郑芝龙在崇祯末年，曾经主持编修郑氏族谱。在当时的时代，拿不出别的思想武器，除了宣传忠君报国积德行善外，也拿不出别的主张。
郑芝龙给族谱做序时，大发议论，讲了一番做人的道理。他的意思是做人不能忘本，就不能忘亲，不能忘君。他对子孙的具体要求是：今虔瓣一炷香，上告列祖，下勉我子孙，自今伊始，有力学显亲、国尔忘家、以光吾宗者乎？有廉能倡义，孝悌力田于乡里、称善于人乎？准附诸庙。不然者，匪类招摇，莩葭与滥，祖宗且以罪人视之也。
虽位贵显，莫于吾庙溷焉。
这是一篇堂皇正大的宣言，郑氏子孙读之不能不为之肃然，如果不走正路，做不肖子孙，就没有进入宗庙的资格。
这种家教与郑成功在南安县学中所学的完全一致，不能不留给他深刻的影响。当郑成功到宗庙拜祭时，面对祖先的神位，读着堂上“有一点欺，何堪对祖；无十分敬，漫许登堂！”的联语，能不坚定他忠君爱国之心吗？
隆武帝的宠爱和器重，使郑成功大为感动，恨不能披肝沥胆，以重振明朝。
当时清朝统治者似乎对隆武政权比当年的弘光政权更为不放心。在了解到隆武政权抗清力量的发展后，清军曾向朝廷飞檄告急，说：“我皇上若不急发大兵南下，恐两王已定之疆土，非复朝廷之有也。”
而隆武政权在与鲁王争执正统的同时，其内部也败坏不堪。郑芝龙拥兵自重，另有打算。他的目的不是向北抗清恢复明国，而是要挟天子以令诸侯，成为一方之霸主，并借此广置财产。在隆武朝，郑芝龙秉政数月便增置了仓庄达500余所。郑鸿逵为巩固自己的地位，向隆武帝进献美女12人。隆武帝不敢得罪郑鸿逵，但也从不亲近这些美女，只是把他们置于宫中而已。
文武官员一再要求北伐，郑芝龙借口粮饷不足而阻止。郑芝龙手握重兵而不愿出兵，显然心存异志。
郑鸿逵对此也认为不对，但不能说服郑芝龙。他因而十分愤恨，甚至想出家为僧，不得已，退居安海。
清军自山海关大战以来，满清政权志在得明朝天下，采取了征抚兼施的方法。清廷命江南经略、内院洪承畴招抚江南，而命御史黄熙胤招抚福建。此二人都是郑芝龙的同乡，简直为郑芝龙树立了榜样，对他很有吸引力。这位海盗出身的大帅，本来就是惟利是趋的，面对清廷的招抚不能不动心。他徘徊观望，迟迟不肯出师，原因是因为心中去向未定。
朝廷被郑氏控制，隆武帝大志不能申，常常闷闷不乐。一天郑成功来到宫中，见到隆武帝的神色不对，便跪问其因。隆武帝说了他不能复国，甚感悲切的心情。郑成功此时已知他父亲郑芝龙并非全心复国，而是另有打算，感到很对不起隆武帝。二人为眼前的艰难形势下不能一展宏图，大感悲痛，不禁相持大哭。
隆武帝问郑成功：“汝能从我行乎？”
郑成功说：“臣从陛下行，亦何能为？臣愿捐躯别图，以报陛下。此头此血，已许陛下矣！”郑成功手中没有兵权，即使跟随隆武帝左右也没有多少作为，此时他已考虑“别图”，另寻报国的出路。
隆武元年（公元1645年）十一月十四日，隆武帝下诏亲征，命唐王、邓王监国，首辅何吾驺随营，命曾樱、郑芝龙留守，负责转饷，命郑鸿逵为御营左先锋，出浙江，郑彩为御营右先锋，出江西。
郑芝龙为了避免招到众人的不满，便分给了郑鸿逵、郑彩各数千人，号称数万，从帝出征。但二郑出仙霞关后，便推托粮饷不足而不再向前。郑鸿逵驻在仙阳镇。隆武帝发出檄文紧急催促，也得不到回答。
郑鸿逵担心有人到福州向隆武帝报告实情，便严禁儒生从仙霞关出入。郑彩也以缺饷为由，出关百里又返回原地。
十二月六日，隆武帝出福京（福州）御驾亲征。此次亲征的目的，是要先进入江西，进而取南京北上，但此时，清军南下的攻势非常猛烈。郑芝龙开始越来越明显地阻挠与清军对抗的行动。
郑芝龙不仅自己不肯出关，而且限制他认为是异己的力量。隆武朝中吏部文选郎林垐，主管铨选，他认为此职是太平时期的政务，并非用兵之时的急务，于是便辞官募兵数千人，准备北上抗清，但遭到郑芝龙的多方阻挠。林垐被迫入山，并置备了一副棺椁和一袭布衣，大书“大明孤臣之柩”六字，以待死。
不久，隆武帝决定从汀州进入江西，于隆武二年三月初六从建宁府登舟，顺流而进，于十一日抵达延平。但郑芝龙为了达到挟天子以令诸侯的目的，不愿隆武离开福建，因此坚决请求隆武帝回驾福京天兴府。
这也是为最后降清所做的工作。他鼓动了数万军民，遮道号呼，拥阻隆武帝的车驾，隆武帝被迫驻跸延平，就把府属作为行宫。
点击收藏 小提示：按键盘CTRL+D也能收藏哦！