“我要废除不平等条约，你们偏在北京公然反对，这是什么道理？我明天就进京，在那里反对段某人，看他能把我怎么样？假如不打倒帝国主义，我就不革命了。”
盛怒之下，他又忍着肝部的剧痛说：“你们的所谓善后会议，乃是军阀、官僚、政客的分赃会议，而且把人民团体和国民党完全排除在外，我是绝对不会答应的！”
他是年底这天扶病入京的，北京的各界人士十万余人自发拥向车站热烈欢迎。李大钊也亲自前往迎接，北大学生军担任了迎接孙先生的仪仗队和警卫任务。那天学生军由白雄远教官统率，戎装整齐，军旗招展，帽徽上镶“北大”二字，肩扛教练枪，阵营煞是威风。中山先生下车后因病体难支，只能在车站发表了书面谈话。但见学生军举枪敬礼，高呼欢迎口号，精神为之一振。只见他惊喜地对汪精卫说：“想不到蔡元培人在海外，却留下了一支威武之师阿！”当时他下榻于铁狮子胡同顾维钧旧宅，学生军又为他担任警卫。后来因中山先生怕耽误学生功课，才执意要蒋梦麟下令学生军撤离。
孙中山的病情迅速恶化，他一直躺在病榻上，体温忽高忽低。到了1月25日这天，脸色已由黑转黄，不能进食了。医生建议立即手术，可打开腹腔一看，发现全肝已坚硬如木，这是明白无疑的晚期肝癌。医生们含着眼泪又把腹腔缝合起来，孙中山是行医出身，已知来日不多。但他仍很乐观，一边指导与段祺瑞的斗争，一边开始考虑起后事安排。他将广州的国民党中央执委会内的政治委员会移师北京，并委派汪精卫、于右任、李大钊、李石曾、吴稚晖、邵元冲、陈友仁为政治委员会委员，又先后约党内同志入京，分别有所指示。
重病中的孙中山仍关心着东江的战事，胡汉民和蒋介石把领袖的勉励电文印成传单，遍传东征军将士，极大地鼓舞了杀敌士气。东征军分两路直扑海丰和陆丰，于3月7日攻克汕头和潮安，陈炯明仓皇出逃香港，从此再无实力对广州构成威胁。蒋介石立即向孙中山告捷，他此时的病情已药石无灵，群医束手，但这一捷报却让他不胜欣慰地露出了笑容。
而北大的李大钊、蒋梦麟和胡适，也一直关注着铁狮子胡同里的病情，一有空就往那里跑。蒋梦麟常说：“蔡先生不在，我们要多尽责任。”李大钊这些日子一直在四处奔波，日夜起草文件，在他的主持下，国民会议促成会全国代表大会终于在京隆重开幕。孙中山听到这一消息，精神为之一振，他激动地对宋庆龄说：“我真感谢守常呵！这标志着民众已唾弃了善后会议，开始了自行召集国民会议，以奠国基的斗争。”胡适早已摒弃前嫌，他是个不太相信中医的人，但见医生建议改用中医治疗，就主动延请上海名医陆仲安侍候左右。起初还想治本，未见效果。以后只好治标了，尽量排水消肿，以延长一代伟人的生命。
孙中山的病情终于进入危险阶段，国民党中央委托汪精卫和亲属孙科、宋子文、孔祥熙来病榻前正式商量后事。汪精卫言辞恳切地对孙先生说：“你的病一定能好，但在此期间一切党务还要照旧进行。先生有何教训，学生一定遵行。请先生留下一些话吧，让我们也知道今后该怎样奋斗。”
孙中山此时颇感痛苦，额角布满冷汗。见他沉思片刻对汪精卫说：
“我立遗嘱好是好，不过对你们可能有危险。”
见众人不解，孙中山又吃力地说：“我死后敌人肯定要设法软化你们，你们如果还要继续革命，他们一定会杀害你们。”
汪精卫满含热泪，激动地率领众人向领袖宣誓：
“我等追随先生奋斗数十年，从未巧避危险，此后危险何畏？从未被敌人软化，此后又有何人能够软化我等？我等深信党国同志，皆能遵从先生之言，请先生相信。”
孙中山闭目点头，当场令汪精卫以笔记录其政治遗嘱。记毕，请汪重读一遍，当他听完后，面露欣慰之态。又命汪记录其家属遗嘱，也许他想到了身后夫人的处境，边说边心酸的泪水涔涔。而门外已传来宋庆龄的悲泣声，他不忍再让夫人伤心，就说改日签名吧，我一时还不会死。
孙中山的病情从3月5日开始恶化，主要是腹部开始肿胀。到了3月10日那天，因腹水增长而陷入昏迷状态。第二天，何香凝见他的眼瞳开始散光，慌忙叫来汪精卫建议请先生签署遗嘱。汪精卫征得先生同意，请宋庆龄扶起他，用孙科身佩的钢笔在两份遗嘱上签了名。陈友仁又呈上孙中山用英语口述，鲍罗廷和他等人记录的《致苏联遗书》。孙中山深情地看了一遍文稿，眼神中满渗出悲凉。他一直想去苏联看看，可惜已不可能了。当想到自己一生的理想和夙愿，只能化成以下的文字时，情绪又开始激动起来。他语言艰涩地关照宋庆龄，一定要代他去一次苏联，让他充满期盼的遗愿，传遍俄罗斯的大地——
“亲爱的同志！当此与你们诀别之际，我愿表示我热烈的希望，希望不久即将破晓，苏联以良友及盟国而欢迎强盛独立之中国，两国在争世界被压迫民族自由之大战中，携手并进以取得胜利。”
当他艰难地签完三份遗嘱后，大家触景生情，忍不住悲恸万分，失声痛哭。
他是在3月12日上午九时半辞世的，弥留之际的先生，已说不出一句完整的话。但生命的最后呼唤，仍是断断续续地重复着“和平，……奋斗，……救中国！”
孙中山逝世后，国民党立即组成治丧处，由李大钊担任秘书股中文主稿。他们根据先生的遗愿，“我一生仰慕列宁，我希望死后能像列宁一样的殡殓。”在当天就将遗体送协和医院作防腐手术，并通电全国党员戴黑纱，停止娱乐宴会七日。
北京的国会也决定举行隆重国葬，下半旗致哀，于3月19日移灵中央公园拜殿公祭。这一天陆军部呜放礼炮三十三响，航空署派三架飞机绕空飞行。各界送葬群众达十二万人，花圈挽联触目皆是，实为北京空前未有之盛举。孙中山就这样静静地躺在中央公园拜殿正中，棺上覆盖着青天白日党旗。灵堂的悬匾写着“有志竟成”，挂联是“革命尚未成功，同志仍须努力”，横技为“天下为公”四字。在通往灵堂的路上，可见有四座用素花扎成的牌坊，上面挂满了匾联，全采录了孙先生著作中的警句。
而那位段祺瑞一开始就对葬礼设置起障碍。当孙先生的忠实追随者李烈钧等议定将社稷坛作为停灵之处时，他先派了一位姓王的代表说不能同意。李烈钧听到如此狼心狗肺的话，气得发指毗裂，怒斥道：“社稷坛为国家所有，非执政府所得而私，总理手创共和，执政府才能安居宫苑。今总理践约而来，不幸病逝，治丧于社稷坛，执政府尚能持异议耶？”段祺瑞迫于无奈，只能写信给李烈钧表示同意。国葬这天，万民悲恸，前来吊唁的各界人士每天都达十万余人。而段祺瑞又玩弄起手段，先声言要亲自主祭，可到时候又说谣传天安门前有可疑之人要暗害他；还托词要穿礼服，但因脚肿不能穿鞋而无法前来。李烈构对他的卑劣行径十分愤慨，当场向吊唁的数千学生发表演说，呼吁道：“此辈昏庸老朽，焉能主持国事？”于是发怒的学生挡住了段的致祭代表、内务总长龚心湛的路，认为他没有资格走中路，硬要他从侧边进入灵堂拜祭才算罢休。
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