10月4日至6日出席在茅坪召开的中共湘赣边界第二次代表大会，被选为第二届特委委员。
11月6日出席特委扩大会，讨论于本月2日收到的中共中央6月4日给前委的指示信。重新组织红四军和根据地的最高领导机关前敌委员会。陈毅任前委秘书长。
11月14日至15日出席中共红四军第六次代表大会。会议选举23名委员组成军委，陈毅为委员。
1929年28岁
1月上旬出席红四军前委召开的联席会议。决定：为打破敌人的经济封锁和第三次“会剿”，红四军一部留守井冈山；主力转往外线作战。
1月14日毛泽东、朱德率红四军主力下井冈山，出击赣南。陈毅作为军士兵委员会秘书长随军部行动。
1月下旬红四军主力进占大余，遭敌军攻击，退入粤北南雄之乌径，后又入赣南，经信丰、安远至寻邬，追兵紧蹑其后。
2月2日在罗幅嶂出席红四军前委会议，总结下山后的经验，决定军委暂时停止办公，由前委直接领导红四军；部队进行改编，陈毅为第一纵队党代表（纵队长林彪）。2月10日至11日，参加大柏地战斗，将敌刘士毅部两个团大部歼灭。
2月17日经宁都城到达吉安东固。与朱德、毛泽东一起和东固红二、四团负责人交流经验。决定抛弃固定区域之公开割据政策而采取变定不居的游击政策（打圈子政策）。
2月25日赣敌再次进击，率一纵队在朱德、毛泽东指挥下撤离东固地区。
3月12日，率一纵队进占福建长汀四都镇，击溃郭凤鸣旅一个团的进攻。
14日，攻克长汀，歼敌2000余人。
3月中旬参与红四军长汀整编。红四军成立政治部。毛泽东兼主任。部队编成3个纵队。
3月20日出席前委扩大会，会议决定在赣南、闽西20余县范围内，开展游击战争，发动群众，建立苏维埃政权和农民武装，并与湘赣边界相连接。
4月1日率一纵队随朱德、毛泽东抵瑞金，与红五军会合。
4月5日出席红四军前委会，讨论中央“二月来信”。认为要把红军分得很孝散入农村的做法不妥。
4月11日在于都出席红四军前委扩大会议，讨论行动计划，决定：彭德怀率部回湘赣边界恢复井冈山根据地，朱德、毛泽东分头率部在赣南发动群众，建立赣南革命根据地。
5月18日出席在瑞金召开的红四军前委扩大会，因赣敌进迫而闽西空虚，决定部队再次入闽。
6月8日至中旬前委连日开会。决定成立第四纵队，取消临时军委，由陈毅接任政治部主任，代理前委书记。前委扩大会决定召开中共红四军第七次代表大会。
6月20、21日主持召开红四军前委扩大会。22日，中国共产党红军第四军第七次代表大会在龙岩城召开。陈毅主持大会并代表上届前委作了工作报告。经讨论，通过《红军第四军党的第七次代表大会决议案》。改选了前委，陈毅为书记。
7月9日向中央汇报坚持闽西斗争的情况并送呈《四军七次大会决议案》、《党内争论文件》等。
7月中旬接中共中央来信要红四军派领导干部去上海参加军事会议、汇报红四军情况。前委决定陈毅前往参加会议，由朱德代理前委书记。7月下旬至8月下旬，经厦门、香港，乘轮船到达上海。
8月29日列席中央政治局会议，汇报了红四军情况与党内争论的问题。
会议决定由周恩来、李立三、陈毅3人组成一个委员会，提出决议送政治局讨论通过。
9月1日将连日赶写的《关于朱德、毛泽东军的历史及其状况的报告》等5个文件送中央。
9月28日由周恩来召集讨论由陈毅起草的《中共中央给红军第四军前委的指示信》，经中央政治局讨论通过。
10月1日至11日离上海，经香港、汕头到达中共东江特委所在地。与特委开会研究红四军按中央指示进入东江的工作。10月22日，到达闽粤边境的松源，回到红四军前委。当晚即向前委传达了中央的指示信。并致信毛泽东，请其回前委工作。
10月下旬红四军攻克梅县。粤军蒋光鼐部3个团来袭，与朱德率部撤回赣南。
11月4日在寻邹大田乡写信给中共中央，汇报了返部情况，并再次写信请毛泽东回前委工作。然后与朱德率红四军回闽西。11月18日，在上杭官庄举行的前委扩大会上，传达中央“九月来信”。
11月下旬占领长停毛泽东回到红四军前委。28日，在长汀举行前委扩大会，决定召集中共红四军第九次代表大会。协助毛泽东调查研究，整理材料，准备中共红四军第九次代表大会。
12月28日至29日与毛泽东一起在上杭古田主持召开了中共红四军第九次代表大会，详细传达了中央“九月来信”。还在大会上作了反对肉刑、反对枪毙逃兵的专题发言。会议一致通过了《中国共产党红军第四军第九次代表大会决议案》（即《古田会议决议》）。改选前委，陈毅等11人被选为红四军前委委员。
1930年29岁
2月6日至9日红四军前委、红五军、红六军军委和赣西南特委的联席会议（二·七会议）在吉安陂头召开。会议决定成立共同前委，陈毅（未出席）被选为共同前委委员。会议后，陈毅被任命为红六军政治委员、军委书记，并一度兼该军第二纵队政治委员。
2月24日至26日与黄公略指挥红六军第二纵队配合红四军在水南直夏、富滩地区歼敌独立十五旅大部，俘1600余人。
3月起率红六军（后改为红三军）第二纵队在兴国等地发动群众。
6月中旬到下旬到福建长汀出席红四军前委、闽西特委联席会议。根据中央指示，将红四军、红三军、红十二军整编为第一路军（不久改称为第一军团）。
6月下旬奉调离开红三军，负责组建红二十二军。
6月底红二十二军在江西信丰成立，任军长（曾兼政治委员），属第一军团建制。
7月起在信丰举办红二十二军干部学校，兼任校长。在赣南组织训练部队，并参加土地革命工作。
8月下旬至9月上旬第一方面军成立后，奉命再攻长沙。在总前委书记毛泽东要求下，陈毅配合赣西南特委，将大量预备军送往前线补充主力。9月，与肖菊英在泰和结婚。（肖1932年落井而死）10月初率红二十二军北上，配合攻打吉安。
10月7日江西省苏维埃政府在吉安成立，陈毅为政府委员。
12月上旬红二十二军缩编为红六十四师，归属红十二军建制。
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