1月23日向飞抵峄县的军事调处执行部徐州小组提出国民党军违令的材料，要求查处。
2月2日与飞抵临沂的军事调处执行部济南小组晤谈执行第二号命令事。
2月11日在临沂西关文庙向党政军领导机关干部传达中共中央2月1日《关于目前形势和任务》的指示，指出练兵、减租、生产是目前解放区三项中心工作，部队要通过练兵达到正规化。
2月23日华东局颁发了《百日练兵军政工作指示》。
3月2日至3日三人委员会周恩来、张治中、马歇尔由北平飞抵济南，陈往迎接，并一同飞往徐州。其间详谈了国民党军诸多违令事件及处理办法。
3月7日山东党政军领导机关在临沂集会庆祝叶挺将军出狱，陈到会讲话，并致电慰问，促请其返回新四军。
4月12日得悉叶挺等于4月8日殉难，作《哭叶军长希夷同志》悼诗志哀。19日在临沂举行追悼会，陈号召“继承四·八烈士遗志，为革命奋斗”。
5月在华东局高干会议上作《关于如何正确执行中央“五·四”指示的报告》。
6月在临沂接见由青岛飞来的美海军陆战队的克莱门将军，向他揭露了国民党在美国的支持下，正准备发动全面内战的阴谋。
6月7日至16日在山东境内胜利地进行了津浦路、胶济路讨逆战役，歼伪军3万余人，解放德州等城镇数座。
6月22日中央军委鉴于国民党军大举进攻在即，拟定了外线出击以粉碎国民党军的内战阴谋的作战方针。陈毅表示坚决拥护。
6月26日包围中原解放区的国民党军开始大举进攻，中原解放军胜利突围，全面内战爆发，解放战争开始。
6月28日至29日到新安镇附近会晤中共华中分局领导人邓子恢、张鼎丞，研究作战方针。
7月1日中共华东局发布迎击国民党军大举进攻的紧急动员令。
7月14日在前方指挥所干部会上作《如何取得战争的胜利》的报告。
7月18日徐州国民党军以17万余人开始向淮北、鲁南解放区进攻。山野积极准备迎敌。7月24日，对第八师营以上干部作出击华中的动员。
7月27日至29日进行朝阳集战斗，歼国民党军第九十二旅等部5000余人。
8月7日至9日围攻泗阳未克，淮北战场情势紧张，山野陷于被动。
7月13日至8月27日苏中战役七战七捷。
9月7日到华中分局与邓子恢、张鼎丞会商9、10两月在淮北作战问题。
9月19日撤出淮阴、海安。
9月23日中央军委指示合并山东、华中两个野战军指挥部，陈为司令员兼政委。
9月28日报告中央军委：“陈已来华野，即以华野为统一指挥机关。宋时轮、唐亮率山野指挥部进驻沐阳以北，负责指挥七、八两师、滨海警备旅……华中分局移淮海区主持，陈士榘任军部参谋长，即在临沂主持工作。”
10月19日至30日涟水保卫战，歼敌整编第七十四师一部，掩护华中后方向山东转移。
10月27日在华中军区直属队干部会议上作《华东三个月自卫战争的总结和今后任务》的报告。
11月上旬在涟水西北陈师庵召开团以上干部会议，进一步讲清形势任务与要求。
11月10日对进攻鲁南解放区的国民党军发动句（儿庄）枣（庄）路反击战。1月11日延安《解放日报》报道华东部队开展立功运动的消息，“号召普遍响应立功运动”。
12月1日朱德生日，在八师连以上干部大会上介绍总司令的生平和时事问题，号召八师连续打歼灭战。
12月9日率一纵、八师自鲁南南下，待粟裕等到达后，于13日至19日胜利地进行了宿北战役，歼国民党整编第六十九师等部2.1万余人，中央军委传令嘉奖一切有功将士。此后，华东战局转趋主动。
12月25日山东、华中两野战军合并。
1947年46岁
1月2日至20日鲁南战役获胜，歼蒋军5万余人。
1月下旬华东全军实行统一整编，撤销山东、华中两野战军番号，正式组成华东野战军（简称华野），下辖12个纵队，陈为司令员兼政委，并成立中共华东野战军前委，陈为前委书记。
在临沂附近召开的前委扩大会议上作“一面打仗、一面建设”的报告。
中央军委对此颇为赞许。
2月6日对1月27日叛变之郝鹏举部实行讨伐，至7日黄昏，歼叛军两个师，生俘郝鹏举。
2月20日至23日莱芜战役获胜，歼蒋军5.6万余人，解放了胶济线13个城镇。
3月前委扩大会议在淄川大矿地举行，传达贯彻中共中央关于《迎接中国革命的新高潮》的指示。陈毅总结8个月作战经验，布置休整，准备迎击国民党军新的进攻。
3月下旬国民党集中了24个整编师、60个旅，共45万人，开始对山东实施重点进攻。
4月下旬实施蒙泰战役，于22日攻克泰安，歼国民党军整编第七十二师等部。
5月13日至16日孟良崮战役，歼国民党精锐主力整编第七十四师等部3.2万人。
5月28日至6月2日野战军在沂水西北之坡庄召开团以上干部会议作孟良崮战役总结，陈作形势任务报告。
6月底第一、三、四、八、十纵队分兵向敌后出击，连克数城。但自7月下半月以后，由于雨季作战，洪水横流，各路攻击均未得手，部队减员甚众。为争取主动，指挥部北渡黄河。
8月29日前委发布《野战军拥护士改井支援农民土地改革的决定》。
9月3日遵照中央军委的指示，与粟裕率第六纵队进入鲁西南地区，统一指挥外线6个纵队作战，以配合晋冀鲁豫野战军实施战略进攻。
9月7日至9日沙土集战役获胜，歼国民党军整编第五十七师万余人，开始掌握外线作战的主动权。在此前后，陈大力宣传反攻形势，华野大军在雨季艰苦的外线作战中重振军威。
9月9日《大众日报》发表陈著文《如何爱护民工与组织民工》。
9月22日中共中央决定改华东野战军外线兵团为晋冀鲁豫野战军，归中共晋冀鲁豫中央局领导并负责统筹其后勤供给。陈毅任晋冀鲁豫中央局第二副书记，他与粟裕（中共晋冀鲁豫中央局委员）代表该局指导黄河以南、运河以西、平汉以东、淮河以北地区之党政军民工作。
9月26日所部南越陇海路，挺进豫皖苏，并于10月内解放睢县、夏邑等24座县城，扫灭国民党地方保安团队6个团。为经营一个新解放区奠定了基矗11月初到晋冀鲁豫中央局联系工作，8日渡黄河抵达华野的后梯队所在地朝城。9日到华东随营军校，作《对反攻形势的说明》。10日在野战军后方干部会议上作整理后方工作的报告，然后到淮阳给晋冀鲁豫野战军第十二纵队讲话。该纵队为中原突围之新四军第五师老部队。陈凤趣地说：“我代理新四军军长未能同五师同志见面，今日是老乡见老乡，两眼泪汪汪。”
讲了两个小时， 11日以后，经阳谷、德州到惠民，同华东局及军区领导人会商后，18日又上路。24日夜抵达目的地冶陶，受到簿一波等的热烈欢迎。
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