四月初一，郑军已到达厦门中左所，停泊在浯屿。
但岛上出奇地平静，清兵早已于几天前就离开了厦门。
郑成功听说清军离开厦门竟是叔父郑鸿逵所助，大为愤怒，拔刀自断其发，发誓一定要杀尽清兵。郑成功下令不许郑芝莞与郑鸿逵与各亲属相见。他说：“渡清兵而来的，渡清兵而去的，弃城送给清兵的，都是郑家的人，厦门遭殃，与清兵有什么关系呢？”
意指是郑家自已的人害了厦门。
郑鸿逵派人请郑成功进城，郑成功不同意，他说：“叔父与清军通好，请我回城好像并没有什么好意。我不杀尽清兵，我们是没有相见的日子的。”郑成功又下令所有的镇将一律不许到郑鸿逵衙署去。郑鸿逵也知道帮助清兵的过失，脸上无光，难平郑成功之愤，便将军队带出厦门，移驻金门的白沙屯，并写信向郑成功解释原因。
郑成功移驻厦门港，召集诸将评议厦门失守的功罪。对勇于与清兵作战的，皆给予赏赐，对于弃城而逃的郑芝莞，按军令处斩，另外又杀了阮引，棒打了何德。
对于郑成功不徇私情，严明执法，又奖惩分明，将士无不心服，郑军的纪律也更加严明了。
郑成功为稳定厦门局势，将郑芝莞所运载的金银财物做为军饷，并加强防御工事建设，分别调拨劲旅把守。这样，岛上人心大定，秩序井然，兵坚防严。
郑鸿逵见郑成功在岛上处置有方，指挥得宜，庆幸郑家的事业有了出色的继承人，便把自己的船只兵权都交给了郑成功，自己则在白沙屯择地筑寨，广构亭沼，艺花植木，笙歌自娱。郑成功又重新部署了一下兵力，移驻于金门后埔扎营操练。
至此，郑成功控制了郑氏的全部兵权，东南沿海的郑氏部队都统一在了郑成功的旗下。在此后相当长时期内，金厦一直是郑成功抗清的坚强基础，更大规模的抗清斗争即将开始。
郑成功日夜操练兵马，囤集军饷，各项事务都已走上轨道。但一向号称知兵善谋的施琅却心怀贰志。
由于施琅曾暗中诬告过别人，又在南下勤王时托辞不出征，引起了郑成功的怀疑。在这之后，施琅因为郑成功没有提拔他，便不听从郑成功的命令，甚至公开与郑成功做对。
郑成功不露声色，但他已感到施琅桀骜不驯、离心离德，将来必成祸患。
五月二十日，郑成功下令在船兵将准备出军，各镇将提调其所辖部下，命人持令箭催促施显贵到厦门。
施显贵到厦门后即被囚禁。并命人到施琅家捉拿了施琅，也软禁了施琅的父亲施大宜及其家属。
施琅被关押在船上，使用诡计骗过了看守的人，几经周折，在亲戚的帮助下逃往内地。
郑成功得知施琅逃脱后顿足而叹：“唉！吾不幸结此祸胎，贻将来一大患！”这话不幸言中，施琅终于投靠清廷与郑氏为敌，那是后话了。
郑成功清理了内部之后，着手扩大抗清基地，督师在海澄磁灶地方，以待战机。
这时，清朝漳州总镇王邦俊率领海澄马军、步军数千人，也来到磁灶扎营，与郑军对垒，企图打击郑军的发展势头。
郑成功与诸将分析，打败漳州这一路兵马，会震慑清军，又能促进集兵征饷，鼓舞将士的抗清热情。
郑成功布置了具体的作战方案，等待时机发动攻击。
郑成功布下了一个圈套，准备等清军进入后，正面进行猛烈攻击，尔后其他各路包抄而来，要一鼓作气把清军消灭。
果然，二十七日，王俊邦带兵进入郑军包围圈，被郑军一鼓作气打得惨败，清兵死伤无数，丢下了大量的辎重马匹。
三天后，郑成功等回到厦门中左所，对参加这次战斗的人员论功行赏。一律按照此前颁布的《杀虏大敌中敌赏格》中规定的中敌赏格加以奖赏。
这是金、厦奠基后的首役，可谓旗开得胜，人心为之大振。由于郑成功事业有起色，一些旧部也相继归来。郑成功对此非常高兴，并对回归的人加以重用。
随着兵力扩大和作战的需要，郑成功进一步完善了军队的编制。他首先设立了礼、智、信、仁、义五营，又设立了英兵、游击、奇兵、殿兵、正兵五营。
此时同时，郑成功又委派郑启设置了军器制造局，督造军器。所造军器除刀枪等兵械外，还有藤牌、战被、火筒、火罐等。藤牌又称为团牌，是专为抵御满洲骑兵而设。做战时士兵三人为一伍，一兵执团牌，遮蔽两人，一兵砍马，一兵砍人。团牌兵攻击满洲骑兵甚为有效，对清军威胁很大。战被又称滚被，是一床厚二寸的大棉被，由一人携带，敌人射箭来，便张开棉被遮挡，箭射过后，便将棉被卷起滚进，同时挥舞双刀砍敌兵的人马之足。火筒是用来向敌兵喷射火焰的武器。火罐，其中装满火药，在点燃引信后投向敌兵，以杀伤敌人。郑军的武器比较先进，增强了抵抗清军的战斗力。
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