11月9日到官路曹欢迎副军长张云逸到任。
12月19日向中共中央和毛泽东主席报告自己对于统一华中领导的意见。
12月25日军部与华中局机关由盐阜区向淮南转移。
1943年42岁
1月10日军部与华中局抵达目的地——原第二师师部驻地黄花塘。
1月中旬至3月中旬因病在第二师医院住院。
2月中旬日军“扫荡”韩德勤部及新四军第三师地区，韩部经新四军同意后，转移到洪泽湖附近地区暂避。韩部下保安第三纵队王光夏等部却在日军“扫荡”结束后，违约不返原防，而且破坏民主根据地政权，叫嚷要在洪泽湖畔建立反共基地。
3月8日被接回军部。确定对韩德勤、王光夏等采劝先礼后兵”的方针，而后返回医院。
3月15日对韩、王劝说无效。再次被接回军部。随即决定驱逐韩、王的部署。
3月17日新四军部队在收复山子头战斗中击毙王光夏、活捉韩德勤。
3月23日赴第四师。经与第四师领导多日磋商后，报请中央军委批准，于4月1日释放韩德勤。
6月1日中共中央发出《关于领导方法的若干问题的决定》。饶漱石认为，学习了毛泽东的《关于农村调查》之后，很有启发，也要亲作农村调查，实际上是暂离军部，借机打击陈毅。
6月8日开整风联席会议。
7月1、2日开干部会纪念“七一”，连续作报告两天。
7月5日为纪念抗战五周年，撰写《新四军在华中》一文。
8月1日在干涸的黄花塘内举行军人大会以庆祝建军节。并主持阅兵式。
8月13日根据华中局8月10日关于加强整风工作的指示，召开直属队领导人及各部长会议，检查领导工作，提出今后改进意见。14日，会议继续举行。下午饶漱石回军部，认为有些意见是“反对政治委员”的问题，性质严重，开始找有关人员个别谈话，挑拨内部关系。
8月20日华中局开会检查工作。
8月21日至22日下午军分会开会，各委员作自我批评。
8月24日华中局与军部分开办公，并成立直属政治处。
9月10日在军直作报告，讲述古田会议决议。
10月12日为《新四军殉国先烈纪念册》作序。
10月16日开整风委员会主任联席会议，饶进一步布置对陈的斗争。下午，在以“漫谈会”方式举行的军分会会议上，陈作自我批评。然后对陈开展批评、斗争，把性质定在“反对政委制度”、“反对党中央”的线上，饶将排挤陈的活动推向高峰，此即“黄花塘事件”。
10月底饶给毛泽东发电报，造谣诬告陈；同时授意一些领导人也给中共中央发一份电报，以求挤走陈毅。
11月初陈向毛泽东主席报告了事情经过。
11月8日毛回电要陈赴延安参加中共“七大”。
11月15日至16日向机关、直属队干部解答时事问题。
11月19日到党校讲课。
11月25日作《赴延安留别华中诸同志》诗一首，然后踏上赴延安的旅途。
1944年43岁
1月14日在太行致电毛泽东，报告将在太行了解整风经验后再赴延。
2月离太行西进，3月7日到达延安。
3月15日在毛泽东的提示下致电化中局作自我批评。毛泽东同时致电华中局，说明“关于内战时期在闽西区域的争论，属于若干个别问题的性质，并非总路线的争论，而且早已正确的解决了”。又指出陈在内战及抗战时期都是有功劳的。
4月在读了毛泽东撰写的《学习与时局》初稿后，写信给毛泽东，论述教条宗派与经验宗派问题。
4、5月间向中央军委作系统的《华中工作总结报告》。
5月21日中共六届七中全会第一次会议开会，应邀到会。
8月10日参加会见美军驻延安观察组人员，从此在延安公开活动。
8月28日写好《苏北事件真象》及《皖南事变真象》两个文件，经毛泽东主席等审阅后，交给美军观察组组长包瑞德上校。
9月27日向毛泽东报告红七军历史座谈会的收获。
12月1日写信向毛泽东主席陈述自己对同国民党、美国代表签署协定的意见以及自我修养的收获。当天毛即复信慰勉。
12月10日在参加9日七中全会对成立解放区委员会的议论后，向毛泽东写信陈述自己对这个问题的补充意见。
12月26日与刘少奇电示华中关于发展江南的准备工作。
1945年44岁
1月14日在劳动英雄与模范工作者大会的闭幕式上讲话。
1月28日在《解放日报》上发表《追忆彭雪枫同志》。
春为中共“七大”起草《建军报告》。
4月21日中共“七大”开幕，作颂诗《七大开幕》一首。
5月1日代表华中新四军在“七大”会上发言。
6月在中共“七大”上当选为中央委员。
8月9日毛泽东主席发表《对日寇的最后一战》的声明。11日，新四军军部下令全军对日总反攻。
8月12日为中央军委起草致华中局并新四军五师电，关于执行中共中央12日指示（即改变夺取江南大城市的方针）的具体部署。
8月14日日本宣布无条件投降。
8月23日中共中央军事委员会组成，陈毅为委员。
8月25日乘美军飞机由延安到山西黎城长凝机场，拟取道冀鲁豫返华中。
8月26日被中共中央任命为新四军军长、华中局副书记。
9月19日中共中央指示全国战略方针为“向北发展，向南防御”。决定罗荣桓率山东大部主力去东北，新四军大部主力到山东，一部去东北，江南部队撤到江北，中共华中局移至山东与山东分局合组成华东局，陈、饶到山东，在华中成立华中分局，受华东局领导。
10月4日抵山东临沂，同罗荣桓会合，并开始交接山东工作。
10月10日国、共双方代表签订《会谈纪要》。
10月12日中央军委指示，华东目前的中心任务除调兵东北外，是切断津浦路，阻止蒋军北上，并求歼其一部或大部，以保卫解放区。
10月15日津浦前线指挥部成立。接着即率指挥部移驻香城，组织津浦路徐州至济南段的作战。战役自10月18氏开始，19日克邹县、大坟口，歼日伪军一部，11月3日又在界河以北歼伪第三方面军吴化文部4000余人，继续向南发展攻势，至12月中旬攻克滕县及临城（今薛城）外围各据点。至此，粉碎了蒋、日、伪军打通津浦路的企图，歼其2万余人。
10月25日华中局、新四军领导机关全部入鲁，中共中央华东局正式成立。华中分局与华中军区亦成立。
12月3日中央军委决定新四军军部兼山东军区领导机关。陈毅军长兼山东军区司令员。
1946年45岁
1月7日津浦前线指挥部撤销，组成山东野战军（简称山野），陈任司令员兼政委。下辖第一、第二纵队，第七、第八师。其时国民党军约10万人由徐州向鲁南枣庄、峄县（今峄城）一线进犯，山野于11日开始反击，国民党军缩据韩庄、贾汪一线。
l月9日国民党新编第六路军由其总司令郝鹏举率领举行反内战起义，改编为“华中民主联军”。陈多次前往训话。
l月13日国、共双方在1月10日签订的停战协议本日起生效。
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