八月十六日，清军攻破同安城，丘缙、林壮猷、金作裕在与清军巷战中力竭而死。叶翼云与陈鼎被俘，从容而死。
佟鼐收复了同安，却痛恨同安的百姓支持郑军坚决抵抗，造成清军大量伤亡，便下令尽屠城中百姓，血流沟渠，令人发指。
郑成功正在铜山整顿船只，训练士卒，忽然接到叶翼云等从同安发出的告急请援文书，便立即率大队舟师回救同安。但天不作美，这几天北风甚烈，航船难于驾驶，郑成功带兵5天才抵达金门。而这时探军来报说，同安已被攻陷，诸将战死，叶、陈不屈被杀，全城惨遭屠杀。郑成功不禁痛哭。他设坛遥祭阵亡将士和被杀的军官、百姓，三军无不为之动情感愤，发誓定报此仇。
郑军不能再北上，于是便移师于镇海、铜山一带。
这年十月，永历帝诏封郑成功为威远侯，郑成功高兴地接受了封号。第二年，永历三年（公元1649年）七月，永历帝遣使再封郑成功为广平公。
几年来，郑成功以安平为据点，游战于南国，给清军造成了很大的压力。但是郑成功军队的发展，始终受到一定的限制。
§3、创办厦门根据地
通过几年的征战，郑成功已收复了福建的漳州、泉州沿海地区与广东潮州所属的一些地方，但始终没有找到一块可以依靠的根据地。他必须寻找新的适合的地盘，做为反清复明的基地。
顺治七年（公元1650年）八月的一天，郑成功召集部将议事，大家都感到需要一个巩固的军事后方，郑成功的叔父郑芝鹏，此时也在这里，他便劝郑成功攻打厦门，以作为军事基地。
由于郑联也是郑家子弟，郑成功很是犹豫。当下有人说：“金厦两岛是福建沿海的重要地方，据之可以纵横金、厦、澎一带海面，雄吞同安、漳州，不失通详裕国，探险待取之道，老太师过去曾十分重视这个地方。而现在却被郑联、郑彩据有。此时，郑彩不在厦门，而驻守的郑联终日饮酒，不理军务，窃军饷为私用，征军需作家财，部下怨言纷纷，百姓苦不堪言。现在夺取厦门正是时候。”
经过权衡再三，郑成功决定夺取厦门。但担心武力夺取一旦失利会使两军结仇。施琅说：“如果用兵攻取，不是好办法，应该设计智取。”
郑成功说：“把你的想法说出来给大家听听。”
施琅说：“郑联是个酒色之徒，无谋之辈。藩主可率4艘巨舰，扬帆回师，停靠在鼓浪屿。郑联见你人少，肯定不会怀疑。其余的船只，则扮作商船，陆续跟进，分别停到泊岛、关浯屿、大担、白石头。另外，再派部分船只从鼓浪屿转入崎尾，直接开到厦门港水仙宫前。准备好后，藩主上岸拜访，不要让他看出破绽，相机行事。”
郑成功听后颇为赞赏，说：“此计甚好，但我想还是以不杀人为好。”
郑芝莞说：“如果不杀郑联，恐怕他的部下恋主，不如就此杀了他好。”
郑成功颇为犹豫。但为了抗清大计，也是因为郑联平时只重酒色不谋国事，他采纳了大家的意见。
郑成功依计而行。于中秋之后，郑成功率船来到鼓浪屿拜访郑联。
郑联设宴款待郑成功。二人谈得甚是投机，整整喝了一天，还觉得不尽意。
郑成功又在虎坑岩设宴，宴请郑联。席间，郑成功与郑联互相敬酒，比试谁的酒量大。一直喝到晚上八、九点，郑联才回府。
郑联走到半山塘时，被郑成功伏兵所杀。其他各路人马随信号炮声响后冲进城去，控制了厦门城。郑成功又命人到城内各处安抚百姓，城内秩序井然。
郑联的部队也被郑成功掌握。郑成功又派洪政持书前去招降郑彩。
郑彩对洪政说：“我已年老体衰，我看我们郑氏家族诸子弟中，能继承大志、有所作为的只有大木。
我愿把我的队伍，全部交给他。”说完随洪政一起回到厦门。
郑彩把全部兵船都交给了郑成功。郑成功见郑彩确实一心为抗清大业着想，便不再猜疑，待之甚厚。
最后，郑彩死于厦门。
郑成功得了厦门以后，势力更加强大。接连几天，都有人纷纷前来归附，附近不少地方，原来是郑芝龙的部属，也派使前来，表示愿意受郑成功节制。
从此，郑成功有了比较稳定的根据地。九月，郑成功隆重祭祀了已经惨死4年的母亲田川氏。不久，又派人将其家眷接到了厦门。经他的经营，厦门日益繁荣。
他的手下部队已发展到40000多人。又整编了军队，设立五军（左军、右军、前军、后军、中军），雄踞海上，图谋进取。
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