1946年2月至3月，当日本民众正在逐步了解新宪法的时候，IPS的活动也在继续进行着。IPS执行委员会主要由组成法庭的各国“参与检察官”构成，首席检察官基南担任主席。在职员中最富有经验的律师的协助下，IPS集中精力审问和挑选那些将以“反和平罪”被起诉的嫌疑犯。美国检察官汇编的A级嫌疑犯名单上有30个人的名字，而英国检察官的名单上只有11人，两份名单都没有提到天皇。但是，澳大利亚检察官提交的一份应被起诉的“百人临时名单”中包括裕仁，指控他犯下了“反和平和反人道罪”。澳大利亚人还提供了一份详细的备忘录，作为指控天皇的证据。备忘录强调，“在任何时候” 裕仁都不是“被胁迫签署同意文件”发动侵略性军事行动的。备忘录带有修辞色彩地问道：“正因为他批准了连自己都不认为是正确的事情，他的罪行不就更重大了吗？”
执行委员会将被告的范围集中在28个人身上。被排除者中有满洲事变的策划人石原莞尔。石原在起诉准备阶段就没有被约面谈。将他从被告名单上除去可能是因为他反对东条并试图推翻其统治， 基南为此对他持正面印象。但这同时也反映了美国检察官的错误认识，他们认为中间层幕僚，就同美国的情况一样，绝对不可能成为发动侵略的原动力。
最终，26名被告人被起诉。曾经鼓吹过军国主义和种族狂热主义的实业家、大学的知识分子、佛教徒、法官和记者都没有在内。4月13日，苏联代表团姗姗来迟后，曾试图将在战争经济活动中起过主导作用的3名企业家包括进去，但最后只是将梅津美治郎大将和外交官重光葵的名字加进了名单。前外务大臣松冈洋右和前海军军令部总长永野修身在审判结束之前死亡。另一位被告——大川周明——被诊断为精神失常。
由于美国在亚太地区巨大的军事和经济支配力量以及麦克阿瑟手中过度的权力，东京审判被告的选定以及后来的审判本身都给人一种严重的扭曲感。不过首先，这种扭曲来自于所有的同盟国政府实行的国际法从属于现实政治的政策。那些政府都将本国的国家利益放在首位，法律和道德居后。裕仁和他的顾问们也是如此，在展开的法律戏剧的幕后偷偷摸摸地活动着。
因此，在斯大林的指示下，苏联代表团选择了跟随主导国家的做法，只有在美国主张的时候才会要求控告裕仁。仅有的参与了法庭审判的亚洲三国代表——中国、菲律宾和印度——也试图尽量避免与美国政策的冲突，努力贯彻各自的调查方针。
没有哪个国家比中国遭受的日本侵略更严重；也没有哪个同盟国领袖比蒋介石更了解日本君主制与军国主义之间的密切关系。但是蒋也认为裕仁将成为阻止共产主义传播的屏障，所以他也选择了不起诉裕仁。尽管蒋介石自己的军事法庭在10个城市因战争罪行起诉并审判了883名日本人，但他没有将东京审判放在较高的优先考虑的位置上。蒋与共产党的战争即将重新开始。他需要美国的财政资助和军事援助，并希望劝说日本军事人员在投降后留下来，这样他就可以在与共产党的战争中利用他们。
蒋派遣到东京的规模很小的法律小组就反映了上述优先考虑：一名法官(梅汝璈)、一名检察官(向哲濬)外加两名秘书。后来，蒋派了更多的人员并让他们收集了与战争犯罪有关的资料，不过这些远远不足以使中国人取得审判的主导权。1946年夏天，检察方面进行与中国有关的立证时，对日本犯罪行为的指控调查中起主导作用的是美国检察官，中国的向检察官只起了协助作用。另一方面，向积极地调查了有关南京暴行和日本军在中国许多城市杀害平民及解除武装的士兵的行为。他也提出了关于强奸罪的证据，可是当时没有把这种罪行当做反人道的罪行处理。
蒋的“抗日战争公私损失调查委员会”1938年以来收集了大量关于中国战争伤亡人数的数据，可是中国国民政府决定不把这些数据交给IPS调查官。它也没有追究日本对平民强征劳工，在华北进行的“杀光、烧光、抢光”活动(三光作战)以及毒气的使用。由于这些“反人道罪行”(使用毒气除外)大多数是发生在共产党的根据地，所以蒋介石对其是漠不关心。这也许能解释为什么蒋的总参谋长何应钦将军将扫荡作战的策划者冈村宁次及其部下军官“在南京及周边地区……待如上宾，而不是战败的敌人”。1948年7月，当南京的中国军事法庭宣告冈村犯有战争罪时，蒋保护了这位将军，先是下令假释冈村，让他在上海的医院治疗肺结核，而后又让他安全地返回日本。1年后，在GHQ的默认下，国民党最高指挥部通过在东京的驻日代表，在征募日本高级军官作为军事顾问赴台湾，帮助重建台湾武装力量一事上，曾秘密地得到了冈村的效力。
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