那么，袁崇焕这一十足的“傻瓜”，立身行事，与温截然相反，尽管立过很大的功劳，还是落得千刀万剐，罪及母弟、妻、女，就是“理所当然”，不是为怪的了。
崇祯三年（1630年）八月，尽管多方搭救，猜忌多疑、刚愎自用的崇祯帝，还是下令将袁崇焕寸磔（折）处死。思宗本来打算对其施行最残酷的刑罚灭三族，总计要杀300余人，还亏得何如宠等竭力解救，成基命再三叩头，请求慎重，才略予减轻。八月十六日，袁崇焕终于在阴谋诬造的“擅杀大将，勾引敌方来胁迫朝廷求和，谋叛欺势的罪名下被凌迟（即磔刑）处死”。临行前，崇焕口占一诗：
一生事业总成空，
半世功名在梦中。
死后不愁无勇将，
忠魂依旧守辽东。
此诗表现了他忠心报国、至死不渝的坚强信念和磊落光明的宽阔襟怀。这一年，袁崇焕仅46岁。袁崇焕的家被查抄，家被查抄时，仅“祖遗薄产”及“祖遗屋数椽”。完全证实了他狱中《忆母》、《寄内》诗中所说的“母亲已老家何有”、“家无担石累卿卿”的话。因此，凡稍知其事者无不为之抱屈。袁崇焕的妻子、9岁的女儿以及弟弟崇煜都流放3000里（家属在辽东的流放到浙江，后改为贵州，在广东原籍的流放到福建）。
《明史·》写道：“自崇焕死，边事益无人，明亡征决矣。”这话未免有夸大个人作用之处，然而确实反映了袁崇焕在抗击后金战争中举足轻重的重要作用。崇祯帝因袁案自毁“长城”，袁督师之死，给明代历史的发展带来了极大的影响。袁崇焕任于败军之际，奉命于危难之间，十载在边，殚心竭力，惨淡经营，公而忘私，国而无家，表现了强烈的民族意识和崇高的爱国情操。为了抵抗后金的掠夺和进扰，袁崇焕“独提一旅，挺出严关”，“十年来，父母不得为子，妻孥不得以为夫，手足不得以为兄弟，交游不得以为朋友”，历尽风霜，备尝艰险，为捍卫疆土，捍卫关内人民的利益创立了卓著功勋。他不愧为杰出的民族英雄，他的光辉业绩永远彪炳史册。
凌迟是一种极端残忍的刑罚。崇祯时，郑鄤被凌迟处死，目击者说：行刑之役都提一小筐，筐内藏铁钩利刃，时时用砂石磨刀口和钩尖。人声鼎沸之中，听到宣读圣旨：应该剐3600刀。刽子手百人齐声应和，像雷鸣一样，听的人都吓得发抖。炮声响后，人群拥挤至极，根本什么都看不到。下刀之初，不知道是什么样子。只看到一根有丫叉的木头竖在那里，上面勒着一根指头粗的大绳，一个人高高地站在木头后面，伸手下去，拿了肝肺两物，放在丫叉上。又突然将绳子引下，这时剐肉的人一拥而上，多得像刺猬毛一样。片刻之间，小红旗向东飞驰而去，说是把刀数报入宫中。
袁崇焕被凌迟时，情形当亦相似。《崇祯遗录》载当时哄传袁崇焕谋反，人人切齿。等到行刑时，百姓分食其肉。这些肉食者中，固然有许多听了流言蜚语、不明真相的百姓，但是恐怕也有制造流言蜚语的反东林内阁的爪牙。目的是使思宗坚信不疑袁崇焕确是“罪有应得”，以便进一步陷害东林，为阉党翻案。
黄尊素《说略》中有：熊廷弼待勘都下，每遇朝审时，行路之人必以瓦砾掷熊，以致满面流血。论者说这是王化贞收买的人干的，目的是假借民意，加重熊廷弼的罪名，为自己开脱罪责。杨士聪《玉堂荟记》说：“蜚语皆出自内阁”，然则啖袁崇焕肉事亦是温体仁、梁廷栋之流仿效刘瑾先例，效王化贞故智，促使其爪牙为之，这是完全可能的。
现把袁崇焕诗《入狱》抄录如下，以见袁督师入狱后的心境：
北阙勤王日，南冠就执时。
果然尊狱吏，悔不早舆尸。
执法人难恕，招尤我自知。
但留清白在，粉骨亦何辞。
从这首诗中可以看出袁崇焕当时的心情是复杂的。
颔联表明早知今日受辱于狱吏，悔不昔日战死于沙场。
颈联暗指为了整肃军纪而杀毛文龙，责满桂因而招来怨尤。尾联表现出了于谦那种“粉骨碎身全不顾，只留清白在人间”的牺牲精神和坦荡胸怀。
袁崇焕是一个难得的军事天才。由于袁崇焕的冤死，后来孙承宗的辞去，直接间接地打击了抗击后金的军民，削弱了明军的军事力量，给后金一步一步地侵占边疆（如后来攻占锦州、松山等地），并且多次进犯内地造成了有利条件。袁崇焕的冤死，使明朝“兵临城下，而自坏万里长城”，失去了真正能负起镇抚辽东的栋梁，亦为后金进掠明朝江山搬去了大障碍。
真正如《明史》所评：“自袁崇焕，边事益无人，明亡征决矣”。
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