然而，这样一个仁柔的皇帝，面对强藩，为形势所迫，不得不在一即位就把巩固自己的地位提到日程上来。大臣们也一再提出这个问题。
首先是朱允炆向黄子澄提起。他说：
“先生忆昔东角门之言乎？”
“不敢忘。”黄子澄回答。
于是黄子澄与齐泰便开始策划削藩。
这时，户部侍郎卓敬也提出了削藩的建议。他说：“燕王智虑绝人，雄才大略，酷类先帝。北平形胜地，士马精强，金元所由兴。今宜徙封南昌，万一有变，亦易控制。夫将萌而未动者，几也；量时而可为者，势也。势非至刚莫能断，几非至明莫能察。”建文览疏大惊，连忙将它装入袖中，退回后宫。第二天，建文帝召见卓敬，问他这件事，卓敬说：“臣所言天下至计，愿陛下察之。”朱允炆以为，削藩乃军国机密，尚在谋议之中，绝不能为外人道。卓敬虽为户部侍郎，但未令参与其事。再者，当时燕王雄踞北方，势力已成，徙封于南昌也并非轻而易举之事，而且齐黄诸人已有成算，因而没有采纳卓敬的建议。
此外还有高巍等人都提出了对宗藩的不同处理办法。
高巍，山西辽州人，在洪武时为表彰他的孝行，曾命他以太学生试职为前军都督府左断事。曾对施政提过一些好的意见。后因断事不称旨处以遣戍，特旨许弟程代役。建文帝即位，高巍请求还乡。不久辽州知州又应诏向朝廷推举他，他因此赴吏部尚书言事，提出他的对宗藩处理的方案。他说：
高皇帝分封诸王，比之古制，既皆过当，诸王又率多骄逸不法，逆犯朝制。不削，朝廷纲纪不立，削之，则伤亲亲之恩。贾谊曰：“欲天下治安，莫如众建诸侯而少其力。”今盍师其意，勿行晁错削夺之谋，而效主父偃推恩之策。在北诸王，子弟分封于南；在南，子弟分封于北。如此则藩王之权，不削而自削矣。臣又愿益隆亲亲之礼。岁时伏腊使人馈问。贤者下诏褒赏之。骄逸不法者，初犯容之，再犯教之，三犯不改，则告大庙废处之。岂有不顺服者哉！
这的确是个很好的建议。建文帝虽然表示赞扬，但似乎无意施行。大概他过分相信齐黄的“大小强弱势不同，而顺逆之理异也”之类的话了。
虽然他们提出的对付诸王的办法不尽相同，但有一点是共同的，那就是他们都看到了强藩给朝廷造成的危险。
削藩怎样下手？齐泰主张先对燕王开刀。燕王除掉，其他藩王则不在话下了。黄子澄不同意这样办，因为燕府的反迹不明。他主张先削除周、齐、湘、代诸王。这几个亲王，在朱元璋时，就多有不法劣迹，“削之有名。”另外，要问罪则应该是从周王下手。因为周王与燕王同母所生，削了周王就是剪了燕王的手足。从理论上说，这未尝不是一个稳妥的办法。事情就这样定下来了。
周王朱橚也有异谋。周府长史王翰曾几次向周王进谏，周王都不听。王翰眼看祸要及身，便装疯逃走了。然而周王的次子汝南王朱有爋向朝廷揭发了周王的不轨行为。这正好给朝廷提供了一个机会。朱允炆派曹国公李景隆率师北上备边，在路经开封时，猝然包围了周王府。周王被废为庶人，流放到云南蒙化，据说当时“妻子异处，穴墙以通饮食，备极困辱”。他的儿子们也都被分别迁往边远外地。这事发生在八月，即朱允炆即帝位的第三个月中。后来周王又被诏，禁锢在京师。
六月的北平城酷暑难当，但燕府的重檐下却凉风习习。自从朱元璋死并用遗诏制止诸王南下奔丧起，朱棣就已经感到不妙了。他渴望权力，想据有皇帝的宝座，但能否达到目的，他没有把握。他有勇气，有军队，但现在马上起兵，似乎还不够成熟。这不仅自己准备不足，同时也不知道朝廷对他到底有怎样的对策，冒然出师，师出无名，会被指为叛臣贼子的。况且，朱元璋死时，燕王世子朱高炽、第二子朱高煦、第三子朱高燧因朱元璋的丧事都在南京，一旦兴师，这些人便会被扣留成为人质。朱棣焦虑不安，心情郁郁。不过正好是在居丧期间，乐得说是因为过分悲痛而忧悒成疾。这样在别人看来，也不失为孝子了。他密切注视着朝廷的动静，等待着时机。周王被废，朱棣曾为之震动，朝廷终于下手了。危险就在眼前，然而机会不也就在眼前吗？大概是为了震慑燕王或让燕王知罪吧，朱允炆勒令燕王朱棣议定周王之罪。他接到朝廷的诏书，知道这就要轮到自己了，一时不知如何作答。他明白，无论怎样作答都不会取得朝廷的谅解。但他还是回答了。他希望为周王洗刷罪名。至少是让人觉得可怜，博得一点同情。他回答说：“若周王所为，形迹暖昧，念一宗室亲亲，无以猜嫌，辄加重谴，恐害骨肉之恩，有伤日月之明。如其显著，有迹可验，则祖训俱在。”看其前半，用词极为柔软，几近于哀求，观其末尾，援引《祖训》则柔中带刚，显怀不满。
建文元年四月，湘王朱柏被废。有人告湘王朱柏，说他伪造宝钞，无故杀人。朱允炆派使者到荆州去质询，且以兵相迫。湘王朱柏害怕，一时无以自明，朱柏说：“吾闻前代大臣下吏，多自引决，身高皇帝子，南面为王，岂能辱仆隶手求生活乎？”便阖宫自焚了。据说朱柏喜欢研究学问，读书每至夜分。又喜谈兵事，膂力过人，善弓矢刀槊，驰马若飞，尤善道家宫，自号紫虚子。接着，代王朱桂被废为庶人，幽禁于大同，齐王朱榑被废为庶人囚于京师。到六月，西平侯沐晟奏报岷王有过，于是又将岷王朱楩废为庶人，迁往漳州。这样，在一年时间里，有五位亲王先后被废，真可谓迅雷不及掩耳了。
不料，朱允炆读到燕王上书后，一时颇为难过，“恐害骨肉之恩，有伤日月之明”云云，深中其仁柔之心。他正考虑如此削藩还是否要进行。另外，这时朝中对削藩也出现了反对的意见。比如礼部左侍郎兼翰林学士董伦就一再恳请“亲睦宗人”。于是朱允炆打算停止削藩。齐泰与黄子澄据理力争，反对停止削藩。但仍无结果。二人怏怏地离开皇宫，齐泰对黄子澄说：“今事势如此，安可不断。”他们都认为削藩的进程已经开始，如果现在停下来，结果就会是“当断不断，反受其乱”。他们甚至认为建文帝不过是“妇人之仁”。第二天他们又进宫劝说朱允炆。黄子澄说：“今所虑者，独燕王耳，宜因其称病袭之。”朱允炆仍在犹豫，他说：“朕即位未久，连削诸王，若又削燕，何以自解于天下？”黄子澄说：“先人者制人，毋为人制。”朱允炆又说：“燕王智勇善用兵，虽病，恐猝难图。”齐泰曰：“今胡寇来放火，但以防边为名，发军往戍开平，护卫精锐悉调出塞，去其羽翼，无能为矣。不乘此时，恐后有噬脐之悔。”
于是他们采取了逐渐削弱燕王势力的办法。早在去年十一月，他们就安排了工部侍郎张昺做北平布政使，谢贵、张信掌握北平都指挥使司，他们接受朝廷的秘密命令，监视燕王的行动。这时，以北部边防不靖为名，派都督宋忠调缘边官军三万屯驻开平，就此将燕府的护卫军的精壮选调到宋忠麾下带出塞外，以斩断燕王的羽翼。同时召燕府护卫胡骑指挥关童等进京，以削弱燕王的力量。另外又调北平永清左、右卫官军分驻彰德、顺德，命都督徐凯赴临清练兵，耿瓛赴山海关练兵以钳制北平。
这些军事部署都出于齐泰、黄子澄的谋划。它对于削弱燕王的力量，防止它的造反未尝不是有力的。
军队已经部署到朱棣的家门口了，他是不会甘心束手就擒的，他之所以还迟迟没有反应，实在是担心在京师（今南京）的三个儿子会遭不测，这三个孩子是在朱元璋小祥时赴京吊唁的。当时有人劝朱棣不能让他们一起走，朱棣说，这样可使朝廷不怀疑我。但朱高炽他们走后，朱棣又十分懊悔，这时忧虑更甚了。他声称自己病得厉害，请求朝廷将他的儿子放回北平。这几个人本来可以用来做挟制燕王的手段，特别是已经在进行对付燕王军事行动准备的时候，更不应有所顾忌。
因此齐泰主张不如就此将他们扣留，朱高炽等三兄弟都是魏国公徐辉祖的外甥。辉祖与燕王妃是同母兄妹。辉祖也觉察出高煦有异志，说：“三甥中独高煦勇悍无赖，非但不忠，且叛父，他日必为大患。”但辉祖的弟弟徐增寿和驸马王宁都庇护他。然而黄子澄也说：“不可，恐事觉，彼先发有名，且得为备，莫若遣归，使坦怀无疑也。”他们想乘燕王不备，袭而取之！其实，这是故作聪明。军队已经逼到人家眼前，还说什么让彼不疑！燕王面对朝廷的举措早已在防备突然事件的发生了，而且，即使朝廷不动，燕王也是要起事的。他们刚将人放走，马上又后悔了，派人去追又没追上，也只好如此了。放还朱高炽等于解除了燕王的后顾之忧。朱棣大喜，说：“吾父子复得相聚，天赞我也。”事不宜迟，燕王决定起事。
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