朱棣迁都的目的，其初主要是为了巩固皇位，是为了防止国内反对派的东山再起。有大量的事实可以证实这一点。朱棣即位之初，朝野汹汹，天下不稳，连建文帝朱允炆的下落也不明。朱棣既以北京而起，便有必要巩固他的基础地盘。基础地盘巩固了，才进可攻，退可守，立于不败之地。朱棣君臣援引朱元璋建中都的先例，不过是为了标榜祖制如此，增加他迁都的合法性。
为了加强北京的地位，朱棣主要采取了两方面的措施。一方面，他大规模地向北京移民屯田，加强它的经济力量，稳定它的秩序，另一方面，征调军队布置在它的周围，以加强保卫它的军事力量。
先说第一方面，移民屯田：
洪武三十五年（建文四年）九月乙未，命户部遣官覈实山西太原、平阳二府，泽、潞、辽、沁、汾五州丁多田少及无田之家，分其丁口以实北平。各府州县仍户给钞，使置牛具种子，五年后征其税。
永乐元年，令选浙江、江西、湖广、福建、四川、广东、广西、陕西、河南及直隶苏、松、常、镇、扬州、淮安、庐州、太平、宁国、安庆、徽州等府无田粮并有田粮不及五石殷实大户充北京富户，附顺天府籍，优免差役五年。
永乐二年九月丁卯，徙山西太原、平阳、泽、潞、辽、沁、汾民一万户实北京。
永乐三年九月丁巳，徙山西太原、平阳、泽、潞、辽、沁、汾民一万户实北京。
其时，也有一些人户自愿赴北京种田：
永乐四年正月已未，湖广、山西、山东等郡县吏李懋等二百十四人言，愿为民北京。命给道里费遣之。
还有一些军士被放归乡里种田：
洪武三十五年（建文四年）十二月壬申，户部尚书掌北平布政司事郭资奏：北京、保定、永平三府之民，初以垛集充军从征，有功者已在爵赏中矣。其力弱守城者，病亡相继，辄取户丁补役，故人民衰耗甚至户绝，田土荒芜。今宜令在伍者籍记其名，放还耕种，俟有警急，仍复征用……从之。
或者收流民以复业：
永乐元年正月庚辰，北平布政司奏，诸郡流民复业者凡十三万六百余户。上命户部令有司加意绥抚，勿重扰之。
永乐元年十一月戊寅，书谕世子曰：山后官员军民，本皆无罪之人，曩因建文残害骨肉，祸及无辜，不得已逃遁，飘零艰窘，深可哀矜。今既来归，其令官仍原职，兵仍原伍，民仍原业，咸加绥抚。后有归者悉如之。
或者释罪囚以种田：
洪武三十五年（建文四年）九月乙巳，命武康伯徐理等往北平度地，以处民之以罪徙者。
永乐元年六月庚戌，户部致仕尚书王钝言三事。一，种田囚人……宜不分籍贯，于保定、真定、顺天等府所属州县挨程安置，先近后远，庶几聚落易成，屯种有效。
永乐元年八月己巳，定罪囚北京为民种田例。先是，刑部郑赐、都察院左都御史陈瑛等上言……北京永平、遵化等处，壤地肥沃，人民稀少，今后有犯者，令于彼耕戍，涉历辛苦，顿挫奸顽，庶几良善获安，词讼简息。凡徒流罪除乐王、灶匠拘役，老幼残疾收赎，其余有犯俱免杖，编成里甲，并妻子发北京永平等府州县，为民种田。定立年限，纳粮当差……上是之。
永乐元年十一月戊戌，谕世子曰：朕念北京兵变以来，人民流亡，田地荒芜，故法司所论有罪之人，曲垂宽宥，悉发北京境内屯种。意望数年之后，可以助给边储，省馈运之劳，且使有罪者亦得保全。
当时，朱棣残酷镇压政治反对派，以严刑苛法临天下，所在囚徒累累，此问题之又一面也。为了保证屯种的进展，官府给予牛具种子：
洪武三十五年（建文四年）八月甲寅，上以北平、山东、河南累年经兵，民缺耕牛，特命王部于直隶凤阳、淮安等处以官牛给之。
永乐元年十二月戊寅，工部尚书黄福奏，陕西行都司所属屯田，多缺耕牛耕具，合准北京例，官市牛给之，耕具于陕西布政司所属铸造。
永乐二年三月丙寅，抚按江西给事中朱肇言：比者工部遣人于江西买牛，令有司递送淮安转运北平给军屯种，未免劳民。今江西、浙江、湖广所属郡县积岁没官牛共计五千余头，俱在民间牧养，若停收买，以民间见养之牛转送给军，则官民皆便。上命工部勘实，先以牛给本处屯军，有余者送北京给军屯种。
为了适应北京经济发展和建设的需要，朱棣到北京时曾“取南京民匠户二万七千以行”。
在靖难之役中，北京地区发挥了根据地的作用，军民多所劳苦。朱棣即位后，对他们很是眷顾。他说：“时皇太子居守北京，赖军民竭忠效力，不避艰难，供给军需，馈运粮饷，驰驱负挽，昼夜不宁，攻守战斗，披坚执锐，冒犯矢石，父母妻子不保朝夕，甚为劳苦，使朕无北顾之忧……朕自即位以来，念尔将士人民，饮食梦寐，时刻不忘。”为此，朱棣曾多次诏免北京税粮。一次，顺天府老人三十余人谒阙谢，朱棣谕之曰：“往者连年军旅，北方之民供给劳困，朕未尝忘之。比岁农种如何，民力复旧否？”又谕诸臣曰：“北方之民，如人重病初起，善调理之，庶几可安。不然病将愈重，朕所以夙夜拳拳也。”
朱棣厚遇北京之民，采取了种种措施。如，令罪犯于北京纳米赎罪，或充军饷，或输官仓；遇百姓乏食，或停天下中盐，专于北平开中，或诏民采盐易米者勿禁，；有灾则急治，民饥则给钞，量免其差，屡蠲其税，较之他地，优恤特甚。朱棣还将“初日所受王庄田地，薄其赋税，岁收租入，建仓积贮，赐名黄垡，于以备一方之民凶荒给赈，而又复除其身，有司差役一切不得与。且当其时，县令贺银，两迁至少司空，宠荣之极，振古所无。”明人沈榜称：“此非汤沐重地，故厚其民，以培植王业，因重其令以肇启太平乎！”“培植王业”，“肇启太平”，是朱棣强化北京地位、厚遇其民的根本目的。朱棣在永乐九年曾说过：“皇考以五州府兴王之地，特加优恤，而蠲其田租，所以固邦畿也。”朱棣所做正仿此，优恤“兴王之地”，“以固邦畿”。
除此之外，朱棣于永乐四年诏建北京宫殿，永乐七年营山陵于北京昌平天寿山，十四年作北京西宫，诏文武大臣集议营建北京，十五年命陈硅董营建北京，十八年命蔡信重修北京诚垣。朱棣“焦劳圣虑几二十年，工大费繁，调度其广”，可以说为经营北京费尽了心机。
再说第二方面，加强守卫北京的军事力量，以对付国内的政治反对派。为此，他不惜动用防御蒙古的兵力，破坏朱元璋苦心经营的北边防御部署。
洪武三十五年（建文四年）九月乙巳，命都督陈国用、孙岳、陈贤，移山西行都司所属诸卫官军于北平之地，设卫屯种：云川卫于雄县，玉林卫于定州，高山卫于保定府，东胜左卫于永平府，东胜右卫于遵化县，镇朔卫于蔚州，镇虏卫于涿州，定边卫于通州。丙午，改大同中护卫为定州卫。
永乐元年三月壬午，改北平行都司为大宁都指挥使司，隶后军都督府，设保定左、右、中、前、后五卫，隶大宁都司。调营州左屯卫于顺义，右屯卫于蓟州，中屯卫于平峪，前屯卫于香河，后屯卫于三河。设左、右、中、前、后五所，仍隶大宁都司。（已见上节）
按，是年大宁都司新城、富峪、会州、榆木、全宁、开平左、右、前、后卫、宜兴守御千户所均废，营州诸卫，兴州诸卫、开平卫、开平中屯卫、宽河守御千户所均内徙。可以看出，朱棣调来加强北京的军队卫所，都是原来用以防御蒙古的。在将大量卫所军队迁移部署到北京周围的同时，朱棣还规定北京地区原有卫所兵力不得轻易减少。杨士奇记载朱棣有这样一道令旨：“北京人民有在各处充军者，今后勾补，不复发去，只就河开立一卫或一所，就此当军。原卫军伍别着人当。若北京卫分当军的不动。”
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