战争中，菲律宾失去了一百多万非战斗人员并遭受了巨大损失。大多数菲律宾人认为裕仁负有责任。菲律宾政府任命巴丹“死亡行军”的经历者哈拉尼那法官作为政府的代表法官，而后又任命了罗佩兹任副检察官。在为菲律宾的审判立证期间，罗佩兹提出了144件日本军对菲律宾非战斗人员及美军、菲军战俘犯下的残暴罪行，从而为后来的赔偿请求打下了基础。由美国政府雇用的罗佩兹，和哈拉尼那一样，从未对裕仁不在指控名单上提出过异议。
印度向法庭派出的代表法官是加尔各答最高法院的拉德哈比纳德·帕尔，60岁。帕尔曾是亲轴心国的印度民族主义者钱德拉·鲍斯(Chandra Bose)的支持者，一个为时甚久的亲日派。与大多数既谴责英国帝国主义又指责日本帝国主义并绝不接受大东亚共荣圈思想的印度精英人士不同，帕尔是彻头彻尾的日本帝国主义的辩护者。5月到达东京后，他接受了依照法庭宪章对他的任命，可是态度却很不诚实，他不认为同盟国拥有审判日本的权力，更不要说任何方式的依法裁决了。从一开始就决心要看审判失败的帕尔打定主意，无论其他法官如何裁决，他都要写出独立的反对意见。对他拒绝签署“公正执法共同宣言书”，亦不必感到惊奇。
此后，根据辩护律师欧文·坎宁安的估算，帕尔在466天的“审判日”中缺席了109天，是第二名缺席者，审判长威廉姆·韦布爵士(53个“审判日”)的两倍以上。只要帕尔出庭，他一定会向被告鞠躬，他认为这些被告是亚洲解放运动的发起者。作为法官当中政治上最独立的人，帕尔拒绝让同盟国的政治关心和意图，更不要说法庭宪章，以任何方式影响他的审判。他会做出法庭上最具情绪化充满批判色彩的政治判决。后来，许多批判东京审判的人在坚持战时的“大东亚战争”的政治宣传论点的同时，认为亚洲遭受苦难的主要原因在于西方的白种人——即帕尔所说的“胜利者”。他们会赞赏地引用帕尔的论点。那些认为“白人”对亚洲的剥削是战争的主要起因的人也同样。
在选定被告的整个过程中，检察官们保持着快节奏的工作。他们时时留意着时钟和纽伦堡的动静，担心德国对22名主要战犯的审判一旦结束，世界的关注就会消失。纽伦堡既是他们的法律模范，也是他们心理压力的来源。麦克阿瑟通过基南向检察官们施加压力，要他们尽快结束准备阶段，进入案件审理程序。他拒绝给予检察当局审问裕仁的权力。他还决定既不让裕仁作为证人在法庭上提供证词，也不要求他提供日记或其他私人文件。
日记和(巢鸭)监狱的供词，不论是正式的还是非正式的，在决定起诉时都起了决定性作用，因为大量能表明罪行的日本文件都被烧毁或依照口头传达(为了避免留下书面证据)的内阁决定被处理掉了。日本陆军的秘密记录也被藏匿起来。虽然不是全部，但大部分的证词是在4月9日完成的，即基南命令他们停止处理的1周后。所有的证人都试图保卫天皇，都把战争责任推到被选定的少数几个陆军军官身上。在幕后参与审判的亲英美的“稳健派”们，通过他们自己的证词，向导致战败的陆军领导层进行了报复。与其他在法庭上为检察方提供情报的人同样，一些重臣如海军大将米内光政和冈田启介，为海军作了辩护，在夸大陆军影响的同时，将天皇及其随从的影响最小化。
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