当进攻南京的日军分兵三路杀来的时候，国民政府及所属的机关都已撤往长江中游的武汉。在日机的轰炸声中，南京不少市民携者扶幼逃离古城。面对战争的威胁，却有几位无畏的外籍人士甘愿留在南京，他们决心与南京人民共思难。为首的是法国西门子洋行的雷伯，还有金陵大学美国教授史密斯博士、英国亚细亚火油公司职员福娄、美国圣公会牧师梅奇、丹麦德士古火油公司职员汉森等23 人。为了保护难民的安全，他们组织了以黑圈红十字为标记的“南京难民区国际委员会”和“国际红十字会南京委员会”。
难民区又叫安全区。它设在外国使馆和侨民比较集中的地区，在汉中路以北，山西路以南，东起中山路，西止西康路。自东到西2 公里，自南到北3 公里，总面积约为4 平方公里。区内有日、美、意、荷等国使馆，金陵大学、鼓楼医院、金陵女子文理学院等，四周插有白布红字的旗帜。
难民区的地位是“中立”的、“特殊”的。按照国际惯例，在非军事区内躲避战争的市民和放下武器的官兵是受保护的。
日军攻打南京前，南京市共有人口100 万，到日军陷城后，留下来约50万市民大都进入了难民区。守城的官兵，没有来得及撤退的，也有人向安全区交了武器，换上便衣，混在难民中。为了解决几十万人的吃饭和生活问题，南京市长马超俊给难民区提供了3 万担米，1 万担面粉，一些盐和10 万元法币。难民们都把安全区看作是一块汪洋中的绿岛。
但是，安全区并不安全，那里没有武装警卫，周围只有象征性的铁丝网，别说日本军官和士兵，连一般小偷也可以偷偷地溜进去。日军也根本无视国际法规，照样闯入难民区肆意地进行虐杀。
12 月13 日，入城日军开始在全城搜索已经放下武器，而且大多已经改装易服、匿藏民间的中国守城部队官兵。于是，一队又一队的日军开进难民区进行检查。
中国人不懂日本话，会说中国话的日本兵也很少，因此，在检查中由于双方语言不通，词难达意，往往因一字一语之错讹，便是一条人命。
日军为了便于他们自由出入，随时搜查，滥施杀戮，还特别规定难民区里的所有房屋，一律不准关上大门。但是，由于有的难民根本不知道日军方面有此规定，又由于一些难民实在是太害怕了，基于自卫的本能，常常偷偷地把门关上。关起大门来的中国难民，倘若撞上了日本兵，那就立刻大祸临头。单薄的门板抵挡不了日军的皮靴和枪托，等到大门一被砸开，凶狠的日军便遇物就抢、见人就杀，一转眼就是血腥扑鼻，尸骸狼藉。
日军对难民的检查实际上是一道鬼门关，凡受检查者首先得经过下列5关：
1.洗劫——身上的钞票、钢笔、手表、铜板、皮带、皮夹，每一样稍微能值两文的东西，都会先被日军抢去。2.摸头——由于战时军人多半剃光头，所以日军检查的第二步是摸摸有没有蓄发？蓄得够不够长，否则就地枪决。3.验额——验出来像头上有钢盔印子的，必是军人，当场处死。4.瞄腰——脱下裤子来瞄一眼，凡腰上有系过皮带痕迹者。日军一律认作是军人，手一挥，拉出去执行死刑。5.看手——命中国人把双手张开来细细验看，如果右手有持过枪的老茧，那就毫无疑问是军人了，当下处决。万一有天大的幸运者，能逃过上列5 道关口，也休想就此逃出鬼门关，因为还有更可怕的一关：详加盘诘，不烦其详。而盘诘的方式通常都是日兵和被盘诘者的一问一答：
问：“你是不是华军？”
答：“不是。”
问：“那么，你是警察？”
答：“是的，我以前干过警察。”
至此，又是一条中国人命无故丧失了。那位警察直到临死才知道：日本兵见了中国警察也是要杀的。
以此类推，当日本兵问到：“你是宪兵？”答：“是。”——杀！“你是学生？”——“是。”——杀！“你是公职人员？”——“是。”——“哈！做官的，杀！”“那你是干什么的呢？”——被检查者逼不得已地回答：“我是做工的。”“我是做生意的。”“我是种田的。”日本兵的“判决”更妙了：“哈哈，你是壮丁！”其结果呢？又是杀！杀！杀！
关于日军在难民区中的暴行，有一位当时直接参加难民区工作的外侨有这样的记载，他写道：“从南京沦陷的第一天起，就有成队的日军开人难民区进行搜索、绑架、屠杀中国人民，强奸妇女，掠夺财物。13 日上午11 时，日军第一次侵入难民区，几分钟以后他们就杀了因惊骇而奔跑的10 名难民。凡遇见日军而奔跑者，一概枪杀，这似乎已经是成为日军的定律。”“14 日，日军潮水般涌入城内，坦克车、炮队、步兵、卡车，络绎不绝。恐怖的时代随着开始，而且恐怖的严重性一天比一天增加起来。”“15 日，日军把附近一个收容所的难民1300 多人全数拖去用绳子缚着，每100 人捆做一团，押赴刑场。”“16 日早晨，开始听到了强奸妇女的事情..”
鉴于日军在难民区的残酷暴行，国际委员会不断向日军提出抗议。12 月17 日，国际委员会又专门写了文件和备忘录，由国际委员会主席雷伯和秘书史密斯去日本华中派遣军司令部与松井石根交涉。
日本华中派遣军司令部设在原来的国民政府里。雷伯和史密斯带着文件和备忘录来到了这里，却不料吃了闭门羹。因为松井一听到美国人就头痛，根本不想见面，就让秘书转告他们去找日本驻华大使馆。
雷伯只好和史密斯一同回去修改了文件措词，由史密斯送往日本大使馆。在日本大使馆阴森森的会客厅里，史密斯与福田参赞进行了文涉。他慢吞吞地说：“我们委员会过去送给日本大使馆的文件和备忘录，请问，看过
了吗？”“看过了。”“你们为什么没有答复？”“我们工作太忙了，没有时间答复。”“这也是工作，而且是很重要的工作，关系人的生命的大问题啊！中日双方进行战争，我们严守中立立场，不支持任何一方，也不反对任何一方。但许多俘虏和中国老百姓被贵军杀害了，许多妇女被贵军奸污了，许多财物被贵军抢掠了，许多房屋被贵军烧毁了。这属于人道主义范畴的问题，我不能不提请贵军注意。”
“你说的这些有什么根据？”福田企图抵赖。史密斯把文件和备忘录送了过去：“请你看看。”福田看了看，仍然推诿说：“你们委员会提出的这些问题和建议，大部分在我们使馆权力范围以外。我们可以转请派遣军考虑。”史密斯无功而返。就在史密斯交涉之际，大批日军已恶狠狠地冲进了安全区，直奔国际难民委员会。
国际难民委员会设在金陵大学校部，大多数难民住在学校区域里，因为那儿有学生宿舍和临时改为宿舍的教室，没有床铺，没有桌子，都睡在地上。为了管理方便，把宿舍、教室和能住人的建筑物都按次序编了号码，叫1 号楼、2 号楼..
一名日军联队长坐在国际救济委员会的办公室里，门口加了警卫，并且在门外架上了两挺机枪。士兵们站在旁边，随时准备扫射他们心中幻想的敌人。日军先查1 号楼，他们动作很快，寻找方法十分简单，凡是青年男子都被认为是“支那军”，不分青红皂白一律带到5 号楼旁边的田径跑道和足球场上，并派了一个小队的士兵在那里监视。
到了下午，足球场上的中年和青年难民越来越多，估计有一万多人。史密斯当即向日军抗议说：
“这些人都是难民，请贵军再仔细检查鉴别一下。如果有证据证明是军人，你们要带走，可以；无辜的难民不能带走，应该留下。”但日军根本不予理睬。
这时，被捕的难民中有一个20 多岁的青年愤愤不平地大声抗辩：“我们是难民，不是士兵！”他这一声叫喊，引起全场骚动，“我门是难民”、“难民区应该受到保护”，难民们怒涛般的呼声此起彼伏，一阵高过一阵。难民们的反抗使日军的兽心大发，一名军官抽出钢刀快步向前，对准带头喊叫的中年男子一刀劈下去，那个中年男子尸分两半，倒在地上。日本兵用上了刺刀的步枪，押着那些难民陆陆续续走出足球场，走出国际难民委员会的安全区。
被押走的难民知道，不管安全区怎么不安全。但是一二十万人住在一起，有个依靠，精神上互相支持，还有雷伯和史密斯这些人可以说些公道话，日军多少会有些顾忌。一旦离开安全区，便一步步走向死亡了。因此，不少人快走出足球场的时候，蜂拥到球门那儿，紧紧抱着球门柱子，像抱住生存之门一样，不肯再往前走了。
日军拼命吆喝，那些难民就是不理。一名军官掏出手枪，对着前面那个不肯走的青年难民背部开了一枪，青年难民松手倒地。军官一开枪，士兵也“砰砰啪啪”地开枪了，抓住门柱的难民们有的倒在球门口，有的倒在球门里，鲜血不断涌出，流了一地。
日军把难民们径直带到了死亡之门——下关码头。他们让难民站在码头和趸船上，面对长江。江边小道两头，派出士兵警戒，禁止行人往来，不许任何人靠近，紧接着，机关枪对着人群猛扫。难民们一排又一排倒下去了，站在趸船边沿上的人，不由自主地倒向江里，其余的人也纷纷被日本士兵推下江去。原来站在码头上的一万多青年，挤得满满的，现在一个人也没有了。码头上、趸船上留下一滩滩血迹，顺着倾斜的坡度，四散开去，流到江里去了。红色的江面上漂浮着数不清的尸体，几乎布满了江面，随着波涛起伏，忽起忽落，远远望去，似把两岸联在一起。刹那间，长江似乎消失了！
暴行越演越烈，尽管国际委员会一次又一次地抗议，日军仍我行我素，以至使安全区一样变成了人间活地狱。据日本战犯自己估计，在难民区里被屠杀的中国同胞，约占南京大屠杀死难者总数的五分之一。
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