夜深了。那几个混进城的奸细冲上城头，杀死守城军兵，把大门打开。外面埋伏的倭寇蜂拥而入。城中军队还什么都不知道，街上一片混乱，还以为是刘显的部队进城来了。倭寇迅速占领城中各要地，不久控制整个兴化城。坚守一个月的兴化城就这样被击破。
倭寇盘踞兴化城两个多月，屠杀百姓，强奸妇女，无恶不作，犯下滔天罪行。到第二年二月21日，才自动退出。他们又在崎头构建巢穴，都指挥欧聘深率兵追剿，中了敌人埋伏，壮烈牺牲。倭寇又乘势攻占平海卫（在蒲田县东90里）。
消息传到北京，朝野一片震惊。倭寇攻破府城，这还是第一次；明军视敌如虎，不敢进攻，让倭寇在城内横行两个多月，这也太有失天朝大国的风度了。
皇帝大怒，下诏罢免福建巡抚游震得，改由谭纶担任，总督福建军务，统一指挥福建抗倭斗争。又提拔余大猷为福建总兵，协助谭纶扫荡倭寇。又下令戚继光火速支援福建。
余大猷1563年2月赶到福建，招收漳州农民武装6000人，在平海卫附近与刘显会师。俞军驻扎在秀山，刘军驻扎在明山，离贼营大约三四里路。
两军构筑工事，严密防守，等待戚家军的到来。
1563年4月，戚继光和汪道昆率领新补充的戚家军一万多人，从浙江开往福建。戚家军一面行军，一面训练，可见情况的危急。5月4日，大军到达福清。盘踞平海卫的倭寇约五六千人，见戚家军大军压境，十分恐慌，急忙逃往海岛。7日夜，狂风大作，倭寇乘船逃跑，遭到许朝光部队的袭击，一部分倭寇乘黑夜脱逃，另一部分逃到渚林南面的许家村，依靠地势，打算死守。10日，戚家军在东停（兴化府城东南）扎营。戚继光当天就到平海卫前线视察，回营后立刻拜访俞大猷、刘显，和他们取得联系。
5月11日，在家处理丧事的新任福建巡抚谭纶，星夜赶到渚林，立刻召集戚继光、俞大猷、刘显，共同商量抗倭之策。戚继光主动提出：“俞将军、刘将军在此已拒敌数月，这次主攻，应当由我担任。”谭纶同意了。作战计划定下来，戚继光中路进军，正面进攻，刘显军为左路，俞大猷军为右路，三路军相互配合。另外，军中悬赏冲锋银两万两，奖励立功的将士。
5月12日，深夜四更天，戚家军以哨总胡守仁为前锋，戚继光督后队，悄然行军。走到五党山一侧时，下令原地休息，等待月落，到黎明时进攻。月亮西移，天渐渐暗下去，再到后来，雾上来了，并且越来越浓。戚继光自语道：“天助我也。”下令行军，在大雾掩护下，逼近倭巢，而后四面包抄，将倭寇围了起来。这时敌人尚未察觉。
忽然一阵震天的鼓声响起，进攻开始了。戚家军垮过壕沟，砍破栅栏，奋勇直前，向倭营猛攻。倭寇们被鼓声震醒，迷迷糊糊起来，戚家军就冲了进去。
有100多倭寇骑兵比较利索，骑着马挥着倭刀冲了出来，还没靠近，就被鸟铳兵打得狼狈不堪，十几个倭寇滚落马下，有的战马受到惊吓，四处乱窜。倭寇吹起角螺号，命令步兵出战。戚家军发起冲击，双方展开肉搏战。近距离作战是戚家军的特长，他们组成“鸳鸯阵”，与倭寇展开搏斗，12个人像个整体，持狼筅的、持长矛的、持盾的各得其用，长短配合，很容易杀死敌人。敌人的弓箭和长枪，盾牌可以挡住，敌人冲过来，狼筅可以抵挡；进攻更便利，狼筅就是很好的杀敌武器，长枪长，可以刺中远处的敌人，刺不中时，持短兵刃的可以冲上去。这种“鸳鸯阵”弄得敌人十分头痛，他们节节败退。
正恶战间，右边余大猷部，左边刘显部一齐杀到，三路合围，倭寇更是只有招架之功，没有还手之力。
他们逃到许家村大巢里，准备死守。
明军追到许家村大巢，将其团团围住，在四面放火。最后，倭巢被攻破，倭寇或被烧死，或被杀死，狼狈逃命的也堕崖而死，几乎全军覆没。明军收复了平海卫。第二天，大军凯旋进入兴化。
平海卫大战的捷报到达北京，明世宗非常高兴，特地举行了一次隆重的告谢郊庙的典礼。为什么皇帝对这次胜利表示出这么大的重视呢？原来，明朝自以为是天朝大国，对日本一些小国是瞧不起的。但堂堂大国疆土，却被倭寇任意骚扰，居然还攻入兴化府城，并且那么大的福建，竟无人敢对倭寇用兵，眼睁睁地看他们烧杀抢劫，而后从容退出府城。这真是明政府的一大耻辱。这次胜利给明政府挽回许多面子。另一个原因是这次胜利收复了广大地区，也挫折了倭寇的嚣张气焰。所以明政府才特别重视。
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