他派遣官员去筹备设置机构，苏轼也被派参与了这项工作。苏轼一分为二地看到，免役法其实也有有利的一面，而差役法的弊端也很大，于是，他对司马光进言，说：“差役法和免役法，各有利弊。免役法的流弊，在于聚敛百姓的钱财，以致十室九空，上面聚敛了很多钱财，下面给人民带来了钱荒的灾难。差役法的流弊，在于人民常在官府服役，不得专力农耕，而贪婪残暴的官吏和奸猾的差役得以借此做坏事。这二种役法给人民带来的灾难，其轻重大概是相等的。”
司马光说：“那么，以你看这件事情应该怎么办呢？”
苏轼说：“一切政策法令，前后应该互相衔接，这样才容易成功。做每件事情，一点一点地逐步进行，那么百姓就不会受到惊扰。夏、商、周三代的办法，是士兵和农夫合而为一，到秦王朝才开始一分为二，到了唐朝中叶，又把府兵制改成了募兵制，士兵一生都在军队里。从那时以来，民是民，兵是兵，农民拿出粮食和布帛来养兵，士兵冒着生命危险来保卫百姓，天下人民都感到方便。我认为即使圣人再出，他也不会改变这个办法。如今的免役法，其实和上面所说的差不多。明公您现在想骤然取消免役法，以差役法代替，就正像要取消常征的兵而恢复民兵，这只怕不太容易吧？”司马光不以为然。苏轼又把这些在政事堂上陈说，令司马光十分不高兴。苏轼说：“从前韩琦指责陕西义勇，您做为谏官，据理力争，韩琦也很不快，您并未在意。您从前曾详细对我讲过这个故事，难道您如今做了宰相，反而不允许我把话讲完了吗？”
司马光笑了。
不久苏轼被任命为翰林学士。
哲宗二年（1087年），苏轼兼侍读。他每次进宫侍读，当读到治乱兴衰、邪正得失的时候，总是反复开导，希望皇帝得到启发有所领悟。哲宗皇帝年仅十岁，他虽然恭默不语，但总是点头肯定苏轼的看法。他们曾经拜读祖宗《宝训》，因而涉及时事，苏轼一个问题一个问题进行分析，说：“现在是赏罚不明，善与恶没有人勉励和阻止，如黄河的水势正向北方流，却要强迫它向东流；西夏入侵镇戎（今宁夏固原），屠杀和掳掠了几万人，统兵的主帅却不把消息报告朝廷。长此以往，我担心会逐渐造成衰乱的加剧。”
苏轼任翰林，常闭门锁居禁宫中，在此期间他起草了八百多条诏命。这些诏命都收在苏轼的全集中，文辞优美、恰当、精确。圣诏的措辞通常引用众多史例与掌故，苏轼灵活地应用它们。他死后，另一位学士接替他，此人很为自己的文采自得，他曾问一个伺候过苏轼的老仆人，他比苏轼如何。老仆人回答：“苏轼的文采也许不及大人吧——不过他从来不翻书作文。”
苏轼对政客小人的嫉妒十分厌恶，他曾多次请求免去翰林官职。有一天苏轼坐在堂中，太后召他入宫，小皇帝哲宗坐在祖母身边。苏轼起草完吕大防拜相的诏书，宣仁皇后突然问他：“你以前是做什么官？”
苏轼答：“臣是常州团练副使。”
宣仁皇后又问：“你现在是什么官？”
“臣现在是待罪翰林学士。”
“你怎么会从团练副使这样迅速地升做了翰林学士呢？”
“因为太皇太后的恩典。”
“不是。”
“是因为皇帝陛下的鸿恩。”
“也不是。”
“那么是其他大臣的推荐吗？”
“也不是的。”
苏轼沉默半晌，说：“臣再不懂规矩，也是不敢以非正当的方式进身翰林的。”
宣仁皇后终于说：“这是先帝的旨意呀！先帝每次读到你的文章，总是感慨地说：‘奇才！奇才！’，他有心重用你，只是还没有来得及就去世了。”
苏轼不禁失声痛哭，宣仁皇后和哲宗皇帝也哭了起来，左右的人也都个个感动得流出了眼泪。随后，宣仁皇后和哲宗给苏轼赐坐赐茶，苏轼离开时，太后还命太监取下御前的金莲烛，照着路送他归院。
元祐三年（1088年）这一年，苏轼五十三岁，在京任翰林学士、知制诰，兼侍读学士。前一年司马光已死，苏轼因与司马光的争执，招致官员忌恨，他们不断对苏轼进行攻击。苏轼在朝廷中感到十分不适，他接连上书，称病乞请外任，但因为太皇太后的坚决挽留，他只好留在任上。
这一年冬天，苏轼任知礼部贡举，恰巧大雪纷飞，天气奇冷，考生们都坐在庭中，被冻得不能说话。苏轼放宽了原来那些严格的规定，让考生们能尽量发挥自己的才能。巡视考场的一些内侍们常常挑剔和侮慢考生们，还用了意思比较暖昧的词句，以此诬篾考生们有罪。苏轼把这种情况统统报告了哲宗，赶走了这些讨厌的巡场侍们。
苏轼在京师买了一处住宅，靠近东华门，叫白巷，上朝很近。在京师的新生活与当年在黄州农庄的生活相比，完全不可同日而语。他们一家已有十五年未在京师定居，现在除苏迈去江西任一个小官职之外，苏轼一家都在京师。苏轼的次子苏迨十六岁，幼子苏过十四岁，两个孩子和苏轼的夫人王闰之与妾朝云生活在一起。
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