“庆历年间本来曾经建立过学校，但是到了今天，只有空名还存在着。现在要改变今天的礼制，变更今天的风俗，又要征发民力来整修官室，聚敛百姓的财富来供养那些游士。百里之内设置官府建立军队，狱讼在那里治理，军务在那里谋划，又要精简那些不受统领的官员，把他们摒弃到远方，那不是人为地制造纷乱，给天下人民造成苦难吗？如果没有多大的改革而又希望对时代有益，那么和庆历年间的建立学校又有什么不同呢？所以我认为今天的学校，尤其应该沿用过去的制度，让先王所创的旧业，不至于在我们这一代被废弃就够了。至于贡举这种办法，已经施行百年了，国家的治乱盛衰，原因并不是因为贡举。皇上看祖宗的时代，贡举这办法，和今天相比究竟是哪个好？言语和文章，和今天相比究竟哪个优？得到的人才，和今天相比究竟哪个多？天下的事情，和今天相比究竟谁会办？比较了这四件事的长短，就可以对议论作出决定了。
“现在想改变的不过是几桩小事：有人说乡举应该以德行为本而略去文辞；有人说应该专取策论而免去诗赋；有人却希望兼采名誉声望而废除糊名弥封的考试办法；有人则希望经生不考帖经而考大义，这些都是知其一而不知其二的论调啊。希望皇上能注意长远的、大的事情，而小小的变法又何必去干预呢？我还有一个经常挂在心上的私忧，也许只是错误的想法，但还是想对皇上陈说：关于性命的学说，从子贡开始都没有听到过夫子的阐释，而今天的学者，却偏偏把不谈性命看成可耻的事。读他们的文章，感到大而无当而难以穷尽；看他们的样子，似乎超然物外无所黏着而不可留取，这难道算是真有才能吗？原来那些只有中等资质的人，却偏偏在那里安于放任，乐于荒诞罢了。皇上又为什么要用他们呢？”
苏轼将奏议呈上，神宗醒悟了，说：“我原来就怀疑这个改革，读了苏轼的奏议，思想就完全清楚了。”
神宗当天就召见了苏轼，问：“目前朝廷政事、法令的得与失都有些什么呢？你只管告诉我，即使是我的错，也请你明言。”苏轼回答道：“皇上有生来就明理的天性。治国之道，不怕不明，不怕不勤，不怕不果断，就只怕求治心太急，听的意见太泛，进用的人才过快过多。希望皇上能用安静来镇住急躁，静等着变化的自然到来。然后适应它就是了。”神宗恍然大悟，心有余悸地说：“你这几句话，我应该牢牢记住，好好思量。你在馆阁工作，希望能替我好好考虑治乱的措施，不要有什么隐瞒。”苏轼退出后，就把神宗的话告诉了其他同事。王安石心里十分不快，就想了个办法，让苏轼任开封府推官，打算让繁忙的政事束缚住苏轼。谁知苏轼处理政务果断、精确、敏捷，结果王安石此举反而让苏轼的名声传播得更快更远了。
一年元宵佳节将临时，朝廷下令开封府到浙江去买彩灯，并且命令要压低收购价格。苏轼上书说：“皇上难道会把元宵观灯作为快乐吗？其实这不过是想侍奉皇后和太后，讨她们的欢心罢了！然而皇上的这份心，百姓是不会知道的。以低价从他们手中买灯，他们会认为皇上是为了自己的享乐，去夺取他们的口中食身上衣！这件事本来很小很小，但它牵涉的事体却很大，请皇上收回成命。”神宗于是下诏取消了此事。
从这件小事上，我们可以看出，神宗的确对苏轼的意见是很尊重的。
但是我们说过王安石是个口才绝佳的人，他深得神宗信任和宠爱，还获得了高官。在熙宁三年（1070年），王安石开始全面整肃御史，反对新法的官员一个个被罢官或者被远调，这样，朝廷的官员越来越多地成为王安石的亲信与支持者。苏轼本来还算安全，王安石并没有要对付他的意思，可苏轼却主动出击，向皇帝呈上了“上皇帝书”，洋洋洒洒九千字，力述新法的不利。
苏轼的“上皇帝书”，可以说代表了他的政治哲学，也显出他个人的脾气和文风，整篇文章充满了机智、学问和大无畏的勇气，义愤的争论中夹着冷静、简明的推理。有时文笔犀利，直爽无比；有时徐徐道来，引经据典。文章内容巧妙、诚挚、有力，对世事满怀激情和悲哀。苏轼明知此时上书对自己非常不利，照情形看，他至少也会被免职，可苏轼想到神宗曾说过让他“好好考虑治乱措施，不要有什么隐瞒”，觉得自己有必要在关键时刻表明立场。
“上皇帝书”中，重要的论点有两个，第一是“君权民授”的观点，这是孟子的观点，他说，君主并不是靠“神”给予的权利来治理国家，而是依靠“民”——百姓的支持！另一个论点是有关容纳不同意见和批评的问题。当时王安石清除台谏——“台谏”是一个组织，其功能是代表公众的意见，不断检讨批评当权者的不足——引起大批官员的不满。
苏轼写道：“我想说的话，只有三句：希望皇上能结人心，厚风俗，存法度。君主所依靠的，就是人心，这就像树木依赖于树根，灯儿要亮就依赖于灯油，就像鱼依赖于水，就像农夫的生存依赖于土地，就像做生意的人离不了货币。树木没有根就会干枯，灯没有灯油就会灭掉，鱼失去水就会死亡，农夫失去田地就会挨饿，商人没有钱财就会贫穷，同样，君主失去了人心，他的统治便会灭亡，这是必然的道理。自古以来，没有一个平和、简易、随俗、同众的君主治理的国家是不安定的，也没有一个刚愎自用的君主治理的国家是不危险的。”
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