巾军时，他手下的谋士毛玠就替曹操制定了大的战略方针，他说：“如今，天下分崩，皇帝流离，人民百业全废，饥寒交迫，弃家流亡。政府没有一年的存粮，人民没有安居的保障，情况不可能长久不变。奉行仁义的军队，才能取得胜利；拥有丰富的财源，才能巩固自己的地盘。我们应该尊奉天子，才有资格号令其他割据的首领；努力推行耕田种桑，才有能力积存粮食草料。
如此，霸王事业可以成功。”曹操当时即表示完全同意他的建议。
现在，时机成熟了，曹操即准备迎接汉献帝。但是有些部将认为山东（崤山之东）还没有平定，韩暹、杨奉，自认为有迎大驾之功，横行凶暴，不可能马上制服。当务之急是多占地盘。荀彧却竭力支持迎驾。
他说：“从前，姬重耳把国王姬郑迎还京师，所有的封国国君，从此尊奉姬重耳当霸主。刘邦为义帝芈心发丧，改穿白色孝服，而天下人心归附。自从天子蒙尘，将军第一个兴起义兵，只因为山东不断发生变故，不能成行。而今，圣驾回都，而东京洛阳一片荒凉，义士希望根本稳固，亿兆人民都深怀感念故乡、旧都。
假如我们抓住这个机会，迎奉主上，安定人心，那才是正确的掌握住方向潮流。然后用大公无私的态度，使天下悦服，应是最高的方略。辅佐政府，招徕英俊人才，应是推广恩德的时机。四面八方，虽然有很多叛逆，能有什么作为？韩暹、杨奉之辈，根本不足挂齿。如果不及时决定，一旦其他英雄豪杰兴起迎奉的念头，以后即使是用尽心机，已来不及。”曹操最后决定采纳荀彧的建议。从这件事可以看出，曹操在气度和智慧上要胜过袁绍一筹。
曹操派扬武中郎将曹洪，率军而上，迎接皇帝。
卫将军曹承等，不允许皇帝落入曹操之手，在险要关卡布防，曹洪不能前进。议郎董昭知道车骑将军杨奉的兵力最强，而外援最少，遂用曹操的名义写信给杨奉，说愿意和他合作，作为他的外援。杨奉接到信后，大为高兴，告诉其他将领说：“兖州兵团，就近驻屯许县，有兵有粮，朝廷应该依靠他们。”遂联名推荐曹操当镇东将军，继承其父曹嵩费亭侯的爵位。
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