此外，同盟国也犯下了战争罪行，但是却拒绝将纽伦堡原则应用到自身行为上去。在审判进行的31个月里，美苏之间的冷战逐步恶化也影响了审判的进行。在亚洲，西方的殖民主义仍然健在，这意味着东京审判使帝国主义和国际法之间难以解决的关系凸现出来，而这是纽伦堡审判没有涉及到的领域。没有来自于“荷属东印度”或前殖民地朝鲜的法官，这个事实就说明了问题。更有力的证明是法国和荷兰的动向，这两个国家试图恢复他们在东南亚的殖民统治。还有美国的动向也能说明问题，它在亚洲和太平洋地区的每个角落都有影响力。杜鲁门政权向正在与越南作战的法国提供经济援助。在中国，它认可了投降的日本军为蒋介石方面战斗，并为蒋的军队提供装备和军事顾问，在重新开始的与共产党的内战中援助蒋介石。在亚洲和太平洋不发达地区，美国领导人似乎在追随日本的先例，要给各个国家安排一个合适的位置，使其“各得其所”。
最终起诉书，与详细记述了被告所有被指控罪状的5份“附录”一起，于1946年4月29日，正式提交给法庭。起诉书明确指出了日本的毒品生产和销售问题，附录D的第九节指控日本在中国的毒气战违犯了国际法。检察方对毒品问题进行了追究，但是中止了对毒气使用的指控。
由基南指派负责调查“1937－1945年对中国的军事侵略”的法务官托马斯·H·莫罗上校，1946年3月来到中国，对毒气问题进行了调查。他4月16日给基南的报告引来了美国化学战部队(CWS)的秘密反击。CWS列出一大堆法律理论，主张日本在实施化学战时没有不法行为。CWS开发了世界上最先进的毒气兵工厂，而且在第二次世界大战中没有获得使用其新武器机会，因此它希望法庭不要对使用毒气作出有罪认定，特别是在他们相信与苏联的战争即将来临之际。直到今天也不清楚，是不是麦克阿瑟或某个美国陆军指挥系统身居高位的人下达决定，实际上中止了追究日本陆军使用化学武器的指控。不过，在开庭之后的两个月之内，这个问题就被搁置了下来。缺乏想像力的杜鲁门总统没有意识到问题的关键，罗斯福曾经谴责毒气为非法、残忍的战争手段，杜鲁门事实上认可了对罗斯福这一战时政策的推翻。染指化学战的日本军官们和不希望国际法束缚手脚的美国陆军领导人是最大的受益者。而同时，世界却失去了阻止化学武器扩散的机会。1946年8月12日，也许是因为这个问题，失望的莫罗上校辞职返回了美国。
麦克阿瑟和同盟国以国家利益为由对许多人免于了起诉，其中就有应对中国的细菌战承担责任的石井四郎军医中将和731部队的官兵。据估计，有3000到1万人在石井的生物试验所被杀害，多数为中国人俘虏，而这个事实却被东京审判所忽视。美国联合参谋总部和麦克阿瑟认为得到与杀人有关的实验数据比审判更重要。
许多日本人中挥之不去的“圣战”意识和旧价值观的延续，无疑缩短了战争犯罪被揭露后的反省时间。多数日本人认为，战争是一种自然现象，国家之间即使没有过错也可能发生，这种认识妨碍了他们对在中国发生的战争暴行的反省。在某些日本作家看来，个人主体性差、过度依赖他人观点的民族性也是造成这种倾向的原因之一。但是日本战争犯罪被如此之快地遗忘的主要原因与裕仁本人有关。除非裕仁为他在战争中所起的作用，特别是他没能而且也不想要求日本军队遵守比忠诚和功勋更重要的道德行为标准，而受到法庭审判，或被质询，否则，侵略战争的合法性——日本入侵亚洲太平洋各国是为了解放他们的信念——就不会彻底失去市场。毕竟，许多日本人在参加战争时都与天皇有着共犯的关系，全体国民都认为，既然天皇对战争不负有责任，他们也不应该承担什么责任。
日本国民开始极为认真地面对战争的负罪感，可是麦克阿瑟和杜鲁门不公正地分摊责任的早期决定，让木户和东条做了天皇的替罪羊，缩短了这种反省认识的时间。杜鲁门1947－1948年戏剧性的政策转变更是加速了这个过程。在被分割的德国也发生了同样的情况，由美国高级专员约翰·麦克洛伊执行的杜鲁门政策，通过重新定义非纳粹化计划的范围，使适用对象仅限于少数几个德国犯罪者，从而限制了计划的影响力。东京审判与并行的剥夺公职运动，没有解决日本关于战争责任的多方面的问题。从某种程度上，反而使问题变得更加棘手。
保护天皇和重塑天皇形象是复杂的政治任务，只有通过大肆夸张日本社会巨变造成的威胁、操纵证言、销毁证据和歪曲历史方能达成。不知裕仁是否因这种对正义的歪曲而感到过不快，是否将这些情况在他向皇祖皇宗的神灵禀告时提到过。我们可以确定的是，直到处决东条为止的整个审判期间，裕仁从没有忘记过自己更大的目标，那就是摆脱国内外要求他退位的压力，保留君主制并因此在日本人的政治生活中维持稳定的领域和正统性的原理。
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