此次上海谈判，辜鸿铭更是准备好了一身“金脸罩，铁嘴皮”功夫而来。而且此时的辜鸿铭，在上海已非无名之辈，欧美侨民多已听说过他的大名了。第一次同英国驻上海总领事华仑晤谈，辜鸿铭即滔滔不绝，谈了一个小时。竟没有涉及正题。久闻其名的华仑耐心地静听他对时局的看法、对西洋人的看法。等他说完之后，时间已过去了很久，于是再约第二次谈判。
第二天，辜鸿铭一到，又是一番高谈阔论，说完之后，时间又已经过去了一个小时。这时英国总领事华仑再也耐不住了，于是开口说：“谈了这么久，我们还不曾接触到所谈的正题，你所说的都已经是过去的事了，我们现在急于商议的，是善后的办法……”
辜鸿铭应道：“我谈了这么多，就是要你先承认我的话有理，然后才有可能谈及善后的办法。”
于是相约下次再谈。
第三次见面，辜鸿铭才接触到正题，但他仍把当前世界大势、各国侵略者在对华问题上的明争暗斗、中国人民的反抗情绪述说一番。华仑本是一位外交老手，耐着性子，对辜鸿铭责骂洋人和教士，不予争辩，索性来个默认。最后，会谈终于取得结果。6月26日，在张之洞、刘坤一的授意下，盛宣怀、辜鸿铭、余联沅、沈瑜庆、陶森甲等人确定了最后会谈内容，由余联沅代表刘坤一、张之洞与各国驻上海领事馆订立《东南保护约款》，其主要内容如下：
一、长江及苏、杭两地，各国商民、教士产业均归南洋大臣刘、两湖总督张允认切实保护……严拿匪徒。
二、各国以后如不待中国督抚商之，竟至多派兵轮驶入长江等处，以致百姓怀疑，藉端启衅，毁坏洋商、教士人命、产业。事后中国不认赔偿。
三、内地如有各国洋教士及游历之洋人，遇偏僻未经设防地方，切勿冒险前往。
同时签订《保护上海城厢内外章程》，规定，租界内华人及产业，各国应保护，租界外，洋人教堂，教民由中国官方妥为巡防保护等等。
总之，其精神不外上海租界归各国保护、长江内地由各省督抚保护，两不相扰，保全中外商民的生命财产。各省督抚应尽力控制该省局势，免受北方义和团影响。南方的局势稳定下来，弹压中国民众的任务便交给了各省督抚办理。据说，策划东南互保之中。清政府宣布对各国宣战，李鸿章率先称此上谕为矫诏，以刘坤一、张之洞的名义，致电称不奉伪诏。后来，李鸿章曾对他的亲信说：“老夫此举，不待香涛同意而即行之，实不止强奸香涛一次也。”
在盛宣怀的活动下，纷纷参与“东南互保”的有：两广总督李鸿章山东巡抚袁世凯同时闽浙总督许应骙与俄、英、美、日等六国仿照《东南保护约款》。订立《福建互保协定》。
东南互保很快扩展到浙江、福建、广东、四川、陕西、河南、山东等十余省，张之洞在这个活动中充当了盟主角色，“东南互保”也可以说是独立于朝廷的活动，谋士辜鸿铭在其中出了不少力。时人诮张之洞在庚子年间：所处之地位，不啻为南方各省总统。
此时的北方，八国联军加紧对北京的进攻，以慈禧为首的清政府侥幸取胜的幻想，在数千武装着洋枪洋炮的西洋军队打击下，破灭了。到六月底，慈禧太后脸色一变，向各侵略国做出后悔的表示：“朝廷非不欲将此种乱民下令痛剿，而肘腋之间。操之太蹙，深恐各使保护不及。”
当八国联军进抵北京近郊时，清廷慌了手脚，不断电催两广总督李鸿章北上。于7月8日，清廷连发两电，任命他为直隶总督。李鸿章却不愿北上，在他看来，朝廷要亏尽了本才会求和，最后勉强于7月21日到达上海。此中还有一段李鸿章的趣事。
这一段时间，一直有人游说李鸿章背离清廷独立，特别是革命党人对他颇寄希望，李鸿章不以为然。
到了上海后，仍有革命党人前往游说，欲推他为首领，举事反清。李鸿章早知来意，立请入见，刚通姓名，不等说明来意，便开口说：“你们是想举兵吗？可惜我年事已高，不能相助，亦恨君等迟生，不能助我于五十年前。”
游说的人见他如此，也不必再说了。但问他军事用兵，说：“您以为用兵的关键在哪里呢？”
李鸿章回答说：“我国用兵，本无奥妙，亦惟一哄而已。哄得过去，即胜，胜即成事。”言罢哈哈大笑。由此可见李鸿章性情之一斑，此人决不是冒险求进的角色。8月7日，清廷不得不任命李鸿章为议和全权大臣，向各国乞和，列强公使却表示不进北京城决不罢休，这样，慈禧即准备弃京而逃。
张之洞立即表示赞同，甚至希望慈禧南幸湖广。不成，又极力表示赞成慈禧一行西幸西安。
8月14日凌晨，慈禧太后带着他的亲信臣仆，仓皇西逃，八国联军一万八千余人，占领北京城，进驻紫禁城，杀害义和团民众，抢掠财物，大纵军队公开洗劫三日。其后继以私人抢劫，自元、明以来典章文物，国宝奇珍，扫地以尽，煌煌大者《永乐大典》也几乎丧失净尽。
四万万人口的大清帝国这条睡龙被一万八千余人的杂牌军捆缚起来，动弹不得，任人捏弄了。
联军统帅入京后，易为德国人瓦德西，瓦德西到京后，大模大样地踏进紫禁城，窃据仪銮殿，享受皇帝的富贵之态，大清王朝也真算弄了个先例，第一次将洋人让进了寝室之内，卧榻之旁了。
瓦德西（1832——1904）德国人。历任陆军参谋总长、军团长、陆军元帅等职。十九世纪七、八十年代曾任驻法武官。1900年8月八国联军占领北京后，正式就任联军总司令，指挥联军扩大侵略，到处烧杀抢掠。次年6月回国。正当此国破家亡之际，辜鸿铭于战争伊始，即在日本横滨《日本邮报》上发表文章。著论斥责西方人的侵略，称义和团人物为爱国志士。
第一篇文章标题即为《我们愿为君王去死，皇太后啊！关于中国人民对太后陛下的人格和权威的真挚感情的说明》，同时在发表的致该报的编辑函中，辟头便称此文得到张之洞、刘坤一两位总督大人的授权。中国人，或许包括两位总督，可能都不明白授权发表声明的真正意义，但辜鸿铭和他的西方读者都明白无误地理解此中传递的信息，即在联军北犯中，实力未受损伤的南方各省军政府首脑反对废除慈禧太后的最高权力，而他们手中的新式武装，远非义和团乌合之众的神机营可比。
到1901年，《辛丑和约》签订，辜鸿铭将一年来于日本横滨《日本邮报》上发表的文章，结集成书，定名《尊王篇——一个中国人对义和团运动和欧洲文明的看法》（英文书名Paprs from a Viceroy's Yaman，直译当作《来自总督衙门的论文》），在上海刊行，此时他已是在华欧美人士共同瞩目的人物了。在《尊王篇》前三篇文章中，辜鸿铭替慈禧太后和义和团运动的仇洋行为进行政治辩护，驳斥当时西洋人士和康有为等对慈禧的批评，引证英国刊行的《古今名人谱》所载慈禧政绩，称：“甲午以后，泥古图新各自偏执，门户之见于是大分。尔时，翁同禾最泥古。及受甲午之创，忽又轻率图新，误认辩言乱政之康有为为奇才，力荐于朝而用之，遂有戊戌之变，惟皇太后不偏不倚，允中，即黜翁同翕诸臣以去祸魁，定康有为罪案而戮其死党以谢天下。”
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