1946年5月3日，开庭审判。法庭设在靠近东京都中心市谷的旧陆军省建筑物内刚刚装修过的大礼堂。基南让人将这个日本军国主义的神经中枢改装成法庭，并用深色木质镶板重新整修，还为法官们制作了长长的、高高在上的桃花心木法官席。装备了一台审判长专用的麦克风。证人席设在靠近屋子中心的地方，旁边有为律师和法庭速记员准备的桌子和长凳。修缮班为首席检察官和首席辩护律师搭了高高的讲台，还为拍摄审判全过程的同盟国的摄像师和摄影师搭建了平台。另外，还为国内外的新闻社、广播电台的记者以及约30位将用两种正式审判语言工作的日语和英语翻译预备了特别席位。后部上层的楼座能容纳660名旁听者，加上第一层的座席，共有旁听席近1000个。法庭书记员拿着移动式麦克风在庭内跑来跑去，悬挂在天花板上的巨大的强弧光灯将整个场景照得雪亮。
3天后召开了第三次公审，上午9点15分，被告、法官、律师、头戴白色头盔的宪兵(MP)以及为了旁听被告的抗辩从世界各地赶来的几百名外交官和记者挤满了法庭。开庭后，首先对辩护律师进行了介绍，随后，围绕起诉书中的误译发生了一阵争论。误译问题解决后，从荒木贞夫开始按字母顺序点名，被告听到自己的名字被点到时起立。所有被告对每一项指控都主张自己无罪。最具有教育意义的公审秀——即对主要战犯的审判将从积极的方面教育人们认识战争的犯罪性，而不是像斯大林的公审秀那样教给人们谎言——即将开场。法庭上挤满了旁听者，仍处于食物危机中的日本国民也在观看。
以6月4日基南戏剧性的开庭陈述为开端，检察当局在近8个月的期间里分阶段对各案件进行了立证。基南指出，东京法庭即将审判的是“对文明宣战”的一些人，因此应将审判视为“为了保护整个世界免遭毁灭的文明之战”的一部分。接下来，基南对检察方面的立论概要作了说明。为了使人们理解美国和日本的外交政策的实况，随后几天中，检察官们每天在法庭上介绍一些条约、协定和其他的文件。检察方传唤了109名证人进行口头作证，另外让561名证人留下了书面证词(以书面证词、宣誓口供和询问调查书的形式进行)。对被指控人不利的证据扎实有效地积累起来。最初显现出来的情节是日本为战争所作的准备工作，通过宣传、审查制度和中央集权化的教育教化手段。然后是对侵略战争实况的叙述结构，以帝国军队在各国犯下的战争罪行为焦点。
早在开庭的第2周，美国律师本·布鲁斯·布莱克尼少佐就对苏联法官的参加提出了质疑，因为苏联政府早些时候因对芬兰发动的局部战争而被驱逐出国际联盟。辩护方则提出了同盟国在刚刚被定性的世界再分割时代(1938－1945年)的行为问题作为争辩。从而引起了彼此彼此(“你也一样”)的争论，其目的是要削弱检察方的指控，并不是实际上的反证。每一次法庭都驳回了辩护方的论辩——事实上是在告诉辩护方，什么样的暴力行为是“侵略”和战争犯罪，什么样的行为不是。
6月13日，澳大利亚的副检察官艾伦·曼斯菲尔德向法庭提交文件，证明了日本是海牙诸条约的签约国，并详细阐明了日本的政治和官僚体制。每位被告的个人经历都被当庭宣读，检察官对日本如何为战争作准备进行了概述。日本证人当中，特别是币原喜重郎和若槻礼次郎描述了陆军实质上的独立、“警察国家”体制和1930年代的政治精神状况。他们的证言加深了人们对“军国主义者”的印象，他们策划“事件”，挑战历届内阁的权威，并逐渐巩固了他们的权力。但是每当关于谁应当为军统帅部担负宪法上和道义上的责任这类问题出现时，便没人回答，因为裕仁一直被“隐藏在幛子的后面”。
在短短的夏季休庭期间，法庭安装了空调设备。法庭再次开庭后，开始听取满洲事变后开始的日本侵略中国的证言。6月27日，被暗杀的犬养义首相的儿子犬养健作为检察方证人出庭。作证时，他直接地、意想不到地提到了天皇，称他的父亲在拜谒天皇时，曾直接要求天皇命令陆军退出满洲，那时他是他父亲的秘书。犬养健没有直说天皇拒绝了他父亲的请求，只是声明总理大臣“想把军队从满洲撤出的目的没有达到”。在后来对犬养的交互讯问中，被告木户和东条的律师穗积重威问他为什么天皇没有批准总理大臣犬养的请求，下诏命令军队撤出。穗积说，无论是英文的还是日文的，证人犬养的“证词都可以被理解为天皇对满洲事变的扩大负有责任。”犬养试图更正他的证词，但是这种戏剧性且意想不到的将责任归咎于天皇的方式，已经在法官中引起了骚动。
第2天，韦布告知法庭，因为一些法官“认为关于陛下地位……有矛盾之处，所以希望证人今天对这一点作明确说明。”犬养部分地收回了他前一天的证词，只是说他和他父亲说“从满洲撤退”时，所指的是命令朝鲜部队退回朝鲜，以及铁道守备队退回铁路地区。然而，最终犬养也没能澄清他证言中的矛盾之处。7个月后，检察方写下了共同谋划的评语并结案。关于裕仁在各种事件中所起的作用问题就像一块乌云笼罩着审判过程。没有一位被告敢于谈论天皇的战争责任问题。
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