军队组织为卫所两级：大致以5600人为卫，设卫指挥使。卫辖5个千户所，每所1120人，设千户长。每千户所设10个百户所，每所120人，设百户长。百户下有总旗二，小旗十；总旗领小旗五，小旗领军十人。卫所依地理军事险要而设；小据点设所，关联几个据点设卫，聚合一个军区的若干卫所设立都指挥使司，为军区最高军事机构，长管为都指挥使。洪武二十五年，全国共有17个都指挥使司，内外卫329个，守御千户所65个。全国17个都指挥使司又分别隶属于五军都督府。
军需粮饷大部靠屯垦自给。先在边区开展，后普及到内地卫所。以每军受田50亩为一分，由官府供给耕牛、农具。一般开头免纳税租，到地熟以后每亩收税一斗。规定边地守军七分屯种三分守备，内地八分屯种二分守备。
除军屯外，也有商屯，这主要是为了减轻边地守军的粮食供给和运输压力。开始是让商人运粮到边地，拿到收据再到政府领到等价的盐，允许自由贩卖，获取重利，也叫开中法。后来商人们干脆雇人在边地屯垦，供给军队粮食，然后换取政府的食盐。这样一来，既解决了军粮所需，增加了政府收入，繁荣了边区经济；商人又减少了几倍的运输费用，获利更丰，对整个国民经济的发展起到了积极的作用。
军队统率权归五军都督府，军令则由兵部号令。
平时，军人在卫所屯粮练兵，战时动员令一下，各地卫所集合为军，由都督府指派官员充任统军总兵官，统带出征。战事结束，军士立即复员到原来卫所，将军要交回印绶，仍回原任。将不专军，军无私将。唐宋以来的藩镇大将拥兵割据的弊端得到有效防治。
朱元璋对于战争进行往往都要进行具体指导，诸军统帅只能在一些细枝末节上灵活处置，大的原则一般是不容改变的。如吴元年四月八日给徐达的手令，在处分军事正文之后，又说：“我的见识只是如此，你每见得高处强处便当处，随着你的意见行着，休执着我的言语，恐怕见不到处，想难行事。”怕将帅束缚手脚，也同时给予一些鼓励，不要拘泥于教条，须审势度时，灵活处置。
三、严酷训导 官僚新成国子监
朱元璋依靠强大的军事力量统一全国平定天下，但是要治理统治这个国家，需要一大批治国安邦的人才和各级政府官僚。从朝廷到地方，从部院到州县，少说也要十几万人，白手起家的朱元璋，去哪里寻找这么些忠实于新王朝，愿意赤胆忠心为新政权鞠躬尽瘁的服务文人呢？
至于元朝的旧官吏，非贪即奸，干净的没几个。
有能力有眼光的早来投效了，剩下的不是老朽不堪，就是隐迹不露。用不了也不能用。
还有一些做过官的读书人，他们大部分对元朝怀有旧情，对新政权患得患失，又以为“两河兵合尽红巾，岂有桃源可避秦？马上短衣多楚客，城中高髻半淮人”；加上严酷的法律，稍有差失，即自取其辱，不是不得已，又谁敢做官？
任用地主做官，亦称举荐。有富户耆民孝弟力田税户人才等，有一出来就做朝廷和地方大官的，最多一次达3700多人。但是，这还远远不够，再说这些地主官僚的行为思想，也不完全符合新朝的要求。
千思万想，倒不如自我培养大量忠实的新兴的官僚人才。于是国子监应运而生。
国子监的教职员，从祭酒司业博士助教学正到监丞。都是朝廷命官，任免出于吏部。政治和教育一体，官僚和师儒合一。祭酒虽是衙门校长，只起严立规矩，表率属官的作用，并无任免教官的权利。监丞品位虽低，却参领监事，凡教官怠于师训，生员有戾规矩，课业不精，并从纠举。学校办公处叫绳愆厅，特备有行刑红凳二条，拨有直厅皂隶二名，专事“教刑”。
监丞立有集愆册一本，各堂生员敢有不遵学规，即便究治。初犯记录，再犯打篦五下，三犯打篦十下，四犯发遣安置。监丞对监生有生杀予夺之权，监生决无申诉反抗之理。膳夫由朝廷拨死囚充任。有三遍不听使令，即处斩刑。
生源分官生和民生两类。官生是由朝廷指派分发的，一等是品官子弟，一等是外夷子弟；民生是由各地方官保送的府州县学生员。最初的目的是训练官生如何去执行统治，名额为150名，民生只有50名。
后来官生入学的日少，民生依法保送的日多，仅以洪武二十六年为例，在学总数8124名，官生只有4名。国子监逐渐失去了原来的意义，成为广泛训练民生做官的机构了。
监生的课业内容都是由皇帝钦定的。主要有御制《大诰》，《大明律令》、《四书》、《五经》和刘向的《说苑》等书。最重要的是大诰。大诰是朱元璋自己写的，有德编、二编、三编、大诰武臣共四册。主要内容为列举所杀官民罪状，使官民知所警戒和警民安守本分应尽义务。洪武十九年以大诰颁赐监生，二十四年令“今后科举岁贡生员，俱以大诰出题试之”。
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