根据宪法，逮捕人大代表必须经全国人大或人大常委会批准。这样在4月7日的人大常委会第九次会议上又追请大会批准将对潘汉年的逮捕列为议程，虽然潘早在四天前就已被逮捕潘汉年被捕的消息，除上述的小范围内，对外一律严加保密。党的全国代表会议结束后，在上海代表团回程的火车上，市委第一书记柯庆施召集代表和工作人员开会，定了一个统一的口径：你们回上海后，有人问起潘，就说他出国去了，不要说别的。但相其珍不同，因为向他打听潘的人很多，而作为警卫人员竟不知道自己首长的去向，这不仅被视为怪事，且也容易引起人们更大怀疑，因此不久他就被“隔离”起来，直到7月17日中央广播电台公开发布潘汉年被捕的消息后，相才被放回上海。
从潘汉年4月3日晚上被捕到7月17日通过新闻媒介公诸于众，整整三个月二个星期，潘“失踪”的种种猜测，各类传说，在上海、在中下层干部群众中间，在他的许许多多新老朋友的心里，一直是一个不解之谜。
三、功德林、秦城、团河农场
潘汉年被捕的那天，1955年4月3日，押送他的小车将他带到了北京安定门外的一处高墙深院之内。这里，便是五十年代隶属于公安部的著名监狱——功德林监狱。
功德林之所以著名，是因为它关押的“人犯”大都著名。五十年代这所监狱的犯人中间主要有两类：一类是国民党的战争罪犯，包括被俘的军、政、警、特等头头脑脑；另一类是从革命阵营内部“清洗”出去的一些“大人物”，如饶漱石、潘汉年、扬帆、胡风等都在这里留下了他们的身影。
潘汉年被送进功德林牢房时的情节，尹骐在《潘汉年传》一书中，作了如下描述：
“监管处的一位管教科长领着潘汉年走进一间单人监房。这监房，实际上不亚于一家普通的中等旅馆的设备：十五平方米左右的面积内，放有一张单人沙发床。床上是一整套全新的被、褥、床单，地上铺着深色的地毯。有一张可以看书写字的小书桌，一把软面的坐椅。墙边还有必要的卫生设备：抽水便桶、洗脸池等。房间里有暖气设备。已是4月初了，还像北京饭店一样没有停止供暖，室内相当暖和。管教科长很和气地对这位新来的犯人说：你就住在这里了。墙上贴有注意事项，希望你能遵守。身上有什么小刀、钥匙之类的金属器具，请交给我们保存。你有什么困难和需要，可以随时向我们提出。潘汉年无话可说，只轻轻摇了一下头。事实上他走出北京饭店的房间时，除了身上穿的衣服外，什么也没有拿。随后，管教科长就轻轻地带上了那结实而沉重的房门，加上锁，悄悄地离开了。”
从这一刻起，潘汉年就成为功德林这间牢房里的“主人”了。监狱、牢房，潘汉年曾经与之打过多少次交道！解放前，他冒着生命危险，设法营救出了一位又一位被关押于国民党和日伪监狱里的共产党人和其他革命者。就在昨天与他共进午餐的沈钧儒先生，那年因“七君子”事件被捕入狱后，潘汉年曾代表中共中央亲赴苏州监狱“探牢”，在患难之中结下了忘年之交。全国解放后，他把一批又一批现行反革命分子、国民党特务分子、地痞流氓和帮派分子投进了人民的监狱。今天，他自己也开始了监狱生活。不同的是，他是在著名的功德林。
潘汉年在功德林一直呆到1960年3月，度过了将近五个春秋，几乎是他上海市副市长任内的六分之五的时间，但还不到他全部“犯人”生涯四分之一的岁月。
这是一段苦闷而孤独的岁月。在功德林的头两年里，他以“待罪”之身接受各种形式的审讯，回答一切所要询问的问题，作自我反省，彻底交代“罪行”。因此，他不断地写材料，甚至有些不是属于他的，同他没有什么关联的材料，要他写，他也非写不可，并统统塞进了他的案卷中。这位才气横溢、思路敏捷的才子型革命家，被迫围绕着这许多莫须有的罪名而提供“罪证”，赶写材料，其苦闷、忧郁甚至悔恨、抱怨的情绪，是完全能够想象得出的。他被弄得心力交瘁，一个虎虎有生气的风云人物，现在只能回答问题，书写材料，进行反省，像一个木偶似的任人摆布，因为他完全已经失去了自由。
1957年秋，在经过反复核实、查对之后，潘汉年的案情审理基本告一段落。无止休的审讯、检查、交代基本上没有了，尽管偶然还有个别外调人员找他调查了解有关的材料。这样一来，他反倒觉得无事可做了，也更增加了他思想上的郁闷和精神上的空虚，他只能同往常一样，除了看看狱方为他以及另外几名“要犯”所订的那份《人民日报》之外，就在狱中图书馆里借一些马列或其他政治读物看看，以便从中吸取“政治营养”，提高“政治觉悟”；同时，也可填补难熬的时光所带来的精神上的空虚。
不过，在这难熬的时光中，潘汉年还仍然保留着自己精神上的某些“财富”，有着自己的思想追求和期望。这从1983年以来人们陆续发现他在功德林写的一部分遗诗中得到了印证。
1958年冬，他有一首《岁暮念妻》的七言律诗，诗文如下：
纵然废弃在人间，
塑料原材岂等闲。
千里相思知何处，
几年隔绝梦巫山。
黄昏人影伶仃瘦，
夜半铁窗风雪寒。
又是一年终岁暮，
难忘往事走延安。
对爱妻的怀念之意、相思之情，溢于字里行间。尽管被“废弃在人间”，饱尝铁窗之苦，难熬终年之暮，但“往事走延安”，却是“难忘”的。
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