25日下午，向参加土地会议的县以上干部讲《毛主席的军事思想》。再向军区干部讲华东野战军自卫战争的经验。
12月初应召到中共中央工作委员会汇报工作。接着，又奉命到陕北参加中共中央的会议。途经晋察冀军区、晋绥军区时，都作了华东一年自卫战争初步总结的报告。在晋绥的报告，从12月31日开始，1948年元旦才结束。
1948年47岁
1月7日到达陕北米脂县杨家沟向中共中央报到。
1月10日应邀在西北野战军高于会议（即前委扩大会）上作华东一年自卫战争的经验介绍。
1月18日参加毛泽东主持的中央会议，通过了毛泽东提出的《关于目前党的政策中的几个重要问题》。从19日下午3时到21日下午，均由陈毅就华东野战军的情况作汇报，讲了9个问题，提出了恢复总政治部、办大军校等建议。其间还研究了派遣华东野战军第一兵团3个纵队到江南实行宽大地域的战略机动问题，因而从1月27日起，连续与粟裕电报往复商讨此事。
2月4日离杨家沟东返。受中共中央委托，到中共中央后方委员会、晋绥、晋察冀、晋冀鲁豫等处传达中央会议精神，主要是纠正土改、整党及新区政策中的“左”的问题。2月21日到达晋察冀以后向中共中央报告了参加中共中央后方委员会会议的情况。
3月2日中工委召集了晋察冀、晋冀鲁豫和华东3个中央局领导人参加的会议，陈毅参加了全部7次会议，认真传达了中央指示精神并积极提出了自己对各项工作的意见。
4月2日回到濮阳与粟裕见面，并在5日向华野一兵团团以上干部讲述《到中央去的沿途见闻》。
4月16日粟裕提出将第一兵团暂时留在中原歼敌比远出江南的战略机动更为有利的意见，陈毅鼓励其分别报告刘、邓和中央军委。
4月20日刘、邓向中共中央要求调陈毅到中原工作，以加强中原的领导力量。
4月23日在华野一兵团团以上干部会议上传达中共中央12月会议精神。27日，为会议作总结报告。当晚，同粟裕离濮阳到中共中央开会。
4月30日抵阜平城南庄，参加由毛泽东主席召集的会议。5月5日，中央采纳粟裕的意见，决定：华野一兵团暂不渡江南进，仍留中原歼敌。在刘、邓的一再要求下，决定陈毅任中共中央中原局第二书记、中原军区及中原野战军第一副司令员（华野职务不变）。这一决定在5月9日正式以通电下达。
5月7日与粟裕陪同前去华野第一兵团视察的朱德总司令南下。12日抵达一兵团所在地濮阳孙王庄。
5月14日一兵团连以上干部开欢迎会，陈作《向朱总司令学习》的讲话。
同日与粟裕联名致电华东局、中原局及陈（士榘）唐（亮）兵团，传达毛泽东主席提出的“军队向前进，生产长一寸，加强纪律性”三项方针。并且说，毛泽东指出：中原局所面临的困难是中国革命最后最大的困难，要加紧解决。
5月29日将亲自起草的《对第一兵团部队工作开展反军阀主义倾向的决议》交由前委扩大会议（一兵团团以上干部会议）审议通过。
5月30日与邓子恢带领4700名干部离开濮阳去中原。他们经馆陶渡黄河，过邯郸，越太行，经晋城，再过黄河到洛阳。12日他俩向中央军委发出《支前与生产结合经验介绍》的电报。（6月24日中央军委复电称，办法甚好，准备研究在全军推广。）6月14日下午抵宝丰县皂角树村同邓小平、刘伯承等会合，次日即参与研究作战问题。
6月17日至19日在野战军司令部驻地向军区、第二、第五分区及直属队团以上干部传达中共中央十二月会议精神及中央首长指示。
6月26日与刘伯承、邓子恢、张际春到襄城西北第四纵队教导团驻地向团以上干部传达中央指示。次日17时与刘、邓、邓（子恢）致电粟裕：“为保障你们歼区寿年兵团，我们决心以一部监视十八军，主力主动攻考北进之吴兵团吸十八军回援。”28日下午，在团以上干部会议作战斗动员，会后各部即准备战斗。29日发出战字第一号命令，然后与刘、邓率前进指挥所到舞阳以东之吴城地区指挥作战。此行直至7月9日才又返抵皂角树村。
7月2日至16日襄樊战役获胜，歼国民党第十五绥靖区司令官康泽以下2万余人，曾同刘伯承一起接见了副司令官郭勋祺，并对在俘之川籍官兵训话。
7月25日决定中原全军休整1、2个月。同日邓小平赴中央开会，中原局工作暂由陈主持。
7月31日至8月8日中原局、中原军区及第一、第三、第四、第九纵队团以上干部在宝丰进行整党与整军，陈毅传达中共中央、毛泽东主席自十二月会议以来的各项方针政策。8月15日至21日又到方城崔庄向第二、第六纵队的团以上干部传达。
9月6日根据邓小平转达中央指示精神，制订了《中原局关于克服无纪律无政府状态并建立请示与报告制度的决定》。
9月12日起草《关于1948年夏季中原情况及政策转变问题向毛主席的综合报告》。
9月25日与刘伯承、李达复电粟裕，同意他提出的举行淮海战役的建议。
10月5日军区指挥部移至独树镇。当晚对二分区区级以上干部作报告。
10月7日与刘伯承到第四纵队，在团以上干部会议上作关于建军及秋季作战准备工作的指示，要求在战术思想上除以多打少外，还要能以少胜多；每一个部队，不仅要善于进攻，还要善于防守。下午，参观抛射炸药、登城、架设浮桥通过水壕的演习。
10月11日邓小平返部。
同日中央军委电令攻郑州，以抑留孙元良兵团、保证华野下一步之作战。
同日毛泽东主席提出关于淮海战役的作战方针。
10月18日中原军区发出关于郑州作战的基本命令。下午与邓小平、张际春到第四纵队司令部指挥攻郑作战。22日，郑州守敌逃走，郑州解放；24日，开封解放。
10月26日与邓将中原配合华东作战之部署意见报中央军委，并电令豫皖苏区作战前的一切必要准备。
11月2日奉中央军委1日17时电示，与邓统一指挥淮海战役。对西线兵力提出部署意见。
11月5日13时陈、邓决定淮海战役于11月7日夜发起。
11月6日与邓电令各部，以后作战所取得的津浦线上的城市（包括徐州）均归华东局接管。
11月6日淮海战役打响。7日，直接指挥部队首歼国民党第181师于马牧集。
11月10日刘伯承到达前指。遵中央军委电令，全力攻夺宿县，切断徐蚌路。15日，攻克宿县。
11月16日中共中央军委决定成立总前委，陈毅为常委，其时，指挥部位于永城东南之张围子。
11月22日淮海战役第一阶段胜利结束，下一步决定打国民党军第十二兵团，即黄维兵团。当晚，指挥所召集中野各纵队首长在驻地周殷圩开会，决定打敌左翼之十军，指挥所移住临涣集东南之小李家。
11月23日淮海战役第二阶段开始，24日向黄维兵团全线出击，25日将其包围于双堆集地区。
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