贺龙认识到，剿匪是同国民党残余势力进行的一场尖锐复杂的斗争，涉及面很广，政策性很强，需要充分发动群众、依靠群众。3月16日，他在成都各界人民代表大会上，针对当前情况，就剿匪问题发表了气度非凡的长篇讲话。他说：从“缴获土匪的《游击根据地地理图》，《游击战术》和伪国防部‘委任状’等等文件和宣传品，以及俘虏的口供都证明，土匪组织的暴乱，乃是以国民党特务分子和王陵基创办的‘游击干部研究班’，以及少数封建恶霸，勾结惯匪流氓、散兵游勇所发动的有预谋、有组织的反革命行动。四川是国民党反动派据以顽抗的最后的中心地区，特务分子在这里特别多，因而他们在这里所作的反革命部署也就较其他地区更为周密。当我们大军挺进四川的时候，打乱了他们的组织，打昏了他们的头脑，可是，当他们稍事喘息之后，便重整反动力量，乘我们人民政权尚未巩固，扰乱社会秩序和破坏人民政权，这是不足为怪的……他们所提的口号是：‘拥护蒋总裁’，‘繁殖游击战争，坚持到第三次世界大战’，‘打穿旧军衣、戴八一帽徽的（即解放军），不打穿新军衣、不戴八一帽徽的（即起义、投诚部队）’，并且假借起义部队的番号印发传单，号召反对共产党、反对人民政府。在座的一些人中，对减租减息不满意。你们长期吃农民的，穿农民的，现在拿出点来给农民，有什么不可以呢？还有些人在暗中支持土匪闹事。有人说，土匪暴乱，就是因为人民政府实行合理负担，禁用银元，因此提出要修改人民政府的政策。这显然是替土匪、特务和封建势力说话。刘伯承主席在重庆各民主党派人士参加的会议上有一段讲话，很恰当地回答了这个问题，他说：‘有些人说封建势力在此次剿匪中要来点手法，做点脸色给我们看。脸色是吓不倒人的’！我们大家见过土匪袒着臂膀，拍着胸脯，装腔作势，运用敲诈伎俩的脸色吧？但最厉害的脸色也无非是美式的、现代化的飞机、大炮、坦克了吧？这又算得了什么？蒋介石的儿百万军队还不是被解放军打败了吗？土匪有什么了不起？有些特务、土匪扬言要跟我们打游击。可以正告他们，我们共产党是打游击的祖师爷，我看他们是坚持不了多久的。土匪一定要剿灭，特务一定要肃清，这个方针是不会有丝毫动摇的。”
贺龙这一番话，对于那些企图在暗中支持土匪，藉以抬高自己的身价，同人民争权力的某些人，起了很大的震慑作用，促使他们老老实实下定决心接受改造。有位过去从未见过贺龙的民主人士，听了他的演讲，敬佩之意油然而生，情不自禁地说：“贺龙这个人真不简单啊！”
3月23日，贺龙和刘伯承、邓小平共同签发了《西南军政委员会暨西南军区剿匪布告》，明令“各地人民解放军一致行动起来，不惜任何疲劳艰苦，以不根绝匪类决不休止的决心，坚决遂行剿匪”任务，还宣布了五项剿匪政策和十条《人民剿匪自卫公约》，号召全体人民与人民政府协力一致剿匪自卫。
由于充分发动了群众，剿匪斗争不断深入。到4月初，各省腹地的大股土匪已基本肃清。4月4日，贺龙在欢迎西南军区前指迁到重庆的大会上说：“目前大规模的战斗虽已宣告结束，但散伏在各地的小股土匪、特务武装却亟待我们去肃清。最近土匪特务武装在各地区肆无忌惮地破坏工厂、机关，抢夺公粮，袭击我分散的部队及人民政府，到处骚扰、捣乱，梦想着‘打游击战’，苟延残喘。我们是打游击出身的，只要重新捡起游击战术来，胜利是稳有把握的。”怎样消灭分散成众多小股的土匪呢？5月上旬，贺龙在西南军区高级干部会议上作了详细说明：对于剿匪，“也要树立打歼灭战的思想。有些同志说匪民不分，不能打歼灭战，这个说法是错误的。作战指挥要灵活，部队的装备要轻便，要避免用打正规战的战术去打土匪，也反对打散和赶跑了事。应该发挥艰苦奋斗的作风，不怕疲劳，穷追猛打。总之，剿匪的战术应该是：以集中对集中，以分散对分散，以隐蔽对隐蔽，根据具体情况决定对付敌人的办法。剿匪也是反封建的斗争，因而也是长期复杂的斗争。尚未建立剿匪委员会的地区应尽快建立，贯彻党的一元化领导，以便组织各界人士，组织军事、经济、文化各方面的力量全力剿匪。要正确掌握以政治为主、军事为辅的斗争方针，深入发动群众、组织群众、联系群众，各县都要建立点线联络站，进行瓦解土匪的工作。政治瓦解，必须在军事打击见效的条件下，才能展开。‘首恶必办，胁从不问（但要教育批评），有功者赏’的原则，一定要正确执行。杀掉几个首恶者是完全应该的。前一段，群众对我们不杀匪首是有埋怨情绪的。我们不杀那些骑在群众头上作恶的匪首，群众就发动不起来，但是对某些地区的乱杀现象，也是应该制止的。”
由于西南军区正确地执行了武装进剿和政治瓦解相结合的方针，实行了首恶必办，胁从不问，立功受奖的政策，在4个月的时间内，就歼灭了土匪19万余人。6月份，贺龙向重庆各界人士作关于西南地区剿匪情况的报告时，满怀信心地说：“这些成绩表明，人民解放军剿灭土匪是有足够的力量与把握的，现在各主要交通线上的股匪已基本肃清，各地的土匪遭到了致命打击，残匪被彻底消灭的时间为期不远了！”
经过半年的努力，到7月止，剿灭土匪已达34万多人，比较富庶的地区和主要交通线两侧已基本净化，征粮任务如期完成，城乡工商业已正常运行。
但是，由于西南地区土匪数量多、分布广，加上地理条件复杂，各地剿匪工作进展不平衡，因而，当解放军集中兵力在四川、云南、贵州和西康的平川富庶地区和主要交通线两侧进剿的时候，有一部分土匪逃窜到了各省交界或各省边沿地形险要的深山地区。其中贵州境内的五六万土匪，控制了边陲21个县城。他们在台湾国民党的指挥下，公然建立“政府”，开办工厂、学校，架设电台，发行纸币……准备长期顽抗。
7月下旬，邓小平、刘伯承和贺龙主持了中共中央西南局第三次全体会议。会议决定从1950年冬到1951年春，在西南全面开展清匪反霸和减租退押运动。邓小平提出：清匪、反霸、减租、退押运动是西南地区反封建斗争中的“淮海战役”。贺龙十分赞同这个提法。在8月下旬召开的中共西南军区党委第一次全体会议上，他建议把邓小平的这一提法写进《关于下半年部队工作任务的决定》和《西南军区剿匪指示第十一号》两个文件中去。贺龙主持写的这两个文件指出：“清匪、反霸、减租、退押运动，是西南斗争中的‘淮海战役’，也是全军今冬明春的中心任务与战略任务”，在继续深入腹地清剿的同时，必须抽调足够的兵力，大力组织对边沿匪特控制区，特别是贵州边沿区的围剿和会剿。为此，西南军区从四川抽调4个师入黔会剿。
西南地区剿匪反霸全面展开以后，防止扩大化是非常重要的，这样才能稳、准、狠地打击土匪。贺龙等及时发出了《严防清匪中误捕乱捕现象》的指示，并主持制定了《捕捉处决土匪的权限规定》，指示各部队和公安机关：“必须严格将目前仍手持武器杀人抢劫、组织暴乱之土匪特务与社会上一般之反革命罪犯加以区别。上述手持武器之反革命匪类，均应以反革命之现行罪犯，严格处理”。“对捕获之罪大恶极之匪首须即处决者，可由地委、军分区报请省、区党委、二级军区批准处决，报大军区备查”。
1950年，西南地区展开了大规模镇压现行反革命分子的运动。这些反革命分子与土匪暴乱紧密配合，除在城市从事破坏活动外，还在农村利用封建会道门，组织伪农会，帮助地主恶霸夺田、逼租、索债、暗杀，以打击新生的农村基层组织。在重庆、成都、昆明、贵阳等省会，公安机关多次召开公审大会，公开枪决了一些罪大恶极、不杀不足以平民愤的匪特。据1月至10月的统计，全西南地区捕获国民党特务分子6000余名，自首登记的1.23万名，破获阴谋暴动案1391起，缴获电台113部。
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