东京审判，尽管有程序上的不完善和复杂的政治性问题，仍对日本国民和他们对战败的看法产生了多方面的影响。一些右派对审判持高度批判的态度、充满愤恨和恼怒，决不肯对日本的侵略进行反省。岸信介在巢鸭监狱写下的日记中，将战犯审判描述成“闹剧”，并将他此后的政治生命都倾注到了清除审判的影响中。其他的右派分子对日本在世界面前被剥得精光感到非常耻辱，努力无视审判的存在，忘记这场审判，拒绝接受任何正面的政治和文化上的教训。前保守派总理大臣芦田均预言审判不会在国内激起巨大的反响。
共产党实际上是惟一积极要求追究战争责任并严惩被判定有罪的罪犯的。但是在学术界，信奉马克思主义的知识分子则倾向于不接受东京审判，因为它失去了一次加深日本民主化的机会，缺乏历史意义。他们指出，为了让国家首脑逃脱责任，法庭宪章都被修改，麦克阿瑟全面豁免了天皇和国家实业界、财界的领袖，破坏了司法程序。另外一些马克思主义历史学家也正确地指出，因为审判使导致战争的过程变成了“以极端军国主义者与稳健的政治指导者的对抗为中心的过程”，因此说东京审判助长了精英政治史观。然而，在学界之外，根据1948年8月的一份美国军事情报报告，大多数日本国民对被指控的国家领导人持“消极”态度，但还是认为他们在这种情况下受到了公正的审判。判决下达后，民众对审判的肯定反应，表现在对重建、改进和将日本变成一个真正的“和平国家”所投入的持续努力中。
关于这一点也许有人会说：如果这些被告因违抗天皇的“和平精神”在日本法庭受审的话，很让人怀疑他们能够受到同样公正的对待。这是通过在牧野伸显的文书中发现的、被认为可能是币原内阁时期的一份没有标明日期的文件——为审判和宣判死刑而制定的紧急敕令草案——推断出来的。
更为重要的是，东京审判绝不是一个简单的对抗性诉讼，使胜者直接与败者对立。帕尔的“胜者的审判”的激烈批判极端简单化，而且现在仍然存在这个问题，阻碍了人们理解东京审判的实况。实际上，东京审判是一个美日合作的政治审判。在审判的准备阶段，裕仁与身边的人就在幕后进行了参与，帮助选定将受到战争犯罪指控的人选，并对他们施加了影响。天皇的亲信寺崎和松平充当了草拟被告名单的IPS执行委员会成员的情报提供人。试图保护天皇和重臣的其他随从也是如此。宫廷高官和外务省官员指示巢鸭监狱的A级战犯嫌疑人该如何发言，同时，他们还培养了与基南及许多法律家的关系，其中既包括辩护方也包括检察方。
皇室成员，特别是高松亲王和宫廷内侍松平等人邀请美国律师参加鸡尾酒会、招待会和皇室的“猎鸭”活动，目的是为了赢得他们的欢心，培养合作者和获取情报。裕仁个人也为这种娱乐批准了增加宫廷开支。他的官员们积极配合审问，宣誓作证，因为他们希望将侵略责任推到一小撮军阀身上——同时给人留下天皇和国民完全是被欺骗了的印象。投降后不久就重新组织起来并得到扩展的宫廷集团，在美国关于第二次世界大战终结的官方见解中，成功地插入了虚伪的说明，遮掩了裕仁在延迟投降中所起的作用。这些被基南称作“和平的爱好者”的保守派精英，从某种程度上影响了起诉的过程、法庭程序甚至于最终判决。
东京审判成功地揭露了战争领袖们的谎言，和他们不愿意为在职期间的行为承担刑事责任的事实。它第一次在日本国内公开了暗杀张作霖，和关东军的阴谋导致了满洲事变的事实。审判还为在亚洲和太平洋许多地区发生的虐待杀害盟军俘虏及平民的事实提供了资料证明，其中包括“巴丹死亡行军”和横跨桂河的缅泰铁路等最著名的事件。有关南京大规模暴行的证据得到了承认，在审判松井石根大将时，正值新闻报道了南京战犯审判，其中谷寿夫和矶谷廉介陆军中将因1937－1938年在大屠杀中所扮演的角色而被判处死刑，这些都强化了日本国民对证据的认识。日本人在马尼拉对平民的杀戮也得到了详细的介绍，美国在那里的无差别炮轰也导致了大量死亡。另外，对女性囚犯和占领地区女性强奸的证据的提出，以及在国际战犯法庭对强奸罪的起诉，都为后来建立了积极的先例。
东京审判长期影响了日本的政治态度。许多日本人从被当做国策的战争中汲取教训，下定决心要日本永不再战，将自己投入到使民主主义理想和国际规范运作起来的工作当中。由于东京审判加强了公众对军国主义与战争的憎恨，因此也促进了人们对新宪法的接受。日本的和平运动引用东京审判的证据批判了日本帝国旧的价值体系。在CIE的要求下，日本的媒体连日报道了审判的进行情况，尽管受到占领军审查机关的监督，但是在关于日本走向战争的过程上，所报道的内容还是比一般日本人被引导相信的内容要精确得多。此外，检察方和辩护方所收集的大量的文件材料被保留，直至今天仍作为非常宝贵的历史资料被人们所利用着。
尽管如此，在当时和之后的某些日本及外国批判者眼中，东京审判存在着无法挽回的缺陷。法庭没有充分地保护国际刑事法规定的被告的权利。在起诉过程中，检察方把重点放在了共谋罪上——以欧洲的自然法传统和盎格鲁－萨克逊的习惯法为依据的这个法律概念，让大陆法的专家来说，这是一个不明确的、不熟悉的，从历史角度来看已经落后时代的法律概念。基南和麦克阿瑟遵从杜鲁门的政策，故意遗漏了一个在整个17年的所谓共谋期间(1928年1月1日到1945年9月2日)掌握着权力的人物，从而使日本的决策过程变得让人困惑不解。那个人就是天皇：只有他一个人能使共谋的意愿结合起来、发生效力，去发动一场非法的“侵略战争，一场违反国际法、条约、协定和誓约的战争”。
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