潘汉年在这段难熬的时光中所写的诗词中，大抵都为董慧而作，这一方面当然可以消除人们的误解，防范“反诗”之嫌；但另一方面，他的确是深深爱着自己的妻子，当年他在淮南根据地时所发表的几首诗中，就已充分流露了这种真挚感情。当然，在长期的革命斗争中，潘汉年爱妻，更爱他的事业，他与妻子的爱情和友谊是在共同的革命斗争中结成的。因此，他怀念妻子，也怀念他们共同的战斗生涯。他在另一首《给董慧》的诗中，把对爱妻的思念和对他们共同经历的革命征程的回忆、眷恋，结合在了一起：
相爱成遗恨，
奈何了此生。
怜君犹少艾，
为我困愁城。
昨日同生死，
今朝半残身。
但求息怨恨，
勉力觉新人。
道路分明在，
火里铸忠魂。
抗敌隐地下，
十载尔同行。
北上延安路，
朝夕共苦辛。
南旋千万里，
俏然居海滨。
六年留上海，
解放更相亲。
倘有千般罪，
当有风先闻。
潘汉年可贵的精神财富，出自他对自己的坚信，他不认为自己是“内奸”，不承认自己有“反革命”的罪行，至少在心底里是这样。不过，他对自己的缺点和错误，表示了深深的悔改，特别是对他的过失造成自己爱妻的不幸，感到深深的内疚。正是受这种坚信自己的思想支配，他在身陷囹圄时，甚至在根本就不知道今后是继续被关、被放，甚至被杀的情况下，他依然还有“勉力为新人”的追求，更有殷切的期望。他在另一首《给董慧》的诗中写道：
千里驰书一片心，
巫山遥隔白云深。
朝思暮念夜成梦，
月黯花愁空断魂。
纵死不辞称所爱，
此生何时复相亲。
天摇地动倒流水，
但愿冬寒化异春。
一年一度的春天又来到了，但潘汉年的心愿未能实现。
1960年3月，隶属于公安部的另一座较为现代化的监狱——位于燕山脚下的秦城监狱刚刚落成，潘汉年就被移送到这里。在秦城，潘汉年的生活待遇较之功德林要好，其他方面，与功德林后期相似。
1963年2月，在秦城过了两个秋冬之后，潘汉年终于等来了一个结案的判决通告。事情的经过大抵是这样的：1962年，在国内各方面政策有所调整的政治氛围中，毛泽东在1月30日7000人大会上所作的那篇著名的“宽松性讲话”中，再一次公开提到了潘汉年。毛泽东曾经在1956年4月中共中央政治局扩大会议上所作的《论十大关系》的报告中，在论及清查反革命要“坚持一个不杀，大部不捉”的原则时，就提到了潘汉年，他说：“什么样的人不杀呢？胡风、潘汉年、饶漱石这样的人不杀，连被俘的战犯宣统皇帝、康泽这样的人也不杀，不杀他们，不是没有可杀之罪，而是杀了不利。”这一次，他同样是以杀不杀的问题作为引子提及潘汉年的，他说：“有个潘汉年，此人当过上海市副市长，过去秘密投降了国民党，是一个CC派人物，现在关在班房里头，但我们没有杀他。像潘汉年这样的人，只要杀一个，杀戒一开，类似的人都得杀。”
毛泽东的话显然是从政策宽容的角度讲的，但却给潘汉年定了性：CC派特务，是一个可杀可不杀的人物。于是，公安部把潘案的处理提到了议事日程上，重新开始对潘案进行整理、研究，提出了对潘案的处理意见，并上报中央。处理意见体现了毛泽东的讲话精神，既强调了潘汉年的罪行严重，又强调了可以从宽处理、不杀他的理由，特别强调了他的问题是历史问题，又都是他自己主动交代的，认罪态度好，关押期间表现好，等等。
1962年5月30日，中央对公安部的上述报告作了正式批示：潘汉年是一个暗藏在党内很久的内奸分子，他的罪行极为严重，论罪该杀。由于是从内部查出的，因此给予宽大处理。
翌年1月9日，最高人民法院正式开庭审理，并当场向潘汉年宣布了终审判决：判处潘汉年有期徒刑15年，剥夺政治权利终身。不久，根据宽大处理的原则，最高人民法院又先后下达了《执行书》、《刑事裁定书》，宣布了潘汉年的刑期及开释的具体时间；鉴于潘汉年在押期间认罪服法、确有悔改之表现，而且服刑期已超过刑期二分之一以上，宣布将潘汉年予以假释，交公安机关管制。
1963年2月13日，潘汉年以“刑释管制分子”的身份走出了秦城监狱。在公安部的安排下，转移到了公安部的劳改农场——北京市南郊大兴县境内的团河农场。在农场为他提供的一所小楼房里，潘汉年终于见到了他日思夜想的爱妻——董慧。
董慧在潘汉年被捕后第46天，即5月19日也被逮捕，也被关进了功德林，只是狱方让他们绝对隔离，所以他们谁也不知道对方的半点音讯，也才使潘汉年发出了“千里相思知何处”的心灵的呼唤。在潘汉年移至秦城监狱后，1962年6月，董慧也以“参与潘汉年内奸活动”罪而被结案处理，并获得了“免于追究刑事责任”的宽大处理，被安排在秦城监狱的家属宿舍里，至此，两人才知道了对方的下落。待到潘汉年走出秦城，到了团河农场后，董慧也来到了他的身边。
经过了近8年的分离，夫妻之间再一次团聚，真有隔世之感。这里还有一段插曲：董慧被捕后，有人劝她和潘汉年离婚，就可以恢复党籍、职位。她冷笑了一下，说：“为了荣华？为了富贵？我连生命也视若等闲了。”坚定的信念，真挚的爱情，早已把他们俩的命运拴在了一起，没有谁能把他俩分开！在团河农场，潘汉年虽说仍然是一个戴着“反革命”帽子的假释犯，但他的境遇却得到了很大的改善。有每月200元的生活费，有一个可以自由活动的天地，尤其是夫妇两人能在一起聊聊天，在自己的小院内养养花、种种树，还可以到附近的河沟里钓钓鱼，甚至被允许进城探亲访友。需要提及的是，当年的公安部副部长徐子荣不仅对团河农场上下都有所关照，还亲自与另外两个副部长到团河农场去看望过潘汉年，并在那里请北京市的有关部门负责人和潘汉年一起吃了一顿饭。徐子荣还要潘汉年写些回忆资料，并指示公安部所属的群众出版社为潘汉年的写作提供必要的帮助。
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