粟裕判断，日军将继续攻占海安等重要城镇和交通干线，然后与李长江叛军合击中共中央华中局和新四军军部所在地盐城。他认为，为了坚定根据地军民坚持抗战的信心，保障华中局和新四军军部的安全，必须坚决反击日伪军的进攻，首先给李长江叛军以歼灭性打击。为此，他将主力部队隐蔽集结于海安附近地区，制定出周密的作战方案，只待李长江叛国投敌的面目公开暴露，立即予以歼灭性打击。同时，在干部和群众中进行反“扫荡”的动员和准备，并适时撤出城镇，转入农村开展游击战争。
李长江是国民党苏鲁皖边区游击总指挥部的副总指挥，实际上拥有对这支武装力量的控制能力。苏鲁皖边区总指挥部下辖7个纵队1.5万余人，是苏中地区最具影响力的地方实力派。2月13日，李长江在泰州挂起太阳旗，宣布就任伪军第一集团军总司令，率领所部6个纵队1万余人投敌。
2月13日，陈毅代军长来到第一师师部，与粟裕进一步商定讨逆作战部署，并决定随第一师指挥机关行动。
2月18日，新四军代军长陈毅、政委刘少奇发出讨伐李逆长江命令，任命粟裕为讨逆军总指挥。当天，粟裕就指挥一师所属3个旅发起讨李战役。
粟裕采取中央突破、两翼合围的战法，指挥部队沿海（安）泰（州）公路及其两侧向姜堰、泰州攻击前进，命令一旅攻克姜堰后直取泰州，二旅、三旅从南北两翼围歼李长江主力。2月19日午夜，粟裕率参谋和侦察、通信人员数人前进到泰州城郊指挥作战。他命令二旅1个主力团利用暗夜突人城内，直捣李长江的指挥所，打乱敌人的指挥体系，使敌军丧失组织抵抗的能力，然后与其他攻城部队里应外合攻克泰州。
这一着完全出乎敌人意料。二旅1个主力团隐蔽接敌，从相距仅一百几十米的两座碉堡之间顺利进入城内，迅速打到李长江的指挥所。叛军猝不及防，乱作一团，李长江翻墙逃跑。经过3天激战，第一师部队攻克泰州城及姜堰等重要据点，俘虏李长江叛军5000多人，并争取两个支队（团）的叛军反正。讨李战役胜利结束。
在讨李战役过程中，日伪军为接应李长江投敌，对苏中发起第二次大“扫荡”。2月18日，从扬州、高邮、黄桥、如皋等地出动数干人，企图夹击泰州地区新四军主力，进攻盐城。国民党江苏省主席韩德勤的部队也乘机制造反共“磨擦”，侵占了盐阜区部分村镇。
2月21日，讨李战役一结束，粟裕就按照预定计划，指挥部队撤离战场，转入反“扫荡”作战。3个旅的部队分散转移到敌人侧翼和后方广大农村，以团或营为单位广泛开展游击战争，同时以主力一部阻击北犯盐城的日军。第一旅进入泰州、海安线以南地区（后划为苏中三分区），第二旅进人海安、李堡线以北地区（后划为苏中二分区），第三旅进入海安、如皋、南通线以东，海安、李堡线以南地区（后划为苏中四分区）。第一师师部进至海安、东台线以东以三仓为中心的滨海地区，筹建基本根据地。
在新四军强有力的正面阻击和四处进攻下，日伪军在这次大“扫荡”中虽然占领了海安、东台、泰州以及沿线许多村镇，但是摧毁新四军首脑机关、围歼第一师主力的阴谋未能得逞。
粟裕指挥的讨逆战役和反“扫荡”作战，是新四军重建后第一师与日伪军的第一次较量，在形势转变的紧急关头重振铁军神威，不仅粉碎了敌人“消灭新四军于立足未稳之际”的阴谋，给日汪蒋联合反共的逆流以当头棒喝，增强了广大军民坚持抗日斗争的信心，而且及时完成了在广大农村开展游击战争的兵力部署，为创建苏中抗日民主根据地造成了有利条件，取得了军事上政治上的双重胜利。
捷报传到延安，正在为反击国民党顽固派的反共逆流而运筹帷幄的中共中央领导人高兴异常。毛泽东特地发电报给在重庆的周恩来，指出：“李长江叛变，陈毅率新四军讨伐，20日占领泰州，俘获人枪数千，李率数百人西逃，逆部有两个支队反正，望广为宣传。”（《毛泽东年谱》中卷，人民出版社、中央文献出版社，1993年12月，第版，第276页。）
1941年4月，日军第十二混成旅团集结千余兵力，纠集5000名伪军，“扫荡”泰州、泰兴农村。为了掩护苏中根据地建设，策应北线新四军第三师的作战行动，粟裕指挥第一师部队，发动了对日军的攻势作战。第一旅部队首先向泰州、靖江地区的日伪军据点发起攻击，连克古溪、蒋垛、苏陈庄、大泗庄、孤山、老庄头、姚家垡等据点。在姚家垡战斗中，击毙日军泰兴城防司令以下20多人，生俘日军两名。第二旅部队在兴化水田地梓辛河战斗中，击沉日军汽艇1艘，歼敌1个小队，生俘日军两名。第三旅部队在海安、东台间通榆公路沿线袭击敌人，使日伪军无法侵占盐城。这一系列的胜利，粉碎了日伪军的“扫荡”计划，稳定了苏中群众的情绪，坚定了军民坚持敌后抗战的信心。
粟裕在指挥对敌作战的同时，一直把实现工作重心的转变放在战略指导的首位。
苏中区的工作当时处于开辟阶段，党政军务系统在思想上、组织上、作战方法和工作作风上与即将到来的严重形势还不相适应。部队许多干部，特别是团以上干部，虽然经历过三年游击战争的锻炼，但在进到江北以后主要是对付国民党反动派，夺取抗日战争领导权，作战方式是打运动战，因而对游击战生疏了。新参加部队的干部更是缺乏游击战的锻炼。地方工作的重心还在城镇，工作对象主要是社会上层，没有来得及深入乡村。对于日益严重的斗争形势，许多人缺乏正确的认识。相当多的干部盲目乐观，缺乏应付艰巨的斗争环境、深入农村做艰苦工作的思想准备。也有一些干部存在“恐日病”，对与拥有现代装备的日军作战缺乏必胜信心。还有一些干部存在一种糊涂观念，认为我们不去刺激敌人，就可以避免敌人的“扫荡”。广大人民群众也为新四军能不能战胜日本侵略军、能不能坚持苏中抗日斗争而担忧。
如何统一干部、群众的思想，树立对日军敢打必胜的信念，自觉实行工作重心和作战方法等一系列战略性转变，成为当时战略指导上亟待解决的关键问题。
粟裕分析苏中矛盾斗争格局及其发展趋势，认为经过黄桥决战的胜利和此后一段时间的工作，苏中地K抗日斗争领导权问题已经解决，苏中的局面已由三角斗争变成了基本上是新四军与日本侵略军两方面的斗争。摆在苏中区面前的任务，第一是以积极的作战行动打击和顿挫日伪军的进攻，抑制其嚣张气焰，坚定干都、群众的抗日信心；第二是转好思想弯子，不失时机地将工作重心由城镇转向农村，作战对象由顽军转向日军，作战方法由运动战转向游击战，并以游击战为中心，实行组织形式、领导方法、工作作风等各方面的转变。粟裕强调指出：“这一转变就苏中来说是战略性的，不转变，肯定要吃大亏，转变得不适时，转变得不好，也要吃亏。”（《粟裕战争回忆录》，解放军出版社，1988年11月，第1版，第248页。）
苏中区的战略转变是从1941年1月开始，同对敌作战结合起来进行的。粟裕在指挥作战的同时，一面领导部队实现作战方法由正规战向游击战的转变，一面领导党的工作重心从城镇转入农村。1月，日军出动3000兵力对苏中新四军进行第一次“扫荡”，并准备攻取黄桥。有人提出要打“黄桥保卫战”，与战斗力较强、装备优良的日军拼一拼。粟裕果断地否定了这一主张，命令守卫黄桥的部队适时撤出，由正规战转向游击战，以游击战粉碎敌人的“扫荡”。在以后的反“扫荡”作战中，部队进一步实现了作战方法的转变。苏中区党委确定将党的工作重心由城镇转入农村后，大量发展地方党和群众组织，建立和发展地方武装。
粟裕认为，顺利实现这种战略性的转变，关键在于转好思想弯子，首先是各级干部转好思想弯子。为此，他进行了一系列深入细致的思想工作，连续在干部会议上作了几个重要报告，反复说明苏中区的战略地位和战略任务，分析苏中抗日斗争的特点和规律，阐述苏中抗日斗争的指导思想以及实现战略转变的必要性。
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