章太炎比胡适年长22岁，胡适在美国哥伦比亚大学孜孜求学时，章太炎就是享誉学坛的国学大师了。1917年胡适回国后担任北大教授，主讲《中国哲学史》。本来北大文科是章太炎弟子的重镇，向黄侃、周树人（鲁迅）、周作人、朱希祖、沈兼士等都是章太炎的学生。如果胡适在北大教授西洋文学，或许他的处境要好得多。可是他偏偏没有教他所擅长的学科，而选择了“中国哲学”，自然就被章太炎师生所鄙视了。章太炎曾对人说过：“教哲学，胡适之也配吗？康、梁多少有些‘根’。他连‘根’都没有！”
其实，胡适出于对章太炎学识渊博的仰慕，很尊重这位长者。胡适曾在一篇文章中称：“章炳麟的古文学是五十年来的第一作家，这是无可疑的。但他的成绩只够替古文学做一个很光荣的下场，仍旧不能救活古文学的必死之症。”尽管胡适对章太炎的评价很客观，但章太炎却对胡适极为不满。1919年胡适的《中国古代哲学史大纲》（后更名为《中国哲学史大纲·上卷》）出版时，曾赠送给章太炎一本，请“太炎先生指谬”，并署名“胡适敬赠”。当时中国还没有推行标点符号，胡适仿照外国的标点符号，在“太炎”和“胡适”的右侧各画了一条黑竖线。章太炎看了十分生气地说：“怎么这么不懂事，竟然在我的名字上糊抹乱画！”往下看到“胡适”二字也有黑竖线，才意识到这是新潮派的作为。
1920年胡适首开风气的《尝试集》出版后，章太炎很不以为然。他指责这是为迎合中学生的口味而写的。
他们的分歧是因为彼此的治学道路不同。胡适受到西洋文化的熏陶，信奉和宣扬的是实验主义。而章太炎是经学出身，专门研究“小学”，擅长考证经史，学识博大精深。他们的治学思想和方法都迥然不同，这就难免有些龃龉了。
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