但是，因为这个案件，除了敌人的诡计以及某些人对袁崇焕个人不满以外，还被仇恨东林党的人所利用，作为朝廷党争的工具，所以问题就变得非常复杂了。原来自从魏忠贤倒台以后，思宗大量任用东林党人。当时连续担任内阁首辅的李标、韩爌、成基命以及大学士钱龙锡、左都御史曹于汴等都是东林党人。
他们在崇祯二年，在思宗直接指挥下，主持确定魏忠贤逆案，把阉党分子262人分为六等治罪，称为“钦定逆案”，颁行全国。但是，阉党漏网分子吏部尚书王永光和他所涉及的御史高捷、袁弘勋以及曾因作诗谄媚魏阉而被弹劾的温体仁等，日夜思量着翻案之事。他们就利用思宗对袁崇焕的怀疑并且利用袁崇焕杀毛文龙以前曾和东林党人钱龙锡商量过这件事为口实，企图兴起大狱。他们商量好，指袁崇焕为“逆首”，钱龙锡等为“逆党”，想再立一个“逆案”，和前述的“钦定逆案”相抵，对东林党人实行打击、报复、排挤，并乘机翻案。于是残余阉党分子原抱奇、姚宗文在朝廷造谣说：“有人捉到奸细七人，这七人自称是袁崇焕教他们送信给敌人的。”但是，后来到会审时，这七个被捕的奸细忽然都不翼而飞了。这很明显是对袁崇焕的诬蔑。
同时，温体仁、梁廷栋、高捷、姚宗文等人又多次上疏，除了说袁崇焕“引敌胁和”以外，又说他通敌叛国。根据是：
（一）擅自杀害毛文龙就是为了讨好金国，便于同敌人讲和；而且金兵进攻北京，也是毛文龙被杀减弱了辽东实力的缘故。
（二）袁崇焕卖米给依附后金的蒙古朵颜部首领束不的，就是通敌明证（崇祯二年，束不的因遭受旱灾，想勾结后金，骚扰明朝北部边疆，袁崇焕为了争取束不的，向思宗奏明卖米给他）。
（三）祖大寿引兵东去，意图叛变，是袁崇焕与钱龙锡挑激所致。
（四）后金入侵后，屡次谴使议和，与袁崇焕串通一气，呼吸相应（按：后金遣使议和，可以证实袁崇焕“引敌胁和”的流言，由思宗因疑而将袁崇焕处死，因此也是后金的一种反间手段）。
为了证实袁崇焕的罪状，梁廷栋等还无耻地收买袁崇焕的部将副总兵谢尚政，许以高官厚禄，教他出来证实袁崇焕资敌私通之罪。此外，梁廷栋等还说袁崇焕收刮毛文龙的貂皮、人参、辎重价值百万，捆载而西，转运到自己家中，并且说这件事为“万目所共睹”，替袁崇焕加上贪污的罪名。总之，阉党“出间金数十万，飞箝上下，流言小说，造作端末”，造成“不特烈皇（崇祯帝）证其先入；朝野传告，亦为信然”。阉党分子采用各种卑劣手段，散布种种流言，安排重重陷阱，一定要坐实袁崇焕叛逆之罪，置他于死地，以便进一步陷害东林党人。
袁崇焕下狱以后，东林党人纷纷受到攻击排挤。
钱龙锡首先在崇祯三年初称病辞职（后来还被捕下狱，罚往定海卫充军）。韩爌、李标、曹于汴也先后在正月、三月里被排挤去职。成基命虽然继续担任内阁首辅，但是因为周延儒、温体仁相继入阁，对他进行掣肘，所以也只好在七、八月间辞职不干。这时，在政治上，反东林党的内阁已经形成，大权落在温体仁等手里。军事方面，永平等四城已在五月中旬收复、战争形势暂时稳定下来。因此，他们又利用这一时机，肆无忌惮地攻击东林党，想早点把袁崇焕杀了，把“罪案”确定下来。史范在八月里上疏说：“钱龙锡出京时，曾把袁崇焕所送的重贿数万两寄存在亲戚家中，替袁崇焕活动，所以袁崇焕到现在还没有定罪。”
又说：钱龙锡、袁崇焕卖国欺君，他们的罪恶胜过秦桧（当然，毛文龙的功绩就超过岳飞了！）。连续用这些话激怒思宗。果然，思宗发怒起来，限刑官在五日内定案。这样，袁崇焕就遭到和熊廷弼同样的悲惨命运。虽然当时朝臣十之七八了解袁崇焕的冤枉，但是因为温体仁、梁廷栋等正得到思宗的信任，为袁崇焕申冤的话说不进去；并且替袁崇焕申冤的人如御史罗万爵等，又纷纷被加罪，大家都怕被加上“逆党”的罪名，不敢冒险援救。这样一来，袁崇焕就非死不可了。与袁崇焕有联系的东林党当然随之受到打击，政治局势的进一步败坏就是不可避免的。
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