二、改组军队 扼守长城固国防
洪武二十年，随着辽东平定，江山一统；同时，对少数民族的分化治理也取得一定成效。国泰民安，似乎可以高枕无忧了！然而，由于帝国规模的扩大，军事形势的发展，国防和国都问题也就愈显突出。
基于自然环境的限制，从辽东到广东，沿海几千里的海岸线的暴露，时时都处于被倭寇侵掠的危险境地；长城以外是蒙古的势力，元帝北走沙漠，仍有强大军力，如不在险要处屯兵，则铁骑奔驰，黄河以北便不可守。可是若把边塞重兵军权托付诸将，又怕尾大不掉，拥兵自重，造成藩镇割据，如以重兵直隶中央，则国都必须扼驻国防前线，才能收统辖指挥的功效。东南是全国的经济中心，北方又必然是全国的军事中心。国都如建设在东南，依附经济中心，则北边空虚，无法堵住蒙古人的入侵；若建在北方与军事中心合一，则粮食军需仍需靠东南大量供给，劳民伤财，极不划算。
能不能找到一种两全其美的方法呢？通过对历史的比较借鉴，朱元璋找到了一个确实可行的折衷办法：建都于东南财富之区，封子弟于北边国防据点和全国军略重地。以此确保江山永固，社稷安定。
明初定都应天，主要是经济原因。第一是江浙富庶，“财富出于东南，而金陵为其会”。第二是吴王时代所奠定的宫阙，不忍放弃；若忍痛割爱，必然又是一番劳费。第三是从属将士大都是江淮子弟，不愿离乡别土。洪武元年攻取汴梁后，朱元璋曾亲往视察，觉其虽位置适中，但无险可守，四面受敌，还不如应天。但为了西北的军事进攻，必须有一个军饷和军力的补充基地，遂仿古代两京制，八月以应天为南京，开封（汴梁）为北京。
次年八月陕西平定，北方全入版图，形势改变，帝都问题再度提出。朱元璋力排众议：据南京形胜之地，虎踞龙盘，足以立国。且临濠前临长江后倚淮水，地势险要，运输方便。遂决定以临濠为中都，动兵修筑城池宫阙，从洪武二年九月到八年四月，经刘基坚决反对，才不得不放弃了建都的打算。洪武十一年才改南京为京师，正式定都。
京都虽然确定，朱元璋并未放弃迁都西北的雄心，选定的地点仍是长安和洛阳。洪武二十四年八月，特派皇子巡视西北，比较两地形胜。太子回朝后，晋献陕西地图，提出自己的意见主张。不料第二年四月，太子薨逝，迁都大事遂至搁浅。这时朱元璋已65岁，从此不再轻谈迁都之事。
分封诸王的制度，决定于洪武二年的四月初颁发《皇明祖训》的时候。三年四月封皇二子到十子为亲王。但是亲王就藩，实际在洪武十一年定鼎京师之后，第二子秦王建国西安，三子晋王建国太原；十三年，四子燕王建国北平；十四年五子周王建国开封，六子楚王出藩武昌……以后其他幼王逐一成年，先后就国，星罗棋布，分驻全国各军事要地，形成了可靠坚实的国防网络。
就军事形势而论，诸王国的建立可划为前方线和后方线。第一线意在防止蒙古入侵，凭藉天然险要，沿长城线散布，建立军事据点，有塞王之称。前线又可分外内二线：外线东度榆关，跨辽东，南制朝鲜，北联开原，控扼东北诸夷，以广宁为中心，建辽国；经渔阳庐龙，出喜峰口，切断蒙古南侵之路，以大宁为中心，建宁国；北平天险为元朝故都，建燕国；出居庸，敝雁门，以谷王驻宣府，代王驻大同；逾河而西，北保宁夏，倚贺兰山，以庆王守宁夏；又西控河西走廓，扃嘉峪，护西域诸国，建肃国。从开原到瓜州，联成一气。内线为太原的晋国和西安的秦国。后方诸名城则有开封周王，武昌楚王，青州齐王，长沙潭王，兖州鲁王，成都蜀王，荆州湘王等。
诸王允许在封地建立王府，设置官属。亲王仅比皇帝低一等，公侯大臣都得俯首称臣，不得均礼；但没有土地，不得干预民政。官府以外，悉归朝廷管治。
年俸一万石。有设置护卫的特权，少者3000人，多者达9000人。平时守镇兵由常选指挥统领，护卫兵从王调度；遇有军情危急时，并皆从王调度。然而守镇兵的调发，除御宝文书外，还必需藩王令旨，二者缺一不可。这里，亲王实际成了地方守军的监视人，是皇帝在地方的军权代表，严防地方守军轻举妄动犯上作乱。塞王每年秋天都要勒兵巡边，把蒙古部族赶得远远的，叫肃清沙漠。尤以晋燕二王多次将兵出塞，筑城屯田，屡立战功。
南征北伐，江山一统，靠的是军队；巩固国防，江山永固，还得要靠军队。军队是立国之本，是皇权利益的根本保证。朱元璋非常重视军队的建设，建立健全了一整套完整的军事制度。
朱元璋在攻克集庆以后，与刘基一起研究比较了古代各种军事制度的优劣，确立了民军一体的卫所制。
朱元璋的兵力来源有四种：一是从征人员，即郭子兴旧部；一是归降的士兵；一是因罪被贬的谪军，也叫恩军；一是垛集，也叫征兵，即按人口比例，五丁或三丁出一军。为了维持兵员的稳定，军人都是世袭的。
军人有特殊的社会身份，有与户籍匠籍相平行的军籍隶属于兵部。民有一丁为军，可优免一丁徭役以为优恤。军士到卫所报到时，由家族治装。日常生活概由政府就屯粮支给，按月发放。马军月米二石，步军总旗为一石五斗，小旗一石二斗，步军一石。恩军家四口以上一石，三口以下六斗，无家口的四斗，衣服岁给等都由政府供给。
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