在南京大屠杀过程中，日军强奸暴行数量之多，情况之惨，也是世所仅见的。在当时的世界舆论中，有人把南京屠杀事件称之为“南京强奸事件”。战后远东军事法庭的判决书中说：“全城中无论是幼年的少女或老年妇女多数都被奸污了。并且在这类强奸中，还有许多变态的和淫虐狂行为的事例。许多妇女在强奸后被杀。据估计，在日军占领后的一个月中，在南京城，至少发生了二万左右的强奸事件。“事实上，情况比这严重得多。”
日军占领南京后，强奸暴行始终不断，几乎每天都要发生儿百件乃至几千件。一位当时在南京的外侨说：“单以金陵大学职员宿舍以及美侨住宅而论，我就有关于100 次以上强奸案件的详细记录，以及约300 次强奸案件的确实报告。痛苦和恐怖的情形简直使你难以想象。”这是发生在“受到保护”的“国际安全区”内的情况，至于其他地方更可想而知。
日军的野蛮、无耻更是难以形容。日兵所到之处，第一要花姑娘，第二要金表，第三要纸烟。在马路上见了男人，搜查完毕后，还有一个动作，就是在裤裆里摸一下，以防女子冒充男子。强奸妇女的暴行，不仅是日军士兵，就连日军高级军官及谷寿夫都参与其中。他们在大街上、公墓里，甚至日本大使馆门口，都不择地点、不分昼夜地任意发泄他们的兽欲。一位外侨在日记中记载：“劫掠、屠杀和奸淫的事件，有增无减，昨日白天和夜间，被强奸的妇女至少有一千人。一个可怜的女人竟被强奸37 次。一个兽兵在强奸时，因为旁边有5 个月的婴儿啼哭不止，便把他活活闷死。”一个名叫田所耕三的士兵，在1971 年1 月28 日《朝日艺能》周刊登出了他当年进入南京城内所作所为的自白：“当年没有一个士兵未强奸过女人。”“女人是最大的受害者，不管是老的还是年轻的全都遭殃。我们从下关把女人装上车，送到各村庄，然后分给士兵。一个女人供15 至20 人玩弄。在仓库等墙边选个有阳光或暖和的地方，拿些树叶之类铺好。士兵们把由中队长盖上圆章的纸片，叫做‘红券’（入场券），拿在手里，排起队来、解开兜裆布，等着轮到自己。”
日军无耻的暴行，将人类的丑恶发展到了登峰造极的地步。在下关，有一位80 岁的老太太被兽军强奸。当时老婆婆说，我这样大的年纪，你还能奸淫吗？兽兵厚颜无耻地说：“我并不需要你生儿子。”对未发育的少女，残忍的兽军先用手撕破下部，然后轮奸。许多妇女在奸后被杀，有的破肚露肠，有的割去乳房，有的阴部被插入竹枝，有的挑出血污的胎儿。当年远东国际军事法庭接受了无数关于这类事件的证据。例如幼女丁姑娘，经13 名兽军轮奸后，因不堪狂虐，厉声呼救，当场被割破小腹致死。市民姚和隆携眷避于斩龙桥，其妻经兽军奸杀后，8 岁幼儿及3 岁幼女因在旁哀泣，均被兽军用枪尖挑其肛门，投入火中，活活烧死。年近古稀的老妇谢善真在东岳庙中被兽军奸后用刀刺杀，并以竹竿插穿其阴户，以资取乐。民妇陶汤氏在遭兽军轮奸后，又被剖腹断肢，逐块投入火中焚烧。一位佚名的老人在他写的《京敌兽行目击记》中讲到：1937 年12 月16 日那一天，我走到街上，黑烟红焰，仍然没有断，同胞的尸体可实在多得可怕，特别多添了许多裸体女尸，十个总有八个是肚子破着，肠子挤到外边来了，还有几个母子和血污的胎儿躺在一起。..那些兽军对于已经死了的女人还要再来一番侮辱。
日兵出来奸抢，单独的时候很少，总是三五成群的。找到妇女也是几个人轮流奸淫，而在事后他们还要找几个中国人继续兽行，以此来侮辱我同胞人格。有一位老者名叫郭岐，当年亲眼目睹了这样一个事实：一位十八九岁的少女，由她的父母用尽心机加以化装，改扮成一个男孩，再在父母的陪同下，想由中华门逃出城外求一生路。当这一家3 口通过中华门时，照例向兽兵行了个礼，并拿出难民证，请日军检查放行。一名日军看到了那位女扮男装的女孩子，便问：“你今年十几岁了？”那女孩子压低声音回答：“18。”谁料，这一开口被日军听出了破绽，不由分说，当下把那少女拉进卫兵室去呼朋牵侣，轮流强暴。女孩子的父母在门外听到女儿声声地哀呼惨叫，真是心肝欲裂，热泪长流。这时，正好走来三四位进城的同胞，日军就逼他们糟踏姑娘。他们顿时吓得魂飞天外，立刻跪地求免，誓不相从。正在相持的时候，却来了一位和尚。日兵一把抓住这和尚，非要他和姑媳交媾。和尚面对着那位饱经摧残的裸女，紧紧地闭上眼睛，同时双手合十，口里不住地念着：“阿弥陀佛”，就是不为所动。日兵恼羞成怒，竟然割去了和尚的生殖器，使他活活疼死。
对日本兽军来说，强奸和杀人是分不开的。在国际检察处向远东法庭提出的证据里，有一件日本军部发给战区司令长官的秘密命令，命令针对日军大肆强奸中国妇女一事说：“为了避免引起太多的问题，或者是给以金钱，或者在事后将她们杀掉。”谁都明白，让日军“给以金钱”只是装点门面的空话，“将她们杀掉”才是命令的真意所在，事实上日本兽军也正是这洋做的。冈本健三这个当年随日军近卫师团杀到南京的刽子手，在证言中这样说道：“强奸？当然有啦！军中都是年轻的小伙子嘛，自杭州湾登陆就有接触女人的冲动，长官们只是交待大家，要是搞了女人，就得当场杀掉她，最好是捶死，可不要用刺刀或枪弹喔！..有些长官带头去干，士兵们眼看长官那样干，当然会想到自己又何必老实呢？”因此，奸后必杀几乎成了日本兽军的一条规律。
日军不仅疯狂地屠杀和奸淫，同时还进行大规模的抢劫、焚烧和破坏，使陷城后的南京，变成了一片苦海和火海。
在街上，日军常常把手无寸铁的平民百姓唤住，强行搜查他们的身体，如果搜不出任何值钱的东西，就将其杀掉；或者不但物被劫走，人也不能幸免。有一位难民，在逃出城时带了一枚金戒指，为了不被兽军发现，他既不敢把戒指戴在手指上，也不敢把它暗藏在衣袋中。最后他想出一个自以为绝对安全的办法，即用一根1 尺长的细麻绳，将其吊在背后裤裆中。这样如遇到敌人搜身检查时，顺腿摸不着，开怀又看不见。结果，他及他的戒指仍然未能幸免。
日本兽军还不断地闯入住宅和商店进行抢劫焚烧，其手段既阴险又残酷。有的日军一闯进民宅和商店就放火，居民们为了免于丧身火窟，就会拿着钱财夺门而逃。这时，等在屋外的日军就将逃生的人一个个地逮下，刀劈枪杀，夺下财物便走。有的则先将宅院或商店的财物洗劫之后，再将其放火烧毁。就这样，全城所有的住宅、商店，不论是中国人的还是外国人的，一律被日军劫掠一空。劫掠来的物品，强迫中国人搬运。他们什么都要：布匹、衣服、箱子、金银、手表等等，连不值钱的白糖、食盐、糕饼、大米及日用百货也被席卷一空。强盗一样的日军闯进金陵大学医院的护士宿舍，竟抢走了女护士用的2 个手电筒、2 副手套、2 捆绷带和一件毛线衫。
日军还有计划、有组织地掠夺和破坏南京的文物，在珠江路一座大厦里，日军设有专门指挥抢劫文物的机关。他们事先进行侦察，发现某处有重要文物、珍贵书籍、仪器，就由专门的抢劫队前往劫掠。如省立国学图书馆和中央研究院以及石云轩等私人藏书、朝天宫院内埋存的古物，都是由这些专门的抢劫队抢去的。据统计，日军共出动697 人，另外用苦力830 人，卡车310辆次，共掠夺南京名贵藏书85 万册。还有像寺庙中的大钟铁鼎、文德桥的铁栏杆、商店的大铁门、工厂的锅炉也都用汽车运走。
日复一日，南京城不断被洗劫、不断在燃烧。经过长达6 个星期燃烧的南京城，每个人的脸上，都是一团漆黑，肮脏龌龊；每个人的头发，都沾满了余烬飞灰。市内商业区一块一块地，一个接一个地被烧掉了。东门以外，约20 里的城区内，庐舍均已焚毁，阒无人迹，连家畜也看不见，全市约有三分之一被烧毁。据当时的目击者讲：“只要站在稍微高一点的地方望去，从紫金山通过市中心区，以迄下关，仅剩下黑黝黝、冷清情的断垣残瓦、焦木余灰。”这种情境，当时也有人称之为“整个首都在火葬”。
对于日军在南京的烧抢行为，金陵大学美籍教授史密斯更有个详尽统计，他在《南京战祸写真》的调查报告中指出：“抢劫大体上涉及到城里73％的房屋，城北区被抢劫的房屋多达96％，房屋总数的89％由于各种原因被破坏了。白下路、中华路、健康路和太平路的损毁，有98％由于纵火造成的！”他还指出：“南京市民每家平均损失838 元，总损失达2.46 亿元！”它充分说明，被日军糟蹋后的南京已空无所有。
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